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Multiple sclerosis lesions segmentation from multiple experts: The MICCAI 2016 challenge dataset

Authors :
Commowick, Olivier
Kain, Michaël
Casey, Romain
Ameli, Roxana
Ferré, Jean-Christophe
Kerbrat, Anne
Tourdias, Thomas
Cervenansky, Frédéric
Camarasu-Pop, Sorina
Glatard, Tristan
Vukusic, Sandra
Edan, Gilles
Barillot, Christian
Dojat, Michel
Cotton, Francois
Empenn
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-SIGNAUX ET IMAGES NUMÉRIQUES, ROBOTIQUE (IRISA-D5)
Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA)
Université de Rennes 1 (UR1)
Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique)
Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes 1 (UR1)
Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique)
Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)
Département de Neuroradiologie [Centre Hospitalier Lyon Sud - HCL]
Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS)
Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL)
Service de Neuroradiologie [Rennes]
CHU Pontchaillou [Rennes]
Service de Neurologie [CHU Rennes]
CHU Bordeaux [Bordeaux]
Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS)
Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Concordia University [Montreal]
[GIN] Grenoble Institut des Neurosciences (GIN)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)
ANR-11-INBS-0006, Fondation pour l'Aide à la Recherche sur la Sclérose en Plaques
ANR-11-INBS-0006, Agence Nationale de la Recherche
ANR-10-COHO-0002,OFSEP,Observatoire Français de la Sclérose en Plaques(2010)
ANR-11-INBS-0006,FLI,France Life Imaging(2011)
Neuroimagerie: méthodes et applications (Empenn)
Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique)
Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique)
Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Service Informatique et développements
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Commowick, Olivier
Cohortes - Observatoire Français de la Sclérose en Plaques - - OFSEP2010 - ANR-10-COHO-0002 - COHO - VALID
Infrastructures - France Life Imaging - - FLI2011 - ANR-11-INBS-0006 - INBS - VALID
Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Source :
NeuroImage, NeuroImage, Elsevier, 2021, 244, pp.1-8. ⟨10.1016/j.neuroimage.2021.118589⟩, NeuroImage, 2021, 244, pp.1-8. ⟨10.1016/j.neuroimage.2021.118589⟩, NeuroImage, Vol 244, Iss, Pp 118589-(2021)
Publication Year :
2021
Publisher :
HAL CCSD, 2021.

Abstract

International audience; MRI plays a crucial role in multiple sclerosis diagnostic and patient follow-up. In particular, the delineation of T2-FLAIR hyperintense lesions is crucial although mostly performed manually-a tedious task. Many methods have thus been proposed to automate this task. However, sufficiently large datasets with a thorough expert manual segmentation are still lacking to evaluate these methods. We present a unique dataset for MS lesions segmentation evaluation. It consists of 53 patients acquired on 4 different scanners with a harmonized protocol. Hyperintense lesions on FLAIR were manually delineated on each patient by 7 experts with control on T2 sequence, and gathered in a consensus segmentation for evaluation. We provide raw and preprocessed data and a split of the dataset into training and testing data, the latter including data from a scanner not present in the training dataset. We strongly believe that this dataset will become a reference in MS lesions segmentation evaluation, allowing to evaluate many aspects: evaluation of performance on unseen scanner, comparison to individual experts performance, comparison to other challengers who already used this dataset, etc.

Details

Language :
English
ISSN :
10538119 and 10959572
Database :
OpenAIRE
Journal :
NeuroImage, NeuroImage, Elsevier, 2021, 244, pp.1-8. ⟨10.1016/j.neuroimage.2021.118589⟩, NeuroImage, 2021, 244, pp.1-8. ⟨10.1016/j.neuroimage.2021.118589⟩, NeuroImage, Vol 244, Iss, Pp 118589-(2021)
Accession number :
edsair.pmid.dedup....277b49a688a21bb7a802dd96db83f749
Full Text :
https://doi.org/10.1016/j.neuroimage.2021.118589⟩