Nouvelle approche générique de dépistage et de génotypage multiplexe de génomes viraux basée sur l’utilisation de sondes oligonucléotidiques polythiols

La prevention du risque infectieux represente un enjeu majeur de securite transfusionnelle face a l’emergence continue d’agents transmissibles par le sang. Les besoins de multiplexage (visant a depister simultanement de nombreux virus connus ou emergents), de flexibilite, et, de reduction des couts d’analyse, conduisent a poursuivre le developpement d’approches diagnostiques innovantes. Dans ce contexte, nous avons mis au point de nouveaux outils moleculaires permettant, dans un format simplifie sur support microplaque, l’analyse de genomes viraux. La capture d’acides nucleiques amplifies (cibles) a ete fortement optimisee par le recours a une chimie innovante de synthese d’oligonucleotides polythiols (sondes) [1] , [2] . L’hybridation sondes/cibles est mesuree par fluorescence en temps resolu (DELFIA). Une premiere evaluation a ete realisee sur les panels de reference (WHO, NIBSC) et a montre des sensibilites analytiques atteignant 100 IU/mL, 10 IU/mL and 50 IU/mL, respectivement pour les virus HCV, HBV and HIV. Cette approche a ete ensuite etendue au genotypage HCV [3] en couplant une amplification generique des genomes dans la region NS5B (401 nt) et leur capture via des sondes polythiols specifiques 1a/1b, 2a/2b/2c, 3a et 4a/4d. L’analyse d’un panel de plasma VHC (+) code ( n = 100) montre une correlation de 100 % entre notre technique et la methode de reference par sequencage. Des developpements sont en cours pour la detection de virus emergents (West Nile, Dengue, Chikungunya). L’utilisation de sondes polythiols pourra etre exploitee pour le developpement de plateformes automatisees generiques adaptees au depistage et au genotypage multiplexe de virus.