Architecture Génétique de la Réponse aux Stress Abiotiques chez la Tomate

Improvement of fruit quality and productivity can be achieved by cultural practices or breeding strategies. Environmental factors, particularly drought salinity and high temperatures usually lead important modification on plants at physiological and molecular level that impact fruit quality component and plant development. The QUALITOM team with private seed companies initiated a research program aiming to identify QTL involved in plant growth and fruit quality under environmental constraint conditions. Within this framework, a multi-parent advanced generation intercross (MAGIC) population derived from a cross of eight parental lines was developed at INRA center of Avignon and characterized in drought, saline and heat condition in different sites. My PhD project will focus on this plant material with the goal to identify for the whole dataset collected, the level of genotype x environment interactions and the effect of drought, salinity and heat stress at molecular level.; La productivité et la qualité des fruits peuvent être améliorées par l'optimisation des conditions de culture, mais aussi par la création de variétés améliorées. La connaissance des régions génomiques intervenant dans la qualité est pour cela nécessaire. Les conditions environnementales, en particulier les stress hydriques, thermiques ou salins, modifient la vigueur des plantes, la composition et la qualité des fruits Une population multi-allélique (MAGIC) dérivée de 8 lignées parentales a été caractérisée dans différents sites (Maroc, Israël, France) et sous différentes condition de stress (stress hydrique, salin, thermique). La thèse consistera à : (1) participer à la caractérisation phénotypique de la réponse au stress thermique de la population MAGIC (essai printemps 2017) ; (2) analyser et synthétiser l'ensemble des données de la population MAGIC pour la recherche de QTL. A l'issue de la cartographie on recherchera in silico des gènes candidats en s'intéressant aux co-localisations avec des gènes susceptibles d'affecter la réponse au stress. Parallèlement on étudiera les polymorphismes de ces gènes chez les lignées parentales (3) explorer les différences entre les transcriptomes obtenus chez les lignées parentales et 3 hybrides F1 en condition de stress et témoin. (4) initier la caractérisation d'un ou deux QTL majeurs par cartographie fine et validation fonctionnelle (CrispRcas9)