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An extension of chronicles temporal model with taxonomies -Application to epidemiological studies

Authors :
Thomas Guyet
Olivier Dameron
Johanne Bakalara
Emmanuel Oger
André Happe
Recherche en Pharmaco-épidémiologie et Recours aux Soins (REPERES)
Université de Rennes 1 (UR1)
Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)
Large Scale Collaborative Data Mining (LACODAM)
Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7)
Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA)
Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1)
Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique)
Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes)
Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1)
Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)
Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss)
Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest)
Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique)
Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique)
Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)
Source :
HEALTHINF 2021-14th International Conference on Health Informatics, HEALTHINF 2021-14th International Conference on Health Informatics, Feb 2021, online, France. pp.1-10, BDA 2020-36ème Conférence sur la Gestion des Données-Principes, Technologies et Applications, BDA 2020-36ème Conférence sur la Gestion des Données-Principes, Technologies et Applications, Oct 2020, Virtual, France. pp.1-10, HEALTHINF
Publication Year :
2021
Publisher :
HAL CCSD, 2021.

Abstract

International audience; Medico-administrative databases contain information about patients' medical events, i.e. their care trajectories. Semantic Web technologies are used by epidemiologists to query these databases in order to identify patients whose care trajectories conform to some criteria. In this article we are interested in care trajectories involving temporal constraints. In such cases, Semantic Web tools lack computational efficiency while temporal pattern matching algorithms are efficient but lack of expressiveness. We propose to use a temporal pattern called chronicles to represent temporal constraints on care trajectories. We also propose an hybrid approach, combining the expressiveness of SPARQL and the efficiency of chronicle recognition to query care trajectories. We evaluate our approach on synthetic data and real large data. The results show that the hybrid approach is more efficient than pure SPARQL, and validate the interest of our tool to detect patients having venous thromboembolism disease in the French medico-administrative database.

Details

Language :
English
Database :
OpenAIRE
Journal :
HEALTHINF 2021-14th International Conference on Health Informatics, HEALTHINF 2021-14th International Conference on Health Informatics, Feb 2021, online, France. pp.1-10, BDA 2020-36ème Conférence sur la Gestion des Données-Principes, Technologies et Applications, BDA 2020-36ème Conférence sur la Gestion des Données-Principes, Technologies et Applications, Oct 2020, Virtual, France. pp.1-10, HEALTHINF
Accession number :
edsair.doi.dedup.....c9df988f1177faaa84ec619faa260aff