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metagWGS: a workflow to analyse short and long HiFi metagenomic reads Taxonomic profile HiFi vs Short reads assembly

Authors :
Fourquet, Joanna
Mainguy, Jean
Vienne, Maïna
Noirot, Céline
Martin, Pierre
Darbot, Vincent
Bouchez, Olivier
Castinel, Adrien
Combes, Sylvie
Iampietro, Carole
Gaspin, Christine
Milan, Denis
Donnadieu, Cécile
Pascal, Géraldine
Hoede, Claire
Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE)
Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Plateforme Bio-Informatique - Génotoul
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées
Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE )
Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT)
Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe)
Plateforme Génome & Transcriptome (GET)
Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL)
Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Société Française de Bioinformatique
GDR Bioinformatique Moléculaire
Institut Français de Bioinformatique
Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique
FEDER funds (Programme Opérationnel FEDER-FSE_Midi-Pyrénées et Garonne 2014-2020)
ATB_Biofilm funded by PNREST Anses, 2020/01/142
Hoede, Claire
Source :
JOBIM 2022, JOBIM 2022, Jul 2022, Rennes, France. Actes des exposés (keynotes, contributions orales, mini-symposia) : JOBIM2022_proceedings_oral.pdf (23 Mo) et actes des posters et démos : JOBIM2022_proceedings_posters_demos.pdf (19 Mo). ⟨10.15454/1.5572369328961167E12⟩
Publication Year :
2022
Publisher :
HAL CCSD, 2022.

Abstract

International audience

Subjects

Subjects :
bioInfOmics
[INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]
[INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]

Details

Language :
English
Database :
OpenAIRE
Journal :
JOBIM 2022, JOBIM 2022, Jul 2022, Rennes, France. Actes des exposés (keynotes, contributions orales, mini-symposia) : JOBIM2022_proceedings_oral.pdf (23 Mo) et actes des posters et démos : JOBIM2022_proceedings_posters_demos.pdf (19 Mo). ⟨10.15454/1.5572369328961167E12⟩
Accession number :
edsair.od......1398..2cac1eb1f04d58348dfb71b66910cb95
Full Text :
https://doi.org/10.15454/1.5572369328961167E12⟩
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