Investigation of the effect of microbiota in terms of microbiome and transcriptome dynamics in the process of axolotl arm regeneration

Aksolotl; omurgalı sınıfından, iki yaşamlı, rejenerasyon yeteneği yüksek bir hayvandır. Aksolotl normal şartlar altında metamorfoz geçirmeyip dışarıdan tiroid hormonu uygulaması ile metamorfoza uğratılabilmektedir. Fakat canlı metamorfoz geçirdikten sonra rejenerasyon yeteneğinde, özellikle de kol rejenerasyonunda önemli bir azalma olmaktadır. Canlının sahip olduğu rejenerasyon yeteneğini anlamak için çeşitli açılardan araştırmalar yapılmıştır. Canlı mikrobiyomunun bu sürece katkısı ise merak edilen ve araştırılan bir konudur. Aksolotl organlarının mikrobiyomu metamorfoz sonrasında yeniden şekillendiği bilinmektedir. Metamorfoz ile birlikte azalan rejenerasyon yeteneğinin, mikrobiyal değişim ile ilişkisi bu tez çalışmasının konusudur. Bu kapsamda metamorfoz öncesi ve sonrasında aksolot yaşam ortamı mikrobiyom değişimi ile, rejenerasyon sırasında değişen mikrobiyota profili ve gen ifadesi araştırılmıştır. Böylece hem yaşam ortamındaki hem de rejenerasyon sırasındaki mikrobiyal değişim ele alınarak bütünsel bir bakış açısı ile rejenerasyon yeteneği incelendi. Bu çalışma kapsamında elde edilen sonuçlara göre, metamorfoz ile birlikte hem canlı organlarında hem de canlı yaşam ortamında mikrobiyota değişmektedir. Axolotl; It is an animal of the vertebrate class, amphibian, with a high regeneration ability. Axolotl does not undergo metamorphosis under normal conditions and can be metamorphosed by external application of thyroid hormone. However, regeneration ability -especially in arm regeneration- is significantly reduced after metamorphosis. In order to understand the regeneration ability of axolotl, research has been done from various perspectives. The contribution of the living microbiome to this process is a curious and researched subject. The microbiome of axolotl organs is known to remodel after metamorphosis. The relationship between regeneration ability, which decreases with metamorphosis, and microbial change is the subject of this thesis. In this context, microbiome changes in the axolotl habitat before and after metamorphosis, and the changing microbiota profile and gene expression during regeneration were investigated. Thus, the microbial change in both the living environment and during regeneration was handled and the regeneration ability was examined with a holistic perspective. According to the results obtained within the scope of this study, the microbiota changes both in living organs and in the living environment with metamorphosis.