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A validation dataset for Macaque brain MRI segmentation

Authors :
Michel E. Vandenberghe
Yaël Balbastre
Clara Fischer
Susannah Williams
Julien Flament
Romina Aron-Badin
Philippe Hantraye
Nicolas Souedet
Jean-François Mangin
Anne-Sophie Hérard
Thierry Delzescaux
Denis Rivière
Laboratoire des Maladies Neurodégénératives - UMR 9199 (LMN)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Service MIRCEN (MIRCEN)
Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB)
Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB)
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Service NEUROSPIN (NEUROSPIN)
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay
Centre d'Acquisition et de Traitement des Images [Paris]
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Service MIRCEN (MIRCEN)
Institut d'Imagerie BioMédicale (I2BM)
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay
Unité Analyse et Traitement de l'Information (UNATI)
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Service MIRCEN (MIRCEN)
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Institut de Recherches sur les Archéomatériaux (IRAMAT)
Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université d'Orléans (UO)-Université Bordeaux Montaigne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie François JACOB (JACOB)
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie François JACOB (JACOB)
Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Source :
Data in Brief, Vol 16, Iss, Pp 37-42 (2018), Data in Brief, Data in Brief, Elsevier, 2018, 16, pp.37-42. ⟨10.1016/j.dib.2017.11.008⟩, Data in Brief, 2018, 16, pp.37-42. ⟨10.1016/j.dib.2017.11.008⟩
Publication Year :
2018
Publisher :
Elsevier, 2018.

Abstract

International audience; Validation data for segmentation algorithms dedicated to preclinical images is fiercely lacking, especially when compared to the large number of databases of Human brain images and segmentations available to the academic community. Not only is such data essential for validating methods, it is also needed for objectively comparing concurrent algorithms and detect promising paths, as segmentation challenges have shown for clinical images.The dataset we present here is a first step in this direction. It comprises 10 T2-weighted MRIs of healthy adult macaque brains, acquired on a 7 T magnet, along with corresponding manual segmentations into 17 brain anatomic labelled regions spread over 5 hierarchical levels based on a previously published macaque atlas (Calabrese et al., 2015) [1].By giving access to this unique dataset, we hope to provide a reference needed by the non-human primate imaging community. This dataset was used in an article presenting a new primate brain morphology analysis pipeline, Primatologist (Balbastre et al., 2017) [2]. Data is available through a NITRC repository (https://www.nitrc.org/projects/mircen_macset).

Details

Language :
English
ISSN :
23523409
Volume :
16
Database :
OpenAIRE
Journal :
Data in Brief
Accession number :
edsair.doi.dedup.....75df516a9acdd18f446aea3d74125812
Full Text :
https://doi.org/10.1016/j.dib.2017.11.008⟩