La taille efficace d'une population sous sélection dépend à la fois du mode de gestion et du nombre de reproducteurs utilisés

In France, genetic lines intended for the production of terminal products marketed as Label Rouge must complywith the guidelines of the SYSAAF. These guidelines require minimum thresholds for the number of breedersand descendants produced per generation. Since 1994, these thresholds have been limited to à minimum of 20sires, 100 dams and 500 descendants for Label lines diffusing less than one million terminal products/year.Today, the SYSAAF implements selection of breeders based on the simulated annealing algorithm (SA).Theoretically, tools based on SA allow to reconcile the realization of genetic gain and the conservation of thegenetic variability. Thus, the relevance of maintaining these thresholds, which often entails significant costs withregard to the concerned market, should be reexamined. The objective of this work was to study by simulation theeffect of: 1) the number of selected breeders and produced descendants, and 2) the method of selection. For thefirst factor, 6 scenarios were simulated, analyzed and compared. For the second, several methods of selectionbased on SA were compared to those based solely on the conservation of familial origins. In order to analyze theeffect of the thresholds, comparisons were performed intra-method inter-scenarios, whereas to analyze the effectof the selection method, comparisons were performed intra-scenario inter-methods. In conclusion, reducingbreeders’ number leads to a decrease in the initial level of variability. However, in the long-term, methods ofmanagement based on SA allow a better conservation of the genetic variability regardless of the number ofbreeders retained per generation.
En France, les lignées génétiques destinées à la production de produits terminaux vendus sous le signe LabelRouge doivent être conformes au référentiel SYSAAF. Ce référentiel exige des seuils minimaux sur le nombrede reproducteurs utilisés et de descendants produits à chaque génération. Depuis 1994, ces seuils sont, pour les lignées Label à diffusion limitée (< 1,000,000 de terminaux/an), de 20 pères, de 100 mères et de 500descendants. Aujourd’hui, le SYSAAF dispose d’outils de choix de reproducteurs et de réalisation de plansd’accouplement basées sur l’algorithme de recuit simulé. Théoriquement, ces outils permettent, au moyen et long terme, de concilier la réalisation de gain génétique et la conservation de la variabilité génétique. Donc, laquestion de la pertinence du maintien de ces seuils, dont le respect entraîne souvent des coûts importants auregard du marché concerné, se pose concrètement aujourd’hui. L’objectif de ce travail était d’étudier parsimulation l’effet de : 1) l’effectif de reproducteurs retenus et de descendants produits, 2) la méthode de gestionde la variabilité génétique. Pour le premier facteur, 6 scénarios ont été simulés, analysés et comparés. Pour ledeuxième, les méthodes de sélection basée sur le recuit simulé ont été comparées à celles basées uniquement sur la conservation des origines familiales. Afin d’analyser l’effet des seuils de reproducteurs, les comparaisons ont été effectuées intra-méthode inter-scénarios alors que pour analyser l’effet de la méthode de gestion, lescomparaisons ont été effectuées intra-scénario inter-méthodes. En conclusion, quelle que soit la méthode degestion de variabilité, une baisse d’effectif de reproducteurs entraine une baisse du niveau initial de la variabilitégénétique. Au moyen et long terme, les méthodes de gestion par recuit simulé permettent une meilleureconservation de la variabilité génétique quel que soit l’effectif des reproducteurs retenus.