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Morphological Analysis and Feature Extraction of Neurons from Mouse Cortices Multiscale 3D Microscopic Images

Authors :
Eric Debreuve
Kawssar Harb
Alexis Zubiolo
Xavier Descombes
Michèle Studer
Morphologie et Images (MORPHEME)
Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM)
Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut de Biologie Valrose (IBV)
Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS)
COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS)
COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Signal, Images et Systèmes (Laboratoire I3S - SIS)
Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S)
COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS)
COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S)
COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Institut de Biologie Valrose (IBV)
COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)
Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia-Antipolis (I3S) / Equipe IMAGES-CREATIVE
Signal, Images et Systèmes (Laboratoire I3S - SIS)
COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)
IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBS)
Zubiolo, Alexis
Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS)
COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS)
COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS)
Source :
Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc. 2015 Aug;2015:7466-9, 37th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC 2015), 37th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC 2015), IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBS), Aug 2015, Milan, Italy. ⟨10.1109/EMBC.2015.7320118⟩, EMBC
Publication Year :
2015
Publisher :
HAL CCSD, 2015.

Abstract

International audience; In this paper, we propose a framework to analyze the morphology of mouse neurons in the layer V of the cortex from 3D microscopic images. We are given 8 sets of images, each of which is composed of a 10x image showing the whole neurons, and a few (2 to 5) 40x images focusing on the somas. The framework consists in segmenting the neurons on both types of images to compute a set of specific morphological features, and in matching the neurons in the 40x images to their counterparts in the 10x images to combine the features we obtained, in a fully automatic fashion.

Details

Language :
English
Database :
OpenAIRE
Journal :
Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc. 2015 Aug;2015:7466-9, 37th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC 2015), 37th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC 2015), IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBS), Aug 2015, Milan, Italy. ⟨10.1109/EMBC.2015.7320118⟩, EMBC
Accession number :
edsair.doi.dedup.....6509e138ff0c843b64bfcdebf0e81970
Full Text :
https://doi.org/10.1109/EMBC.2015.7320118⟩