Development and annotation of perennial Triticeae ESTs and SSR markers

Triticeae contains hundreds of species of both annual and perennial types. Although substantial genomic tools are available for annual Triticeae cereals such as wheat and barley, the perennial Triticeae lack sufficient genomic resources for genetic mapping or diversity research. To increase the amount of sequence information available in the perennial Triticeae, three expressed sequence tag (EST) libraries were developed and annotated for Pseudoroegneria spicata, a mixture of both Elymus wawawaiensis and E. lanceolatus, and a Leymus cinereus x L. triticoides interspecific hybrid. The ESTs were combined into unigene sets of 8 780 unigenes for P. spicata, 11281 unigenes for Leymus, and 7 212 unigenes for Elymus. Unigenes were annotated based on putative orthology to genes from rice, wheat, barley, other Poaceae, Arabidopsis, and the non-redundant database of the NCBI. Simple sequence repeat (SSR) markers were developed, tested for amplification and polymorphism, and aligned to the rice genome. Leymus EST markers homologous to rice chromosome 2 genes were syntenous on Leymus homeologous groups 6a and 6b (previously lb), demonstrating promise for in silico comparative mapping. All ESTs and SSR markers are available on an EST information management and annotation database (http://titan.biotec.uiuc.edu/triticeae/). Key words: Triticeae, Leymus, Elymus, Pseudoroegneria spicata, expressed sequence tag, simple sequence repeat, microsatellite, comparative genomics. Les hordees comprennent des centaines d'especes tant du type annuel que perenne. Bien qu'il existe pour les cereales annuelles comme le ble et Forge de nombreux outils genomiques, les hordees perennes sont depourvues des ressources genomiques pour des travaux de cartographie on des etudes de diversity genetique. Afm d'augmenter 'information nucleotidique disponible pour les hordees perennes, trois banques d'EST ont ete produites et annotees pour le Pseudoroegneria spicata, pour un melange de 1'Elymus wawawaiensis et de 1'E. lanceolatus, ainsi que pour un hybride interspecifique entre le Leymus cinereus et le L. triticoides. Les EST ont ete combines en collections d'unigenes an nombre de 8 780 chez le P. spicata, de 11281 chez les Leymus et de 7 212 chez les Elymus. Les unigenes ont ete annotes en fonction de 1'orthologie putative avec les genes du riz, du ble, de Forge, d'autres graminees, d'Arabidopsis on de la banque de sequences non-redondantes du NCBI. Des marqueurs microsatellites (SSR) ont ete developpes, testes pour leur amplification et polymorphisme, et alignes sur le genome du riz. Les marqueurs EST du Leymus homologues aux genes situes sur le chromosome 2 du riz etaient synteniques aux groupes homeologues 6a et 6b (lb) chez Leymus, ce qui illustre le potentiel de la cartographie genetique in silico. Tons les EST et marqueurs microsatellites sont disponibles an sein d'une base de donnees permettant la gestion et 'annotation des EST (http://titan.biotec.uiuc.edu/Triticeae/). Mots-cles : hordees, Leymus, Elymus, Pseudoroegneria spicata, etiquette de sequence exprimee, microsatellite, genomique comparee. [Traduit par la Redaction]
Introduction Triticeae contains over 400 species housed in 14 genera (Barkworth 2007). Both annual and perennial species are present; the annual species include cereals such as wheat (Triticum aestivum L.), [...]