Back to Search Start Over

Multiomic analysis of malignant pleural mesothelioma identifies molecular axes and specialized tumor profiles driving intertumor heterogeneity

Authors :
Lise Mangiante
Nicolas Alcala
Alexandra Sexton-Oates
Alex Di Genova
Abel Gonzalez-Perez
Azhar Khandekar
Erik N. Bergstrom
Jaehee Kim
Xiran Liu
Ricardo Blazquez-Encinas
Colin Giacobi
Nolwenn Le Stang
Sandrine Boyault
Cyrille Cuenin
Severine Tabone-Eglinger
Francesca Damiola
Catherine Voegele
Maude Ardin
Marie-Cecile Michallet
Lorraine Soudade
Tiffany M. Delhomme
Arnaud Poret
Marie Brevet
Marie-Christine Copin
Sophie Giusiano-Courcambeck
Diane Damotte
Cecile Girard
Veronique Hofman
Paul Hofman
Jérôme Mouroux
Charlotte Cohen
Stephanie Lacomme
Julien Mazieres
Vincent Thomas de Montpreville
Corinne Perrin
Gaetane Planchard
Nathalie Rousseau
Isabelle Rouquette
Christine Sagan
Arnaud Scherpereel
Francoise Thivolet
Jean-Michel Vignaud
Didier Jean
Anabelle Gilg Soit Ilg
Robert Olaso
Vincent Meyer
Anne Boland-Auge
Jean-Francois Deleuze
Janine Altmuller
Peter Nuernberg
Alejandro Ibáñez-Costa
Justo P. Castaño
Sylvie Lantuejoul
Akram Ghantous
Charles Maussion
Pierre Courtiol
Hector Hernandez-Vargas
Christophe Caux
Nicolas Girard
Nuria Lopez-Bigas
Ludmil B. Alexandrov
Françoise Galateau-Salle
Matthieu Foll
Lynnette Fernandez-Cuesta
Centre International de Recherche contre le Cancer - International Agency for Research on Cancer (CIRC - IARC)
Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO)
Stanford University
Universidad de O'Higgins (UOH)
Centre de modélisation mathématique (CMM)
Universitad de Chile-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Barcelona Institute of Science and Technology (BIST)
Instituto de Salud Carlos III [Madrid] (ISC)
University of California [San Diego] (UC San Diego)
University of California (UC)
Cornell University [New York]
Maimonides Institute of Biomedical Research of Cordoba
Partenaires INRAE
Universidad de Córdoba = University of Córdoba [Córdoba]
Hospital Universitario Reina Sofia [Cordoue, Espagne]
CIBER Fisiopatología de la Obesidad y Nutrición [Cordoue, Espagne] (CIBEROBN)
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL)
Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Centre Léon Bérard [Lyon]
Cypath and Cypath-rb [Villeurbanne] (2C)
Tumorothèque du Centre de Référence Régional en Cancérologie [CHRU Lille] (T-C2RC)
Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Institut de Pathologie de Lille (IPL)
Hôpital Nord [CHU - APHM]
Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138))
École Pratique des Hautes Études (EPHE)
Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité)
Tumorothèque - Centre de Ressources Biologiques Cancer Cochin [Hôpital Cochin AP-HP] (T-CRB Cancer Cochin)
Hôpital Cochin [AP-HP]
Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupes hospitalo-universitaires Paris Centre AP-HP [Paris] (GHU Paris Centre)
FHU OncoAge - Pathologies liées à l’âge [CHU Nice] (OncoAge)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire [UNIV Côte d'Azur] (UPMC)-Université Côte d'Azur (UCA)
Université Côte d'Azur (UCA)
Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement (IRCAN)
Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS)
COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)
Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice)
Hôpital Pasteur [Nice] (CHU)
Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux (NGERE)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL)
Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Université de Toulouse (UT)
Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)
Hôpital Marie-Lannelongue
Tissu-Tumorothèque Est - Centre de Ressources Biologiques [HCL, Lyon] (2TE - CRB HCL)
Hospices Civils de Lyon (HCL)
Réseau d'expertise anatomopathologique et de recherche sur les tumeurs de la plèvre [CHU Caen] (MESOPATH)
CHU Caen
Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)
Service Anatomie et cytologie pathologiques [CHU Toulouse]
Pôle Biologie [CHU Toulouse]
Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)
Centre de Ressources Biologiques - Cancer - IUCT Oncopole [Toulouse] (CRB - Cancer Toulouse)
Thérapies Laser Assistées par l'Image pour l'Oncologie - U 1189 (ONCO-THAI)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)
Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)
Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France]
Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH)
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Cologne Centre for Genomics [Cologne, Germany] (2CG)
Instituto Maimonides de Investigación Biomédica de Cordoba (IMIBIC)
Universidad de Córdoba = University of Córdoba [Córdoba]-Hospital Universitario Reina Sofía
Université Grenoble Alpes (UGA)
Owkin [New York, NY, USA] (O)
Institut Curie [Paris]
Institut Mutualiste de Montsouris (IMM)
Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)
Université Paris-Saclay
Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats (ICREA)
Source :
Nature Genetics, Nature Genetics, 2023, 55 (4), pp.607-618. ⟨10.1038/s41588-023-01321-1⟩
Publication Year :
2023
Publisher :
HAL CCSD, 2023.

Abstract

Malignant pleural mesothelioma (MPM) is an aggressive cancer with rising incidence and challenging clinical management. Through a large series of whole-genome sequencing data, integrated with transcriptomic and epigenomic data using multiomics factor analysis, we demonstrate that the current World Health Organization classification only accounts for up to 10% of interpatient molecular differences. Instead, the MESOMICS project paves the way for a morphomolecular classification of MPM based on four dimensions: ploidy, tumor cell morphology, adaptive immune response and CpG island methylator profile. We show that these four dimensions are complementary, capture major interpatient molecular differences and are delimited by extreme phenotypes that—in the case of the interdependent tumor cell morphology and adapted immune response—reflect tumor specialization. These findings unearth the interplay between MPM functional biology and its genomic history, and provide insights into the variations observed in the clinical behavior of patients with MPM.

Details

Language :
English
ISSN :
10614036 and 15461718
Database :
OpenAIRE
Journal :
Nature Genetics, Nature Genetics, 2023, 55 (4), pp.607-618. ⟨10.1038/s41588-023-01321-1⟩
Accession number :
edsair.doi.dedup.....34bf4a959d167d30c59abf20d776d9d7
Full Text :
https://doi.org/10.1038/s41588-023-01321-1⟩