Análise e desenvolvimento de protocolos em bioinformática para estudos de epigenética

Orientador: Iscia Teresinha Lopes Cendes Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas Resumo: As variações que ocorrem durante a divisão celular e modificam a expressão gênica sem alterar a sequência de DNA associada àquela região são denominadas modificações epigenéticas. Elas estão envolvidas no silenciamento de genes, diferenciação de tecidos e, eventualmente, nos mecanismos moleculares responsáveis por uma série de fenótipos. A metilação de DNA, uma modificação epigenética que altera a cromatina, tem sido estudada extensivamente em vários processos biológicos normais e patológicos. Com o avanço dos métodos e tecnologias de sequenciamento de DNA, hoje é possível realizar análises para determinação de perfis de metilação e suas associações com fenótipos de interesse. Esta dissertação adiciona a perspectiva analítica da epigenética associada aos estudos de modelos animais de epilepsia. Foram definidos protocolos em bioinformática para processamento de dados de metilação do DNA. Os perfis de metilação foram determinados e associados aos fenótipos de epilepsia dos animais estudados, o que também permitiu a identificação de oportunidades para o desenvolvimento de novas ferramentas e automatizações dos protocolos definidos Abstract: Epigenetic changes are those that occur during cellular division, modifying gene expression without changes on the DNA sequence. They are involved in gene silencing, tissue differentiation and in molecular mechanisms of a number of phenotypes. DNA methylation, an epigenetic modification that changes chromatin, has been studied extensively in various normal and pathologic biological processes. With the advancement of methods and technologies for DNA sequencing, it is now possible to perform analysis to determine methylation profiles and their association with phenotypes of interest. This dissertation adds the analytical perspective of epigenetics related to studies of animal models of epilepsy. Protocols were defined in bioinformatics processing of DNA methylation data. Methylation profiles were determined and associated with epilepsy phenotypes of animals studied, which also allowed the identification of opportunities for the development of new tools and automation of defined protocols Mestrado Fisiopatologia Médica Mestre em Ciências FAPESP 2013/24801-2