BioGRO: un nuveo método de alta resolución para el estudio de la transcripción naciente a escala genómica en levadura

Esta tesis parte de la existencia de una técnica genómica para el estudio de la transcripción naciente en levadura ampliamente utilizada y contrastada: el Genomic run-on, basada en la utilización de macrochips de las ORFs completas del genoma de S. cerevisiae. Debido a la aparición progresiva de nuevas plataformas que permiten interrogar la totalidad de las regiones del genoma, y a una resolución mayor, como los microchips de embaldosado o tiling arrays, el objetivo principal de esta tesis es la puesta a punto de una técnica adaptada a ellas que permita un análisis detallado de la transcripción naciente. Los objetivos concretos que se marcaron fueron: -Desarrollar un nuevo procedimiento de run-on a escala genómica que sustituya el uso de las plataformas basadas en radiactividad y aproveche las plataformas de más resolución, así como de las herramientas bioinformáticas necesarias para el análisis de los datos generados. -Estudiar los perfiles globales de transcripción naciente aprovechando el carácter específico de hebra de los datos para estudiar las dinámicas del transcriptoma global de levadura. Comparar y evaluar la complementariedad de los datos con otras medidas alternativas de tasas de transcripción existentes en la actualidad. -Aplicar la técnica al estudio del efecto de mutantes relacionados con el ciclo de síntesis y degradación del RNA para poder extraer información sobre el funcionamiento de la maquinaria transcripcional y su regulación. -Detectar posibles patrones de actividad de las RNA Polimerasas a lo largo de los transcritos y de las zonas flanqueantes que pudieran obedecer a condicionantes impuestas, tanto por su contexto cromatínico, como por otros factores. -Caracterizar la transcripción naciente producida por las otras RNAP nucleares de levadura. -Desarrollar un protocolo que permita analizar los RNAs nacientes a la máxima resolución mediante secuenciación masiva.