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Gene regulatory networks in plants: learning causality from time and perturbation

Authors :
Gabriel Krouk
Amy Marshall Colon
Dennis Shasha
Gloria M. Coruzzi
Jesse M. Lingeman
Biochimie et Physiologie Moléculaire des Plantes (BPMP)
Université de Montpellier (UM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Courant Institute of Mathematical Sciences [New York] (CIMS)
New York University [New York] (NYU)
NYU System (NYU)-NYU System (NYU)
Center for Genomics and Systems Biology
Department of Biology [New York]
NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-New York University [New York] (NYU)
Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
NIH NIGMS GRANT [RO1 GM032877]
NSF [MCB-0929338, MCB 1158273]
NIH-NRSA [GM095273]
ANR [NitroNet: ANR 11 PDOC 020 01]
CNRS
Shasha, Dennis
Source :
Genome Biology, Genome Biology, BioMed Central, 2013, 14 (6), pp.123. ⟨10.1186/gb-2013-14-6-123⟩, Genome Biology 6 (14), . (2013)
Publication Year :
2013
Publisher :
HAL CCSD, 2013.

Abstract

International audience; : The goal of systems biology is to generate models for predicting how a system will react under untested conditions or in response to genetic perturbations. This paper discusses experimental and analytical approaches to deriving causal relationships in gene regulatory networks.

Details

Language :
English
ISSN :
14656906 and 1474760X
Database :
OpenAIRE
Journal :
Genome Biology, Genome Biology, BioMed Central, 2013, 14 (6), pp.123. ⟨10.1186/gb-2013-14-6-123⟩, Genome Biology 6 (14), . (2013)
Accession number :
edsair.doi.dedup.....641c3e8061a06a53de15bf537599015e
Full Text :
https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-6-123⟩