The construction of a high-density consensus genetic map for soybean based on SNP markers derived from genotyping-by-sequencing

Genetic linkage maps are used to localize markers on the genome based on the recombination frequency. Most often, these maps are based on the segregation observed within a single biparental population of limited size (n < 300) where relatively few recombination events are sampled and in which some genomic regions are monomorphic because both parents carry the same alleles. Together, these two limitations affect both the resolution and extent of genome coverage of such maps. Consensus genetic maps overcome the limitations of individual genetic maps by merging the information from multiple segregating populations derived from a greater diversity of parental combinations, thus increasing the number of recombination events and reducing the number of monomorphic regions. The aim of this study was to construct a high-density consensus genetic map for single nucleotide polymorphism (SNP) markers obtained through a genotyping-by-sequencing (GBS) approach. Individual genetic maps were generated from six [F.sub.4:5] mapping populations (n = 278-365), totaling 1857 individuals. The six linkage maps were then merged to produce a consensus map comprising a total of 16 311 mapped SNPs that jointly cover 99.5% of the soybean genome with only two gaps larger than 10 cM. Compared to previous soybean consensus maps, it offers a more extensive and uniform coverage. Key words: soybean, genetic mapping, consensus genetic map, genotyping-by-sequencing, recombination events Les cartes genetiques sont employees pour positionner des marqueurs sur le genome en fonction de la frequence de recombinaison. Le plus souvent, ces cartes sont fondees sur la segregation observee au sein d'une population biparentale de taille limitee (n < 300) au sein de laquelle un nombre relativement restreint d'evenements de recombinaison sont rencontres et certaines regions genomiques sont monomorphes du fait que les deux parents partagent les memes alleles. Ensemble, ces deux limitations affectent a la fois la resolution et le degre de couverture du genome que conferent ces cartes. Les cartes genetiques consensus permettent de surmonter ces limitations propres aux cartes individuelles en fusionnant l'information obtenue a partir de plusieurs populations en segregation derivees d'une plus grande diversite de parents. Cela permet a la fois d'augmenter le nombre d'evenements de recombinaison et de reduire le nombre de regions monomorphes. Le but de ce travail etait de produire une carte genetique consensus a haute densite a l'aide de polymorphismes mononucleotidiques (SNP) obtenus par genotypage par sequencage (GBS). Les cartes individuelles ont ete generees a partir de six populations [F.sub.4:5] (n = 278-365) totalisant 1857 individus. Les six cartes de liaison ont ensuite ete fusionnees pour produire une carte consensus comptant 16 311 marqueurs SNP qui couvraient plus de 99,5 % du genome du soja et qui ne comptaient que deux intervalles sans marqueurs de plus de 10 cM. Par rapport aux cartes consensus anterieures chez le soja, celle-ci offre une couverture plus complete et plus uniforme. [Traduit par la Redaction] Mots-cles : soja, cartographie genetique, carte genetique consensus, genotypage par sequencage, evenements de recombinaison
Introduction Soybean (Glycine max (L.) Merr.) is a diploid species (2n = 40) that is believed to have been domesticated in eastern Asia 6000-9000 years ago (Sedivy et al. 2017). [...]