Resonance assignments and secondary structure analysis of dynein light chain 8 by magic-angle spinning NMR spectroscopy

Dynein light chain LC8 is the smallest subunit of the dynein motor complex and has been shown to play important roles in both dynein-dependent and dynein-independent physiological functions via its interaction with a number of its binding partners. It has also been linked to pathogenesis including roles in viral infections and tumorigenesis. Structural information for LC8-target proteins is critical to understanding the underlying function of LC8 in these complexes. However, some LC8-target interactions are not amenable to structural characterization by conventional structural biology techniques owing to their large size, low solubility, and crystallization difficulties. Here, we report magic-angle spinning (MAS) NMR studies of the homodimeric apo-LC8 protein as a first effort in addressing more complex, multi-partner, LC8-based protein assemblies. We have established site-specific backbone and side-chain resonance assignments for the majority of the residues of LC8, and show [TALOS.sub.+]-predicted torsion angles φ and ψ in close agreement with most residues in the published LC8 crystal structure. Data obtained through these studies will provide the first step toward using MAS NMR to examine the LC8 structure, which will eventually be used to investigate protein-protein interactions in larger systems that cannot be determined by conventional structural studies. Key words: solid-state NMR, magic-angle spinning, MAS, dynein, LC8. La chaine legere de dyneine, LC8, est la sous unite la plus petite du complexe moteur de la dyneine et il a ete demontre qu'elle joue des roles importants dans les fonctions physiologiques tant dependantes qu'independantes de la dyneine par le biais de son interaction avec un certain nombre de ses partenaires de fixation. Elle a aussi ete reliee a des roles de tumorigenese et de pathogenese dans les infections virales. De l'information sur la structure des proteines cibles de la LC8 est critique pour comprendre la fonction sous-jacente de la LC8 dans ces complexes. Toutefois, en raison de leur grande taille, de leur faible solubilite et de difficultes de cristallisation, certaines interactions entre la LC8 et ses cibles ne peuvent pas etre amenees a une caracterisation structurelle par les techniques conventionnelles de la biologie. Dans ce travail, comme premier effort en vue de comprendre les assemblages de proteines complexes, a base de LC8 avec plusieurs partenaires, on rapporte des etudes de RMN du [sup.13]C a l'etat solide dans le mode de la rotation a l'angle magique (RAM) faites sur la proteine homodimere apo-LC8. On a etabli les attributions des resonances du squelette et de la chaine laterale specifique au site pour la majorite des residus de la LC8 et on montre que les valeurs predites par [TALOS.sub.+] pour les angles de torsion φ et ψ sont en bon accord avec celles publiees pour la plupart des residus dans des structures cristallines de la LC8. Les donnees obtenues par le biais de ces etudes serviront de premier pas dans l' utilisation de la RMN en mode RAM pour examiner la structure de la LC8 et qui pourra eventuellement etre utilisee pour etudier les interactions proteine-proteine dans des systemes plus gros qui ne peuvent pas etre determinees par des etudes structurales conventionnelles. Mots-cles : RMN a l'etat solide, rotation a l'angle magique (RAM), dyneine, LC8. [Traduit par la Redaction]
Introduction Dynein light chain LC8 (also named DLC8, PIN, DNLC1/2, and DYNLL1/2) is an integral subunit of cytoplasmic dynein, a multisubunit microtubule-based retrograde motor. (1,2) LC8 is also found in [...]