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ipcwswitch: An R package for inverse probability of censoring weighting with an application to switches in clinical trials

Authors :
Aurélien Latouche
Sylvie Chevret
Christophe Le Tourneau
Nathalie Grafféo
Equipe 2 : ECSTRA - Epidémiologie Clinique, STatistique, pour la Recherche en Santé (CRESS - U1153)
Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153))
Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD)
Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Cancer et génome: Bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe
Institut Curie [Paris]-MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris
Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
CEDRIC. Méthodes statistiques de data-mining et apprentissage (CEDRIC - MSDMA)
Centre d'études et de recherche en informatique et communications (CEDRIC)
Ecole Nationale Supérieure d'Informatique pour l'Industrie et l'Entreprise (ENSIIE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Ecole Nationale Supérieure d'Informatique pour l'Industrie et l'Entreprise (ENSIIE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)
Institut Curie [Paris]
Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153))
Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Service de biostatistique et information médicale de l’hôpital Saint Louis (Equipe ECSTRA) (SBIM)
Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP)
Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut national du cancer [Boulogne] (INCA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Mines Paris - PSL (École nationale supérieure des mines de Paris)
Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Ecole Nationale Supérieure d'Informatique pour l'Industrie et l'Entreprise (ENSIIE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)
HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Ecole Nationale Supérieure d'Informatique pour l'Industrie et l'Entreprise (ENSIIE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)
HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut national du cancer [Boulogne] (INCA)-Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP)
Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)
Cancer et génôme: Bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe
MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris-Institut Curie-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Institut Curie
Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut national du cancer [Boulogne] (INCA)-CHU Saint Louis [APHP]
CCSD, Accord Elsevier
Source :
Computers in Biology and Medicine, Computers in Biology and Medicine, Elsevier, 2019, 111, pp.103339. ⟨10.1016/j.compbiomed.2019.103339⟩
Publication Year :
2019
Publisher :
HAL CCSD, 2019.

Abstract

In randomized clinical trials (RCT), the analysis is based on the intent-to-treat principle to avoid any selection bias in the constitution of groups. However, estimates of overall survival can be biased when significant crossover occurs because the separation of randomized groups is lost. To handle these switches, the inverse probability of censoring weighting (IPCW) method has been proposed; however, it is still poorly used in RCT, notably because of its complex implementation. In particular, for time-to-event outcomes, it can be difficult to format data, especially when time-dependent covariates have to be managed, with different measurement times between patients. This paper aims to present the R package ipcwswitch with some guidance for the analysis of the treatment effect on survival in a hypothetical setting where all patients would have continued to take the randomization treatment. After a brief recall of the key principles of the IPCW method, each step of the implementation is described using a toy example. The guidelines are illustrated in a case study that aimed at evaluating the benefit of therapy based on tumour molecular profiling for advanced cancers, SHIVA01.

Details

Language :
English
ISSN :
00104825
Database :
OpenAIRE
Journal :
Computers in Biology and Medicine, Computers in Biology and Medicine, Elsevier, 2019, 111, pp.103339. ⟨10.1016/j.compbiomed.2019.103339⟩
Accession number :
edsair.doi.dedup.....b2b0e763956e19e3741190f8e6a2306a