Back to Search Start Over

Long noncoding RNA repertoire in chicken liver and adipose tissue

Authors :
Sylvain Foissac
Morgane Boutin
Valentin Wucher
Frédéric Jehl
Colette Désert
Elisabetta Giuffra
Diane Esquerre
Frédéric Lecerf
Sandrine Lagarrigue
Christophe Klopp
Kévin Muret
Thomas Derrien
Sarah Djebali
Fabrice Legeai
Hervé Acloque
BMC, BMC
Adapting the feed, the animal and the feeding techniques to improve the efficiency and sustainability of monogastric livestock production systems - Feed-a-Gene - - H20202015-03-01 - 2020-02-29 - 633531 - VALID
Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST
Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage (SIGENAE)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR)
Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT)
Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE )
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST
Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech
IN-1275570, INRA
European Project: 633531,H2020,H2020-SFS-2014-2,Feed-a-Gene(2015)
Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT)
Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)
Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT)
Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)
AGROCAMPUS OUEST
Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Université de Rennes 1 (UR1)
Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1)
Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST
Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1)
Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)
AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Source :
Genetics Selection Evolution, Genetics Selection Evolution, 2017, 49 (1), pp.6. ⟨10.1186/s12711-016-0275-0⟩, Genetics Selection Evolution, BioMed Central, 2017, 49 (1), pp.6. ⟨10.1186/s12711-016-0275-0⟩, Genetics Selection Evolution 1 (49), . (2017), Genetics, Selection, Evolution : GSE
Publication Year :
2017
Publisher :
Springer Science and Business Media LLC, 2017.

Abstract

Background Improving functional annotation of the chicken genome is a key challenge in bridging the gap between genotype and phenotype. Among all transcribed regions, long noncoding RNAs (lncRNAs) are a major component of the transcriptome and its regulation, and whole-transcriptome sequencing (RNA-Seq) has greatly improved their identification and characterization. We performed an extensive profiling of the lncRNA transcriptome in the chicken liver and adipose tissue by RNA-Seq. We focused on these two tissues because of their importance in various economical traits for which energy storage and mobilization play key roles and also because of their high cell homogeneity. To predict lncRNAs, we used a recently developed tool called FEELnc, which also classifies them with respect to their distance and strand orientation to the closest protein-coding genes. Moreover, to confidently identify the genes/transcripts expressed in each tissue (a complex task for weakly expressed molecules such as lncRNAs), we probed a particularly large number of biological replicates (16 per tissue) compared to common multi-tissue studies with a larger set of tissues but less sampling. Results We predicted 2193 lncRNA genes, among which 1670 were robustly expressed across replicates in the liver and/or adipose tissue and which were classified into 1493 intergenic and 177 intragenic lncRNAs located between and within protein-coding genes, respectively. We observed similar structural features between chickens and mammals, with strong synteny conservation but without sequence conservation. As previously reported, we confirm that lncRNAs have a lower and more tissue-specific expression than mRNAs. Finally, we showed that adjacent lncRNA-mRNA genes in divergent orientation have a higher co-expression level when separated by less than 1 kb compared to more distant divergent pairs. Among these, we highlighted for the first time a novel lncRNA candidate involved in lipid metabolism, lnc_DHCR24, which is highly correlated with the DHCR24 gene that encodes a key enzyme of cholesterol biosynthesis. Conclusions We provide a comprehensive lncRNA repertoire in the chicken liver and adipose tissue, which shows interesting patterns of co-expression between mRNAs and lncRNAs. It contributes to improving the structural and functional annotation of the chicken genome and provides a basis for further studies on energy storage and mobilization traits in the chicken. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1186/s12711-016-0275-0) contains supplementary material, which is available to authorized users.

Details

ISSN :
12979686 and 0999193X
Volume :
49
Database :
OpenAIRE
Journal :
Genetics Selection Evolution
Accession number :
edsair.doi.dedup.....4d65bc800750cc05fa0b9fbce0e95783