Molekulinių žymenų panaudojimas Laimo ligos sukėlėjų Borrelia burgdorferi s. l. bakterijų identifikavimui

Šio darbo tyrimo objektas - Borrelia burgdorferi sensu lato bakterijos, žmogaus organizme sukeliančios Laimo boreliozę. Jų nustatymas iki šiol problematiškas, nėra vieno patikimo metodo nustatyti šią ligą. Todėl siekiant išsiaiškinti kelių metodų tinkamumą, buvo suformuluotas darbo tikslas – panaudojant skirtingus molekulinius žymenis ir metodus identifikuoti B. burgdorferi s. l. bakterijų genotipus skirtinguose organizmuose. Tyrime naudota medžiaga, surinkta 2010 metais pietvakarių Norvegijoje (580 2' 3" N, 70 28' 43" E). Molekuliniams tyrimams naudotos 336 Ixodes ricinus lervos nuo graužikų, 169 nimfos nuo augalijos ir 18 graužikų DNR. DNR išskyrimui naudoti trys skirtingi metodai, parinkti priklausomai nuo patogenų identifikavimui pasirinktų metodų. Tyrimų metu panaudoti penki molekuliniai žymenys (16S rRNR, ospA, hbb, rpoB genai ir 16S (rrsA) – 23S (rrlA) tarpgeninis regionas) bei penki skirtingi metodai (standartinė, dauginė, lizdinė, tikro laiko PGR bei sekoskaita). Erkės nuo graužikų pirmiausia buvo patikrintos tikro laiko PGR metodu pagal 16S rRNR geną. Nustatytas 11 % (36 iš 336) užkrėstumas B. burgdorferi s. l. patogenais. Siekiant palyginti kito metodo panaudojimo galimybes, visos teigiamos erkės pagal 16S rRNR geną buvo patikrintos standartinės PGR metodu pagal ospA geną. Pasitvirtino dešimtadalis infekuotų erkių (11 % – 4 iš 36). Erkių nuo augalijos užkrėstumas tikrinant standartinės PGR metodu pagal ospA geną – 9 % (15 iš 169), graužikų – 40 % (7 iš 18). Tikro... [toliau žr. visą tekstą]
The object of this study was Borrelia burgdorferi sensu lato bacteria, which cause Lyme borreliosis in human organism. The detection of B. burgdorferi s. l. is still complicated, there is not only reliable method to diagnose the disease. To elucidate the relevance of a few methods, the purpose was formed: to detect and identify B. burgdorferi s. l. genotypes in several organisms using different molecular markers and methods. The material of the study was collected during summer and autumn of 2010 in southern Norway (580 2' 3" N, 70 28' 43" E). 336 Ixodes ricinus larvae collected from rodents, 169 nymphs collected from vegetation and 18 DNA of rodents were used for molecular survey. Three different methods of DNA extraction, five different molecular markers (16S rRNR, ospA, hbb, rpoB genes and 16S (rrsA) – 23S (rrlA) intergenic spacer) and five different methods (standard, multiplex, nested, real time PCR and sequencing) were used in this study. Ticks collected from vegetation at first were screened by real time PCR based on 16S rRNR gene. Infection rate of B. burgdorferi s. l. pathogens in ticks collected from vegetation was 11 % (36 from 336). To compare a relevance of other method, all the positive ticks after screening were tested by standard PCR based on ospA gene. It was proven a tenth of infected ticks (11 %: 4 from 36). Infection rate by the same method in ticks from vegetation was 9 % (15 from 169), in rodents 40 % (7 from 18). The real time PCR based on hbb gene... [to full text]