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An open-source framework to model present and future marine species distributions at local scale

Authors :
Nathalie Niquil
Grégory Beaugrand
Jean-Claude Dauvin
Ghassen Halouani
Tarek Hattab
Quentin Nogues
Frida Ben Rais Lasram
François Le Loc'h
Boris Leroy
Laboratoire d’Océanologie et de Géosciences (LOG) - UMR 8187 (LOG)
Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])
MARine Biodiversity Exploitation and Conservation (UMR MARBEC)
Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA)
Université de Caen Normandie (UNICAEN)
Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)
Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C)
Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN)
Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Laboratoire Ressources halieutiques Boulogne sur mer (LRHBL)
Halieutique Manche Mer du Nord (HMMN)
Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)
Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR)
Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM)
Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
ANR-10-IEED-0006,FEM,France Energies Marines(2010)
Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN)
Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)
Laboratoire Ressources halieutiques Manche Mer du nord, IFREMER Centre Manche Mer du Nord, (HMMN)
Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)
Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Source :
Ecological Informatics, Ecological Informatics, 2020, 59, pp.101130. ⟨10.1016/j.ecoinf.2020.101130⟩, Ecological Informatics (1574-9541) (Elsevier BV), 2020-09, Vol. 59, P. 101130 (9p.), Ecological Informatics, Elsevier, 2020, 59, ⟨10.1016/j.ecoinf.2020.101130⟩, Ecological Informatics, Elsevier, 2020, 59, pp.101130. ⟨10.1016/j.ecoinf.2020.101130⟩
Publication Year :
2020

Abstract

(IF 3.14; Q2); International audience; Species Distribution Models (SDMs) are useful tools to project potential future species distributions under climate change scenarios. Despite the ability to run SDMs in recent and reliable tools, there are some misuses and proxies that are widely practiced and rarely addressed together, particularly when dealing with marine species.In this paper, we propose an open-source framework that includes (i) a procedure for homogenizing occurrence data to reduce the influence of sampling bias, (ii) a procedure for generating pseudo-absences, (iii) a hierarchical-filter approach, (iv) full incorporation of the third dimension by considering climatic variables at multiple depths and (v) building of maps that predict current and potential future ranges of marine species. This framework is available for non-modeller ecologists interested in investigating future species ranges with a user-friendly script. We investigated the robustness of the framework by applying it to marine species of the Eastern English Channel. Projections were built for the middle and the end of this century under RCP2.6 and RCP8.5 scenarios.

Details

Language :
English
ISSN :
15749541
Database :
OpenAIRE
Journal :
Ecological Informatics, Ecological Informatics, 2020, 59, pp.101130. ⟨10.1016/j.ecoinf.2020.101130⟩, Ecological Informatics (1574-9541) (Elsevier BV), 2020-09, Vol. 59, P. 101130 (9p.), Ecological Informatics, Elsevier, 2020, 59, ⟨10.1016/j.ecoinf.2020.101130⟩, Ecological Informatics, Elsevier, 2020, 59, pp.101130. ⟨10.1016/j.ecoinf.2020.101130⟩
Accession number :
edsair.doi.dedup.....07a248fbc6902fb43bbfc998279b8e07