Validation of a Quick PCR Method Suitable for Direct Sequencing: Identification of Fusarium Fungal Species and Chemotypes for Preventive Approaches in Food Safety

Za razvoj preventivnih mjera koje se provode radi poboljšanja sigurnosti hrane neophodno je odrediti toksičnost plijesni roda Fusarium, pa se sekvenciranjem i genetskom kemotipizacijom pomoću metode lančane reakcije polimerazom određuju vrste ovoga roda plijesni. U radu je predložen brzi protokol za standardni postupak utvrđivanja vrste plijesni sekvenciranjem faktora elongacije 1α i multipleks kemotipizacijom s pomoću gena Tri12. Provedena je i statistička obrada dobivenih podataka. Kao podloga za uzgoj plijesni upotrijebljen je filter papir Miracloth, a DNA je iz plijesni izdvojena pomoću mikrovalova. Ispitano je 75 sojeva plijesni Fusarium culmorum i Fusarium graminearum, te je zaključeno da se ovim postupkom mogu uspješno odrediti vrste roda Fusarium.
Species determination by sequencing and PCR genetic chemotyping, used to determine the toxigenic potential of Fusarium strains, is fundamental for developing preventive strategies in food safety. Here we propose and statistically validate a quick protocol for standardizing the procedure of species determination by sequencing of the elongation factor 1-α and multiplex genetic chemotyping using the Tri12 gene, based on fungal growth on Miracloth tissue coupled with microwave extraction. The test was validated on 75 Fusarium culmorum and Fusarium graminearum strains.