Optimisation d’une population expérimentale de canes communes (Anas platyrhynchos) et de leurs descendants mulards : utilisation de données de QTL

En France, 95 % de la production de foie gras provient du canard mulard, un hybride stérile issu d’un croisement entre une cane commune et un canard de Barbarie. Un dispositif animal de canes backcross, composé de 7 familles de 382 canes backcross dont le phénotype est estimé à partir des performances de leurs 1552 fils mulards a permis la détection de 17 QTL (Quantitative Trait Loci) liés à 8 caractères de qualité du foie gras. Afin de comprendre l’influence de l’expression des gènes du mulard sur les caractères de qualité du foie gras, une approche de détection des eQTL et pQTL colocalisés avec les QTL est programmée. La mise en oeuvre des analyses transcriptomiques et protéomiques n’étant possible que sur un maximum de 300 mulards, le choix optimisé d’une sous-population a été effectué. Une sélection progressive des canes, selon la localisation des QTL d’intérêt et l’informativité des canes pour ces QTL, a réduit la population initiale de 382 canes à 98. Pour réduire d’avantage la population, un choix de 3 mulards parmi N par cane backcross a d’une part été effectué par tirages aléatoires de ces mulards pour apprécier l’impact du choix sur la puissance de détection des QTL, puis d’autre part par un choix orienté des mulards visant à conserver la performance moyenne attribuée à la cane BC. Les résultats des détections de QTL, entreprises à chaque étape d’élimination, valident la sélection de 294 mulards, population permettant de détecter 8 des 11 QTL initialement identifiés.