Surveillance for variants of SARS-CoV-2 to inform risk assessments/Surveillance des variants du SARS-CoV-2 en vue de revaluation des risques/Vigilancia de las variantes del SRAS-CoV-2 para evaluar los riesgos

Since the beginning of the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, numerous severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants have emerged, some leading to large increases in infections, hospitalizations and deaths globally. The virus's impact on public health depends on many factors, including the emergence of new viral variants and their global spread. Consequently, the early detection and surveillance of variants and characterization of their clinical effects are vital for assessing their health risk. The unprecedented capacity for viral genomic sequencing and data sharing built globally during the pandemic has enabled new variants to be rapidly detected and assessed. This article describes the main variants circulating globally between January 2020 and June 2023, the genetic features driving variant evolution, and the epidemiological impact of these variants across countries and regions. Second, we report how integrating genetic variant surveillance with epidemiological data and event-based surveillance, through a network of World Health Organization partners, supported risk assessment and helped provide guidance on pandemic responses. In addition, given the evolutionary characteristics of circulating variants and the immune status of populations, we propose future directions for the sustainable genomic surveillance of SARS-CoV-2 variants, both nationally and internationally: (i) optimizing variant surveillance by including environmental monitoring; (ii) coordinating laboratory assessment of variant evolution and phenotype; (iii) linking data on circulating variants with clinical data; and (iv) expanding genomic surveillance to additional pathogens. Experience during the COVID-19 pandemic has shown that genomic surveillance of pathogens can provide essential, timely and evidence-based information for public health decision-making. Depuis le debut de la pandemie de coronavirus survenue en 2019 (COVID-19), de nombreux variants du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu severe (SARS-CoV-2) sont apparus, certains entrainant une forte augmentation du nombre d'infections, d'hospitalisations et de deces dans le monde. L'impact du virus sur la sante publique depend de nombreux facteurs, notamment l'emergence de nouveaux variants viraux et leur propagation a l'echelle mondiale. Par consequent, la detection precoce et la surveillance des variants ainsi que la caracterisation de leurs effets cliniques sont essentielles pour evaluer leur risque pour la sante. La capacite sans precedent de sequencage du genome viral et de partage des donnees, capacite mise en place a l'echelle mondiale pendant la pandemie, a permis de detecter et d'evaluer rapidement de nouveaux variants. Le present article decrit les principaux variants circulant dans le monde entre janvier 2020 et juin 2023, les caracteristiques genetiques a l'origine de leur evolution et leur impact epidemiologique dans les differents pays et regions. Ensuite, nous expliquerons comment l'integration de la surveillance des variants genetiques aux donnees epidemiologiques et a la surveillance fondee sur les evenements, par l'intermediaire d'un reseau de partenaires de l'Organisation mondiale de la sante, a permis de faciliter l'evaluation des risques et de fournir des orientations sur les mesures a prendre en periode de pandemie. En outre, compte tenu des caracteristiques evolutives des variants en circulation et de l'etat immunitaire des populations, nous proposons des orientations futures pour une surveillance genomique durable des variants du SARS-CoV-2, au niveau tant national qu'international: (i) optimiser la surveillance des variants en incluant le suivi environnemental; (ii) coordonner l'evaluation en laboratoire de l'evolution des variants et du phenotype; (iii) etablir un lien entre les donnees sur les variants en circulation et les donnees cliniques; et (iv) etendre la surveillance genomique a d'autres agents pathogenes. Lexperience de la pandemie de COVID-19 a mis en evidence que la surveillance genomique des agents pathogenes peut fournir en temps utile des informations essentielles fondees sur des preuves en vue de la prise de decisions en matiere de sante publique. Desde el inicio de la pandemia de la enfermedad por coronavirus de 2019 (COVID-19), han aparecido numerosas variantes del coronavirus de tipo 2 causante del sindrome respiratorio agudo severo (SRAS-CoV-2), algunas de las que han provocado un gran aumento de las infecciones, hospitalizaciones y muertes en todo el mundo. El impacto del virus en la salud publica depende de muchos factores, entre ellos la aparicion de nuevas variantes viricas y su propagacion mundial. En consecuencia, la deteccion y vigilancia tempranas de las variantes y la caracterizacion de sus efectos clinicos son vitales para evaluar su riesgo sanitario. La capacidad sin precedentes de secuenciacion genomica viral y de intercambio de datos creada a nivel mundial durante la pandemia ha permitido detectar y evaluar rapidamente variantes nuevas. En este articulo se describen las principales variantes que circulan a nivel mundial entre enero de 2020 y junio de 2023, la caracteristica genetica que impulsa la evolucion de las variantes y el impacto epidemiologico de estas variantes en los diferentes paises y regiones. En segundo lugar, se informa de como la integracion de la vigilancia de variantes geneticas con los datos epidemiologicos y la vigilancia basada en eventos, a traves de una red de asociados de la Organizacion Mundial de la Salud, apoyo la evaluacion de riesgos y ayudo a proporcionar orientacion sobre las respuestas a la pandemia. Ademas, dadas las caracteristicas evolutivas de las variantes circulantes y el estado inmunitario de las poblaciones, se proponen orientaciones futuras para la vigilancia genomica sostenible de las variantes del SRAS-CoV-2, tanto a nivel nacional como internacional: (i) optimizar la vigilancia de las variantes mediante la inclusion de la monitorizacion ambiental; (ii) coordinar la evaluacion de laboratorio de la evolucion y el fenotipo de las variantes; (iii) vincular los datos sobre las variantes circulantes con los datos clinicos; y (iv) ampliar la vigilancia genomica a patogenos adicionales. La experiencia durante la pandemia de la COVID-19 ha demostrado que la vigilancia genomica de patogenos puede proporcionar informacion esencial, oportuna y basada en evidencias para la toma de decisiones en materia de salud publica. [phrase omitted]
Introduction Genomic surveillance of pathogens is increasingly used to gain insights into emerging diseases. (1) In particular, global genomic surveillance of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and its [...]