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A large-scale species level dated angiosperm phylogeny for evolutionary and ecological analyses

Authors :
Olivier J. Hardy
Brecht Verstraete
Hans Beeckman
Maxime Réjou-Méchain
C.A.M. Marshall
Marc S.M. Sosef
Vincent Droissart
Vincent S. F. T. Merckx
Olivier Maurin
Steven B. Janssens
William D. Hawthorne
Fidèle Baya
Denis Beina
Michelle van der Bank
Thomas L. P. Couvreur
Gilles Dauby
Samuel Vanden Abeele
Arne Mertens
Maurizio Mascarello
Léo-Paul M.J. Dagallier
Filip Vandelook
Botanic Garden Meise
Diversité, adaptation, développement des plantes (UMR DIADE)
Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)
Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP)
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
School of Engineering and Science
Jacobs University [Bremen]
Ministère Centrafricain des Eaux, Forêts, Chasses et Pêches (MEFCP)
Natural History Museum of Denmark
Faculty of Science [Copenhagen]
University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)
Evolution Biologique et Ecologie
Université de Bruxelles
Université libre de Bruxelles (ULB)
HERBAXYLAREDD project (BR/143/A3/HERBAXYLAREDD)
BELSPO research program AFRIFORD
Couvreur, Thomas LP [0000-0002-8509-6587]
Mertens, Arne [0000-0003-3272-9464]
Dagallier, Leo-Paul MJ [0000-0002-3270-1544]
Vanden Abeele, Samuel [0000-0001-9100-3642]
Mascarello, Maurizio [0000-0003-0325-2345]
Droissart, Vincent [0000-0001-9798-5616]
Marshall, Cicely [0000-0002-7397-6472]
Apollo - University of Cambridge Repository
Evolutionary and Population Biology (IBED, FNWI)
Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB)
Meise Botanic Garden [Belgium] (Plantentuin)
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])
University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)
Couvreur, Thomas L P [0000-0002-8509-6587]
Dagallier, Leo-Paul M J [0000-0002-3270-1544]
Source :
Biodiversity Data Journal, Biodiversity Data Journal, Pensoft, 2020, 8 (e39677), ⟨10.3897/BDJ.8.e39677⟩, Biodiversity Data Journal 8: e39677, Biodiversity Data Journal, 8:e39677. Pensoft Publishers, Biodiversity Data Journal, 2020, 8 (e39677), ⟨10.3897/BDJ.8.e39677⟩, Biodiversity Data Journal, 8, Biodiversity Data Journal, Vol 8, Iss, Pp 1-23 (2020)
Publication Year :
2020
Publisher :
HAL CCSD, 2020.

Abstract

Phylogenies are a central and indispensable tool for evolutionary and ecological research. Even though most angiosperm families are well investigated from a phylogenetic point of view, there are far less possibilities to carry out large-scale meta-analyses at order level or higher. Here, we reconstructed a large-scale dated phylogeny including nearly 1/8th of all angiosperm species, based on two plastid barcoding genes, matK (incl. trnK) and rbcL. Novel sequences were generated for several species, while the rest of the data were mined from GenBank. The resulting tree was dated using 56 angiosperm fossils as calibration points. The resulting megaphylogeny is one of the largest dated phylogenetic tree of angiosperms yet, consisting of 36,101 sampled species, representing 8,399 genera, 426 families and all orders. This novel framework will be useful for investigating different broad scale research questions in ecological and evolutionary biology.<br />info:eu-repo/semantics/published

Details

Language :
English
ISSN :
13142828 and 13142836
Database :
OpenAIRE
Journal :
Biodiversity Data Journal, Biodiversity Data Journal, Pensoft, 2020, 8 (e39677), ⟨10.3897/BDJ.8.e39677⟩, Biodiversity Data Journal 8: e39677, Biodiversity Data Journal, 8:e39677. Pensoft Publishers, Biodiversity Data Journal, 2020, 8 (e39677), ⟨10.3897/BDJ.8.e39677⟩, Biodiversity Data Journal, 8, Biodiversity Data Journal, Vol 8, Iss, Pp 1-23 (2020)
Accession number :
edsair.doi.dedup.....0e5a181113c4f831111329b451b13f97