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Community-Driven Data Analysis Training for Biology

Authors :
Dannon Baker
Aisanjiang Wubuli
Anthony Bretaudeau
Saskia Hiltemann
John Chilton
Bérénice Batut
Vivek Bhardwaj
Thomas Manke
Loraine Brillet-Guéguen
Mallory A. Freeberg
Olivia Doppelt-Azeroual
Fabien Mareuil
Gildas Le Corguillé
Nicola Soranzo
Fidel Ramírez
Joachim Wolff
Clemens Blank
Rolf Backofen
Anton Nekrutenko
Pavankumar Videm
Youri Hoogstrate
Dave Clements
Dilmurat Yusuf
Delphine Larivière
Markus Wolfien
Anika Erxleben
Simon Gladman
Devon Ryan
James Taylor
Florian Christoph Sigloch
Björn Grüning
Hans-Rudolf Hotz
Torsten Houwaart
Pratik D. Jagtap
Martin Čech
Andrea Bagnacani
Bioinformatics Group [Freiburg]
Department of Computer Science [Freiburg]
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg-Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
Erasmus University Medical Center [Rotterdam] (Erasmus MC)
Department of Systems Biology and Bioinformatics
University of Rostock
Johns Hopkins University (JHU)
Department of Biology [Fribourg]
University of Freiburg [Freiburg]
Plateforme bioinformatique GenOuest [Rennes]
Université de Rennes 1 (UR1)
Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®-Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7)
Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA)
Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1)
Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique)
Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes)
Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique)
Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP)
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1)
Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST
Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (FR2424)
Station biologique de Roscoff (SBR)
Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Pennsylvania State University (Penn State)
Penn State System
Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB
Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
European Bioinformatics Institute [Hinxton] (EMBL-EBI)
EMBL Heidelberg
Melbourne Bioinformatics [Australia]
University of Melbourne
Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research (FMI)
Novartis Research Foundation
University of Minnesota Medical School
University of Minnesota System
Max Planck Institute of Immunobiology and Epigenetics (MPI-IE)
Max-Planck-Gesellschaft
Earlham Institute [Norwich]
Leibniz Institute for Farm Animal Biology (FBN)
This project was supported by Collaborative Research Centre 992 Medical Epigenetics (DFG grant SFB 992/1 2012), German Federal Ministry of Education and Research (BMBF grant 031 A538A RBC [de.NBI]), NIH grants U41 HG006620 and R01 AI134384-01, as well as NSF grant 1661497.
The authors are grateful to the Freiburg Galaxy and Core Galaxy teams as, without these resources, this work would not be possible. Adoption of Galaxy Tours has been accelerated with the introduction of Galaxy Tour Builder (https://zenodo.org/record/830481) by William Durand (https://tailordev.fr).
Galaxy Training Network
Pathology
Urology
Université de Rennes (UR)-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®-Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique)
Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes)
Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique)
Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest
ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (ABIMS)
Fédération de recherche de Roscoff (FR2424)
Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR)
Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Source :
Cell Systems, 6(6), 752-+. Cell Press
Publication Year :
2018
Publisher :
Elsevier BV, 2018.

Abstract

La version finale de l'article a été déposée sur PMC. The final version of this article has been deposed on PMC; The primary problem with the explosion of biomedical datasets is not the data, not computational resources, and not the required storage space, but the general lack of trained and skilled researchers to manipulate and analyze these data. Eliminating this problem requires development of comprehensive educational resources. Here we present a community-driven framework that enables modern, interactive teaching of data analytics in life sciences and facilitates the development of training materials. The key feature of our system is that it is not a static but a continuously improved collection of tutorials. By coupling tutorials with a web-based analysis framework, biomedical researchers can learn by performing computation themselves through a web browser without the need to install software or search for example datasets. Our ultimate goal is to expand the breadth of training materials to include fundamental statistical and data science topics and to precipitate a complete re-engineering of undergraduate and graduate curricula in life sciences. This project is accessible at https://training.galaxyproject.org.

Details

ISSN :
24054712
Volume :
6
Database :
OpenAIRE
Journal :
Cell Systems
Accession number :
edsair.doi.dedup.....075dd18b67563cd5b901a35ebf68c42c
Full Text :
https://doi.org/10.1016/j.cels.2018.05.012