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Development of a set of SNP markers for population genetics of the red gorgonian (Paramuricea clavata), an emblematic species of the Mediterranean coralligenous

Authors :
M. Padrón
M. Massot
E. Guichoux
M. Milhes
Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques (LECOB)
Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB)
Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe)
Plateforme Génome & Transcriptome (GET)
Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL)
Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT)
Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo)
Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
ANR-10-EQPX-0016,XYLOFOREST,Plateforme d'Innovation ' Forêt-Bois-Fibre-Biomasse du Futur '(2010)
Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
EC Interreg Marittimo program under Project IMPACT - IMpatto Portuale su aree marine protette: Azioni Cooperative TransfrontaliereCUP B12F17000370005
Source :
Conservation Genetics Resources, Conservation Genetics Resources, Springer, In press, ⟨10.1007/s12686-020-01139-7⟩, Conservation Genetics Resources, Springer, 2020, Conservation Genetics Resources, Springer, 2020, 12 (4), pp.521-523. ⟨10.1007/s12686-020-01139-7⟩
Publication Year :
2020
Publisher :
Springer Science and Business Media LLC, 2020.

Abstract

International audience; Transcriptome sequencing was used for the development of single nucleotide polymorphisms (SNP) for the red gorgonian (Paramuricea clavata). A total of 20,736 SNPs were identified, and 1718 had a coverage of over 100 reads. Of the 480 SNPs tested, 347 SNPs were successfully genotyped at 95 samples from the NW Mediterranean using a MassARRAY System. This set of markers will be of great value for population genetics and phylogeography.

Details

ISSN :
18777260 and 18777252
Volume :
12
Database :
OpenAIRE
Journal :
Conservation Genetics Resources
Accession number :
edsair.doi.dedup.....4ce4712a188292addcb2f59d7caf1204