Comparison of the first whole genome sequence of 'Haemophilus quentini' with two new strains of 'Haemophilus quentini' and other species of Haemophilus

Comparison of the genome of the Gram negative human pathogen Haemophilus quentini MP1 with other species of Haemophilus revealed that, although it is more closely related to Haemophilus haemolyticus than Haemophilus influenzae, the pathogen is in fact genetically distinct, a finding confirmed by phylogenetic analysis using the H. influenzae multilocus sequence typing genes. Further comparison with two other H. quentini strains recently identified in Canada revealed that these three genomes are more closely related than any other species of Haemophilus; however, there is still some sequence variation. There was no evidence of acquired antimicrobial resistance within the H. quentini MP1 genome nor any mutations within the DNA gyrase or topoisomerase IV genes known to confer resistance to fluoroquinolones, which has been previously identified in other H. quentini isolates. We hope by presenting the annotation and genetic comparison of the H. quentini MP1 genome it will aid the future molecular detection of this potentially emerging pathogen via the identification of unique genes that differentiate it from other species of Haemophilus. Key words: Haemophilus, Haemophilus quentini, whole genome sequencing, annotation, comparative genomics. Une comparaison du génome de la bactérie à Gram négatif Haemophilus quentini MP1, un pathogène chez l'humain, avec d'autres espèces d'Haemophilus a révélé que, bien qu'elle soit plus proche de l'Haemophilus haemolyticus que de l'Haemophilus influenzae, cette espèce en est distincte sur le plan génétique. Cette conclusion a également été confirmée par analyse phylogénétique au moyen des gènes employés pour typer les H. influenzae. Des comparaisons additionnelles avec deux souches de l'H. quentini récemment identifiées au Canada ont révélé que ces trois génomes sont plus étroitement apparentés entre eux qu avec toute autre espèce du genre Haemphilus, bien qu il existe des variations nucléotidiques entre elles. Aucune évidence de l acquisition de résistance aux antibiotiques n a été trouvée au sein du génome de l H. quentini MP1 ni aucune mutation au sein des gènes codant pour l'ADN gyrase ou pour la topoisomérase IV, lesquelles sont connues pour conférer la résistance aux fluoroquinolones et qui ont déjà été identifiées chez d'autres isolats de l'H. quentini. Les auteurs espèrent qu'en présentant cette annotation et cette comparaison du génome de l'H. quentini MP1 ils aideront à une future détection moléculaire de ce pathogène potentiellement émergent par le biais de l'identification de gènes uniques qui le différencient des autres espèces d'Haemophilus. [Traduit par la Rédaction] Mots-clés : Haemophilus, Haemophilus quentini, séquençage génomique complet, annotation, génomique comparée.
Introduction Haemophilus influenzae are clinically relevant Gram-negative bacteria that are known to cause a range of infections in humans, including sinusitis (Brook et al. 2006) and conjunctivitis (Van Dort et [...]