Charakterisierung rekurrenter genomischer Aberrationen bei der chronisch lymphatischen Leukämie mittels hochauflösender Einzelnukleotid-Polymorphismus Arrays

Genomische Aberrationen stellen bei der chronisch lymphatischen Leukämie (CLL) wichtige Risikofaktoren in Bezug auf den Krankheitsverlauf dar. Neben dem immunoglobulin heavy chain variable region (IGHV)-Mutationsstatus nehmen genomische Aberrationen (Deletion 13q, Deletion 11q, Deletion 17p, Trisomie 12) einen wichtigen Stellenwert bei der Prognoseabschätzung ein. Ziel dieser Arbeit war, diese Läsionen mit Hilfe der hochauflösenden Technik des Genome-Wide Human SNP 6.0 Arrays genauer zu charakterisieren. Es wurden auch die seltener rekurrenten Aberrationen wie Zugewinne auf 2p, Deletion 6q, Zugewinne auf 8q24.21 und Trisomie 19 und 18 in die Untersuchung mit einbezogen. Das Genom von 353 Patienten wurde analysiert. Alle Patienten waren in die CLL8 Studie der Deutschen CLL Studiengruppe eingeschlossen und zum Zeitpunkt der Probenentnahme nicht vorbehandelt. In den gepaart analysierten Fällen konnte eine mittlere Anzahl von 1,8 Kopienzahlveränderungen (CNA; copy number alteration, engl.) pro Fall detektiert werden. Fälle mit Hochrisikoaberrationen (Deletion 17p13 und / oder TP53 Mutation, Deletion 11q22.3) wiesen mit zusätzlichen 1,06 CNAs pro Fall im Mittel eine höhere Zahl zusätzlicher Aberrationen auf. Minimale von der Läsion betroffene Konsensusregionen konnten für folgende Aberrationen bestimmt werden: Deletion 13q14, Deletion 11q22.3, Zugewinne auf 2p16.1-2p16 und auf 8q24.1. In der Deletion 13q14 (61 % der Fälle) wurden in der minimal deletierten Konsensusregion die Gene DLEU1 und DLEU2 identifiziert. Bei der Deletion 11q22.3 (27 %) war eine Fokussierung der deletierten Region auf das ATM-Gen nachweisbar. In der minimal hinzugewonnenen Region auf 2p16.1-2p16 (7 %) wurde ein 1,9 Mb großes Areal mit neun Genen identifiziert und für Zugewinne auf 8q24.1 (5 %) ein etwa 500 kb proximal des c-MCY-Lokus gelegenes Segment mit einer Länge von nur 61 kb. TP53 war in allen Fällen bis auf zwei Ausnahmen von der Deletion 17p betroffen.