Les communautés microbiennes benthiques pour le diagnostic de l'impact écologique des micropolluants dans les cours d'eau

Face à la dégradation des milieux aquatiques soumis aux pressions anthropiques, la Directive Cadre sur l’Eau a été mise en place pour les préserver, via notamment des programmes de suivi permettant d’en évaluer la qualité chimique et écologique. Toutefois, dans un contexte généralisé de contamination par les micropolluants, ces suivis et les mesures associées restent imparfaits au regard de la complexité environnementale caractéristique de l’exposition (multipollution, variabilité temporelle des niveaux de concentrations...) et de la réponse aux micropolluants (toxicité évaluée sur organismes modèles peu représentatifs de la biodiversité, non-considération des effets mélanges...). Cet article relate l’état des connaissances concernant l’apport des communautés microbiennes benthiques à l’évaluation de la qualité écotoxicologique et fonctionnelle des cours d’eau exposés à des micropolluants. Ainsi, divers indicateurs microbiens ont démontré leur potentiel pour le diagnostic de la pollution toxique et de ses effets : pourcentage d’anomalies morphologiques chez les diatomées, adaptation microbienne et acquisition de tolérance, taux de décomposition de la matière organique... Après une description de ces outils de diagnostic et leur mise en perspective opérationnelle, cet article explore les freins ayant à ce jour limité leur utilisation : manque de standardisation des protocoles et de référentiels d’analyse, nécessité de légitimation de ces communautés...