Research with bioinformatic and molecular analysis methods of RNA based biomarkers in clear cell renal cell carcinoma

Berrak hücreli tip renal hücreli karsinom (BHTRHK) Dünya çapında yılda 75.000 kişiden fazla ölüme neden olmaktadır. Son yıllarda BHTRHK oluşumunda rol oynayan genlerin ve mikroRNA (miRNA)'ların işlevlerinin anlaşılmaya başlanması, moleküler patolojisinin aydınlatılmasını hem de yeni moleküler hedefe yönelik tedavilerin geliştirilmesine olanak sağlamaktadır. Tez çalışmasında global veri bankalarından elde edilen 6.056 BHTRHK hasta verisinin in silico analizleri yapılarak; BHTRHK gelişiminde rolü potansiyel olan aday genler ve bu genleri hedef alan miRNA'lar arasından belirlenen; VHL, KAT5 ve HIF1A'nın ve miR-22, miR-138 ve miR-223'ün ekspresyon analizleri 100 BHTRHK hastasının parafinize edilmiş tümör ve normal dokularında gerçekleştirildi. Elde edilen in silico analizlere ait nicel veriler; normalite testi, t-testi, X2, korelasyon testi ve ROC analizi ile değerlendirildi. Hastaların tümör ve normal dokularına ait gen ve miRNA ifade farklılıkları karşılaştırıldığında ise; VHL'de -0,39 kat azalma (p=0,4419), HIF1A'da 1,23 kat artma (p=0,0402), KAT5'de 1,88 kat artma (p=0,001), miR-223'de 0,97 kat artma (p=0,0458), miR-138'de -3,84 kat azalma (p