HIV resistance to antiretrovirals in a cohort of patients monitored according to national recommendations in Abidjan, Republic of Côte d'Ivoire

Justification: The selection of resistance mutations is one of the main consequences of virological failure. Access to viral load to detect early virological failures remains limited and genotypic resistance testing (GRT) is rare. There is a need to determine the human immunodeficiency virus (HIV) resistance profile to antiretrovirals (ARVs) and molecular phylogeny in patients treated for treatment failure in Abidjan, Côte d'Ivoire.Objectives : The aim of our study is to study HIV-1 resistance profiles in patients treated with ARVs in Abidjan (Côte d'Ivoire).Materials and methods: Patients for this study were recruited between 2012 and 2017, within the framework of different thematic research projects of the Molecular Biology Unit of the Virology Laboratory of CIRBA. These are two cohorts. The first cohort was made up of 61 children from a prospective national cohort at CIRBA from 2012 to 2013 comprising 260 children infected with HIV-1. The second cohort consisted of 182 adult patients routinely followed at CIRBA from June 2015 to July 2017. In total, we had a cohort of 243 patients. TGRs on the protease and reverse transcriptase genes were performed and interpreted according to the ANRS algorithm (www.hivfrenchresistance.org). The phylogenetic trees produced using BioEdit v7 and Mega7 software were used to determine viral subtypes.Results: In the first cohort, it appears that from 260 children, 61 were included in our study, or 23% (n=61/260). The female gender represented 57% (n=35/61). The median age was 11 years (03-17). The median viral load was 4.4 log10 copies/mL (03-6.6) with a median CD4 count of 411/mm3 (33-1388). The median length of time on treatment was 6 years (01-12). Non-B strains of HIV-1 represented 100% (n= 61/61) of the viral subtypes observed. Analysis of the 61 sequences identified 56 substitutions of which 93% (n=52/56) were minor mutations and 7% (n=04/56) were major mutations. Among the children, 8 were resistant to PIs, or a prevalence of 13% (n=8/61). There were 24 mutations associated with resistance. The most frequent minor mutations were M36I and K20I with a respective frequency of 100% (n=8/8), H69K 88% (n=7/8), L89M and I54V with a respective frequency of 75% (n=6/8) and G16E 50% (n=4/8). The major mutations were V82A 75% (n= 6/8), M46I 63% (n= 5/8), L90M 38% (n= 3/8) and L76V 13% (n= 1/8). No resistance to TPV/r and DRV/r was observed. Resistance to IDV and FPV/r with a frequency of 75% (n= 6/8), NFV and SQV/r with a frequency of 50% (n= 4/8), ATV/r 38% (n= 3/8) and LPV/r 25% (n= 2/8), respectively. In the second cohort, 182 patients were included in our study from June 2015 to July 2017. The median age was 43 years (18-75). The female gender represented 53% (n= 96/182). Phylogenetic analysis showed that CRF02_AG was the most represented (83%). Also present were subtypes A (9%), B (2%), C (1%), D (1%) and complex recombinants CRF02/A1 (1%), CRF02/CRF09 (1%), CRF09_cpx (2%) and CRF06_cpx (2%). The frequency of resistance to at least one ARV molecule was 74% (n= 134/182). It was 87% (n= 117/134) to NRTIs, 81% (n= 108/134) to NNRTIs and 37% (n= 49/134) to PIs. The frequency of two-class resistance was 45% (60/134) for NRTIs/NNRTIs and 12% (16/134) for NRTIs/PIs. The frequency of resistance to all three classes (NRTI/NNRTI/IP) was 24% (32/134). Frequently encountered resistance mutations were for NRTIs: M184V (88%), thymidine analogue mutations (23%); for NNRTIs: K103N (65%). For PIs, resistance to LPV/r, ATV/r and DRV/r were 78%, 57% and 14% respectively.Conclusion: The different studies realized during this thesis confirmed the predominance of CRF02_AG but showed an evolution of the genetic diversity of the circulating strains. Analyses have shown a high prevalence of resistance in patients in therapeutic failure followed in routine. These data support increased access to third-line drug options, ideally TGR-guided, to ensure the success of HIV-1 treatment in Côte d'Ivoire. In anticipation, increased efforts must be made to reduce the prices of currently unaffordable third-line drugs, including DRV/r and raltegravir (RAL) inhibitors.
