In silico design of peptide inhibitors of protein-protein interactions

The PhD research will consist in developing a computational method to design cyclic peptidomimetic molecules with optimal affinity for protein-protein interfaces, in order to inhibit their interactions. The approach will be based on molecular docking and then assembly of amino acids, natural or not, on targeted protein surfaces. It will notably be applied to the design of inhibitors of the Aβ and IAPP peptide aggregations, involved in the Alzheimer's disease and type 2 diabetes, respectively.
Le travail de recherche consistera à développer une méthode computationnelle pour concevoir des molécules peptidomimétiques cycliques ayant une affinité optimale pour des interfaces protéine-protéine, dans le but d'inhiber leurs interactions. L'approche envisagée sera basée sur l'amarrage moléculaire puis l'assemblage d'acides aminés naturels ou non sur des surfaces protéiques visées. Elle sera notamment appliquée à la conception d'inhibiteurs d'agrégation des peptides Aβ et IAPP impliqués respectivement dans la maladie d'Alzheimer et le diabète de type 2.