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Biogeography of marine giant viruses reveals their interplay with eukaryotes and ecological functions

Authors :
Shinichi Sunagawa
Nicolas Henry
Patrick Wincker
Hisashi Endo
Hiroyuki Ogata
Romain Blanc-Mathieu
Colomban de Vargas
Karine Labadie
Chris Bowler
Lee Karp-Boss
Yanze Li
Guillem Salazar
Matthew B. Sullivan
Institute for Chemical Research, Kyoto University
Physiologie cellulaire et végétale (LPCV)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)
Institute of Microbiology and Swiss Institute of Bioinformatics
Adaptation et diversité en milieu marin (ADMM)
Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR)
Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE)
Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Department of Microbiology, The Ohio state university
Department of Civil, The Ohio State University
Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS)
Département de Biologie - ENS Paris
École normale supérieure - Paris (ENS-PSL)
Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL)
Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans (GOSEE)
Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École Pratique des Hautes Études (EPHE)
Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Aix Marseille Université (AMU)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université de Toulon (UTLN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS Paris Saclay)-European Molecular Biology Laboratory (EMBL)-École Centrale de Nantes (Nantes Univ - ECN)
Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Université australe du Chili
University of Maine - School of Marine Sciences
JSPS/KAKENHI (nos. 26430184, 18H02279, 19H0566719K15895 and 19H04263)
Scientific Research on Innovative Areas from the Ministry of Education, Culture, Science, Sports and Technology (MEXT) of Japan (numbers 16H06429, 16K21723 and 16H06437
Kyoto University Research Coordination Alliance
Collaborative Research Program of the Institute for Chemical Research, Kyoto University (numbers 2019–30 and 2020–27)
Tara Oceans consortium
ANR-11-BTBR-0008,OCEANOMICS,Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques(2011)
ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010)
Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Adaptation et diversité en milieu marin (AD2M)
Station biologique de Roscoff (SBR)
Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris
École normale supérieure - Paris (ENS Paris)
Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)
Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Tara Oceans-GOSEE (FR2022)
Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS)
Source :
Nature Ecology & Evolution, Nature Ecology & Evolution, 2020, 4 (12), pp.1639-1649. ⟨10.1038/s41559-020-01288-w⟩, Nature Ecology & Evolution, Nature, 2020, 4 (12), pp.1639-1649. ⟨10.1038/s41559-020-01288-w⟩
Publication Year :
2020
Publisher :
HAL CCSD, 2020.

Abstract

Nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs) are ubiquitous in marine environments and infect diverse eukaryotes. However, little is known about their biogeography and ecology in the ocean. By leveraging the Tara Oceans pole-to-pole metagenomic data set, we investigated the distribution of NCLDVs across size fractions, depths and biomes, as well as their associations with eukaryotic communities. Our analyses reveal a heterogeneous distribution of NCLDVs across oceans, and a higher proportion of unique NCLDVs in the polar biomes. The community structures of NCLDV families correlate with specific eukaryotic lineages, including many photosynthetic groups. NCLDV communities are generally distinct between surface and mesopelagic zones, but at some locations they exhibit a high similarity between the two depths. This vertical similarity correlates to surface phytoplankton biomass but not to physical mixing processes, which suggests a potential role of vertical transport in structuring mesopelagic NCLDV communities. These results underscore the importance of the interactions between NCLDVs and eukaryotes in biogeochemical processes in the ocean.<br />海洋巨大ウイルスの地理的分布を全球規模で解明 --海域による特異性が明らかに--. 京都大学プレスリリース. 2020-09-08.

Details

Language :
English
ISSN :
2397334X
Database :
OpenAIRE
Journal :
Nature Ecology & Evolution, Nature Ecology & Evolution, 2020, 4 (12), pp.1639-1649. ⟨10.1038/s41559-020-01288-w⟩, Nature Ecology & Evolution, Nature, 2020, 4 (12), pp.1639-1649. ⟨10.1038/s41559-020-01288-w⟩
Accession number :
edsair.doi.dedup.....b96a986a75c8c1c54b5efdf7d3fc192f
Full Text :
https://doi.org/10.1038/s41559-020-01288-w⟩