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Widening of the genetic and clinical spectrum of Lamb-Shaffer syndrome, a neurodevelopmental disorder due to SOX5 haploinsufficiency

Authors :
Ashley N. Sigafoos
Salima El Chehadeh
Marcia C. Willing
Ela Akay
Florian Cherik
Anne-Marie E. Goyette
Vinodh Narayanan
Diane Masser-Frye
Catherine Karimov
Rhonda E. Schnur
Rebekah Bressi
Rhys H. Thomas
Gary D. Clark
Tina Barbaro-Dieber
Jill A. Rosenfeld
Carlos A. Bacino
Maria J. Guillen Sacoto
Laura Russell
Kristin Lindstrom
Caroline Schluth-Bolard
Xia Wang
Yvonne Hilhorst-Hofstee
Marcelo Vargas
Zehua Zhu
Ash Zawerton
Boris Keren
Mariëtte J.V. Hoffer
Isabelle Marey
Alice Poisson
Daphné Lehalle
Maries Joseph
Gaetan Lesca
Simon Zwolinski
Laurence Perrin
Rhoda Akilapa
Emilia K. Bijlsma
Christel Depienne
Amélie Piton
Claire G. Salter
Lucie Dupuis
Daryl A. Scott
Jolien S. Klein Wassink-Ruiter
Benjamin Cogné
Mathilde Nizon
Richard Chang
Kirsty McWalter
Myriam Srour
Perrine Charles
Anne-Claude Tabet
Natalie Canham
Sylvie Odent
Caroline Nava
Karl J. Clark
Elizabeth J. Bhoj
Jonathan Levy
Keri Ramsey
Yves Alembik
Lucia Ortega
Sophie Dupuis-Girod
Shoji Ichikawa
Christine Francannet
Marta Bertoli
Christèle Dubourg
Eric W. Klee
Ange-Line Bruel
Sebastien Moutton
Emily Fassi
Anthony Vandersteen
Abdul Haseeb
Antonina Wojcik
Patrick R. Blackburn
Lynne M. Bird
Patrick Rump
Véronique Lefebvre
Alma Kuechler
Sophie Nambot
Keren Machol
Cyril Mignot
Andreas Hartmann
Rossana Sanchez Russo
Erica H. Gerkes
Sylvie Jaillard
Roberto Mendoza-Londono
Trevor Cole
Pauline Monin
Cleveland Clinic
Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière]
CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)
Génétique humaine et fonctions cognitives - Human Genetics and Cognitive Functions (GHFC (UMR_3571 / U-Pasteur_1))
Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Département de génétique [Robert Debré]
Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris]
Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)
Centre de recherche en neurosciences de Lyon (CRNL)
Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Hospices Civils de Lyon (HCL)
Centre d'Etude et de Recherche Multimodal Et Pluridisciplinaire en imagerie du vivant (CERMEP - imagerie du vivant)
Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)
Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC)
Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon)
Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)
Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR)
Université de Rennes 1 (UR1)
Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
CHU Pontchaillou [Rennes]
Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset)
Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Université de Rennes 1 (UR1)
Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université d'Angers (UA)
Center for Human and Clinical Genetics
Leiden University Medical Center (LUMC)
Service de génétique médicale - Unité de génétique clinique [Nantes]
Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)
unité de recherche de l'institut du thorax UMR1087 UMR6291 (ITX)
Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE)
Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC)
Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Department of Health Sciences Research [Mayo Clinic] (HSR)
Mayo Clinic
This research was funded in part by the Agence Nationale de la Recherche and European High-Functioning Autism Network (ANR EUHFAUTISM), the Assistance Publique–Hôpitaux de Paris (AP-HP), the Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), the BioPsy labex (to Christel Depienne and C.N.) and the Association Française du Syndrome Gilles de la Tourette (AFSGT) to Christel Depienne. It was also funded by the Cleveland Clinic Lerner Research Institute (LRI Chair’s Innovative Research Award to V.L.), and by Harper’s Quest and the LAMSHF Syndrome Research Fund (donations to V.L.) and the Center for Individualized Medicine, Mayo Clinic. This study makes use of data generated by the DECIPHER community and the Deciphering Developmental Disorders (DDD) Study, which is funded by the Wellcome Trust. The DDD study presents independent research commissioned by the Health Innovation Challenge Fund (grant number HICF-1009-003), a parallel funding partnership between Wellcome and the Department of Health, and the Wellcome Sanger Institute (grant number WT098051). The views expressed in this publication are those of the author(s) and not necessarily those of Wellcome or the Department of Health. The study has UK Research Ethics Committee approval (10/H0305/83, granted by the Cambridge South REC, and GEN/284/12 granted by the Republic of Ireland REC). The research team acknowledges the support of the National Institute for Health Research, through the Comprehensive Clinical Research Network.
We thank the patients and their families for their participation in this study, and the C4RCD Research Group (Newell Belnap, Amanda Courtright, Ana Claasen, David Craig, Matt Huentelman, Madison LaFleur, Sampathkumar Rangasamy, Ryan Richholt, Isabelle Schrauwen, Ashley L. Siniard, and Szabolics Szelinger) for providing clinical information on patient P18.
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Service de Génétique et Cytogénétique [CHU Pitié-Salpêtrière]
Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]
Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris]
Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris]
Centre d'Exploration et de Recherche Médicales par Émission de Positons (CERMEP)
Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Saint-Etienne-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1)
Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)
Source :
Genetics in Medicine, Genetics in Medicine, Nature Publishing Group, 2020, 22 (3), pp.524-537. ⟨10.1038/s41436-019-0657-0⟩, Genetics in medicine : official journal of the American College of Medical Genetics, vol 22, iss 3, Genetics in Medicine, 22(3), 524-537. Nature Publishing Group, Genet Med, Genetics in Medicine, 22(3), 524-537. NATURE PUBLISHING GROUP
Publication Year :
2020
Publisher :
Nature Publishing Group, 2020.

Abstract

International audience; PURPOSE: Lamb-Shaffer syndrome (LAMSHF) is a neurodevelopmental disorder described in just over two dozen patients with heterozygous genetic alterations involving SOX5, a gene encoding a transcription factor regulating cell fate and differentiation in neurogenesis and other discrete developmental processes. The genetic alterations described so far are mainly microdeletions. The present study was aimed at increasing our understanding of LAMSHF, its clinical and genetic spectrum, and the pathophysiological mechanisms involved.METHODS: Clinical and genetic data were collected through GeneMatcher and clinical or genetic networks for 41 novel patients harboring various types of SOX5 alterations. Functional consequences of selected substitutions were investigated.RESULTS: Microdeletions and truncating variants occurred throughout SOX5. In contrast, most missense variants clustered in the pivotal SOX-specific high-mobility-group domain. The latter variants prevented SOX5 from binding DNA and promoting transactivation in vitro, whereas missense variants located outside the high-mobility-group domain did not. Clinical manifestations and severity varied among patients. No clear genotype-phenotype correlations were found, except that missense variants outside the high-mobility-group domain were generally better tolerated.CONCLUSIONS:This study extends the clinical and genetic spectrum associated with LAMSHF and consolidates evidence that SOX5 haploinsufficiency leads to variable degrees of intellectual disability, language delay, and other clinical features.

Details

Language :
English
ISSN :
15300366 and 10983600
Volume :
22
Issue :
3
Database :
OpenAIRE
Journal :
Genetics in Medicine
Accession number :
edsair.doi.dedup.....e572914cd3ed1c6195ff6874c9228a5a