Caratterizzazione molecolare di ceppi di Listeria monocytogenes isolati da matrici alimentari e da fonti umane

Scopo del lavoro è stato la caratterizzazione molecolare di ceppi di L. monocytogenes (L.m.) isolati da alimenti e dall’uomo nel triennio 2019-2021. Un totale di 67 ceppi di L.m. sono stati isolati (norma UNI EN ISO 11290-1:2017) presso i laboratori di Microbiologia degli alimenti dell’IZS Palermo da diverse matrici alimentari con prevalenza di alimenti pronti quali prodotti lattiero-caseari, a base di carne, ittici, vegetali, prelevati nell’ambito dei campionamenti dei Servizi Veterinari delle ASP. Gli isolati batterici sono stati conservati a –20 °C in Microbank ed in seguito inviati al LNR di Teramo per la determinazione del sierogruppo (PCR-Multiplex) e successiva indagine molecolare (MLST e Whole Genome Sequencing -WGS). Il sequenziamento è stato effettuato su piattaforma NextSeq 500 Illumina e l’analisi dei dati eseguita su una piattaforma bioinformatica e di raccolta dati del LNR L.m., denominata GenPat. Presso i laboratori ospedalieri di Palermo (Ospedale Civico, Ospedali Riuniti Villa Sofia-Cervello e Azienda Ospedaliera Universitaria Policlinico, quest’ultimo anche Laboratorio di Riferimento Regionale per la listeriosi) sono stati isolati n. 39 ceppi clinici di L.m. I ceppi, insieme alle schede per la raccolta dei dati epidemiologici, sono stati inviati all’Istituto Superiore di Sanità (ISS-Operational Contact Point microbiologico per L.m.) per la caratterizzazione molecolare mediante WGS. Il sequenziamento è stato effettuato su una piattaforma IonTorrent S5 e l’analisi è stata eseguita automaticamente su una piattaforma bioinformatica e di raccolta dati, denominata IRIDA-ARIES. I risultati sulla caratterizzazione molecolare dei ceppi isolati dagli alimenti hanno mostrato una prevalenza del sierogruppo IVb (70%), seguito dal IIa (24%), dal IIb (4.5%) e dal IIc (1.5%). Il 46.3% dei ceppi, tutti appartenenti al sierogruppo IVb, sono stati isolati da mozzarella e formaggio a pasta filata, prelevati presso una stessa azienda produttrice, durante controlli ufficiali, nel periodo agosto-settembre 2020, a seguito di positività rilevata in autocontrollo. I risultati del sequenziamento effettuato dal LNR hanno evidenziato l’esistenza di cluster di ceppi appartenenti al Clonal Complex (CC) 2, CC199 e CC1. In particolare, tutti i ceppi isolati nello stesso caseificio, sia nel periodo considerato che in un successivo campionamento a gennaio 2022, appartenevano al CC2 e Sequence Type 2 (ST2). Riguardo i ceppi clinici, l’analisi filogenetica dei genomi dei 39 isolati di L.m. ha consentito l’identificazione di un Cluster_90 composto da 25 ceppi dei quali 6 isolati nel 2019, 16 nel 2020 e 1 nel 2021. I 25 ceppi sono risultati appartenere al sierogruppo IVb, ST2 e CC2 presentando tra loro una differenza allelica al core genome MLST compresa tra 0 e 12. Da sottolineare la presenza di 8 ceppi, isolati tra ottobre 2019 e agosto 2021, associati a casi materno neonatali. Le sequenze genomiche dei 39 ceppi clinici di L.m. sono state confrontate con le sequenze depositate nel database IRIDA-ARIES. Dall’analisi è emerso che al Cluster_90, ST2 appartenevano anche 3 ceppi isolati in Lombardia (2 nel 2019, 1 nel 2020), 2 in Piemonte, 1 nel Lazio, 1 in Toscana nel 2020 e 2 ceppi isolati in Sicilia (1 nel 2019 da Siracusa e 1 nel 2020 dalla provincia di Palermo). Il presente studio ha permesso di avviare la costruzione di una rete integrata medico/veterinaria tra laboratori per potenziare il sistema di sorveglianza della listeriosi nella regione Sicilia.