Justification : La sélection des mutations de résistance est l’une des principales conséquences de l’échec virologique. L’accès à la charge virale permettant de détecter les échecs virologiques précoces reste limité et les tests génotypiques de résistance (TGR) sont rares. Il est nécessaire de déterminer le profil de résistance du virus de l’immunodéficience humaine (VIH) aux antirétroviraux (ARV) et la phylogénie moléculaire chez des patients traités en échec thérapeutique à Abidjan (Côte d’Ivoire).Objectifs : Le but de notre étude est d’étudier les profils de résistance du VIH-1 chez des patients traités par des ARV à Abidjan (Côte d’Ivoire).Matériel et méthodes : Les patients de cette étude ont été recrutés entre 2012 et 2017, dans le cadre de différents projets de recherches thématiques de l’unité de biologie moléculaire du laboratoire de virologie du CIRBA. Il s’agit de deux cohortes. La première cohorte était constituée à partir de 61 enfants issus d’une cohorte nationale prospective au CIRBA de 2012 à 2013 regroupant 260 enfants infectés par le VIH-1. La seconde cohorte était constituée à partir de 182 patients adultes suivis en routine au CIRBA de juin 2015 à juillet 2017. Au total, nous avons disposé d’une cohorte de 243 patients. Les TGR sur les gènes de la protéase et de la transcriptase inverse ont été réalisés et interprétés selon l’algorithme de l’ANRS (www.hivfrenchresistance.org). Les arbres phylogénétiques réalisés grâce aux logiciels BioEdit v7 et Mega7 ont permis de déterminer les sous types viraux.Résultats : Dans la première cohorte, il ressort qu’à partir de 260 enfants, 61 ont été inclus dans notre étude soit 23 % (n=61/260). Le genre féminin représentait 57 % (n=35/61). L’âge médian était de 11 ans (03-17). La charge virale médiane était de 4,4 log10 copies/mL (03-6,6) avec une médiane de CD4 de 411/mm3 (33-1388). La médiane de durée sous traitement était de 6 ans (01-12). Les souches non B du VIH-1 représentaient 100 % (n= 61/61) des sous-types viraux observés. L’analyse des 61 séquences a permis d’identifier 56 substitutions dont 93 % (n=52/56) étaient des mutations mineures et 7 % (n=04/56) des mutations majeures. Parmi les enfants, 8 étaient résistants aux IP soit une prévalence de 13 % (n= 8/61). Les mutations associées à la résistance étaient au nombre de 24. Les mutations mineures plus fréquentes étaient M36I et K20I avec une fréquence respective de 100 % (n= 8/8), H69K 88 % (n= 7/8), L89M et I54V avec une fréquence respective de 75 % (n= 6/8) et G16E 50 % (n= 4/8). Les mutations majeures étaient V82A 75 % (n= 6/8), M46I 63 % (n= 5/8), L90M 38 % (n= 3/8) et L76V 13 % (n= 1/8). Aucune résistance à TPV/r et DRV/r n’a été observée. On a noté une résistance à IDV et FPV/r avec une fréquence respective de 75 % (n= 6/8), NFV et SQV/r avec une fréquence respective de 50 % (n= 4/8), ATV/r 38 % (n= 3/8) et LPV/r 25 % (n= 2/8). Dans la deuxième cohorte, il ressort que 182 patients ont été inclus dans notre étude sur la période de juin 2015 à juillet 2017. L’âge médian était de 43 ans (18-75). Le genre féminin représentait 53 % (n = 96/182). L’analyse phylogénétique a montré que le CRF02_AG était le plus représenté (83 %). On note également la circulation du sous-type A (9 %), B (2 %), C (1 %), D (1 %) et de recombinants complexes CRF02/A1 (1 %), CRF02/CRF09 (1 %), CRF09_cpx (2 %) et CRF06_cpx (2 %). La fréquence de résistance à au moins une molécule ARV était de 74 % (n= 134/182). Elle était de 87 % (n= 117/134) aux INTI, 81 % (n= 108/134) aux INNTI et 37 % (n= 49/134) aux IP. La fréquence de résistance à deux classes était de 45 % (60/134) aux INTI/INNTI et 12 % (16/134) aux INTI/IP. La fréquence de résistance aux trois classes (INTI/INNTI/IP) était de 24 % (32/134). Les mutations de résistances fréquemment rencontrées étaient pour les INTI : M184V (88 %), les « thymidine analogue mutations » (23 %) ; pour les INNTI : la K103N (65 %). Quant aux IP, la résistance à LPV/r, ATV/r et DRV/r étaient respectivement de 78 %, 57 % et 14 % de la résistance aux IP.Conclusion : Les différents travaux réalisés au cours de cette thèse ont permis de confirmer la prédominance du CRF02_AG mais ont montré une évolution de la diversité génétique des souches circulantes. Les analyses ont montré une prévalence élevée de la résistance chez les patients en échec thérapeutique suivi en routine. Ces données sont en faveur d’un accès accru à des options de médicaments de troisième ligne, idéalement guidées par des TGR, pour assurer le succès du traitement du VIH-1 en Côte d’Ivoire. En prévision, des efforts accrus doivent être déployés pour réduire les prix des médicaments de troisième ligne actuellement inabordables, y compris les inhibiteurs DRV/r et raltégravir (RAL).