La caractérisation des communautés microbiennes du sol à l'échelle de la France pour évaluer l’effet de l’usage des sols

Ce numéro est constitué d’articles issus du colloque «De la connaissance de la biologie des sols et de ses fonctions, à son pilotage » organisé en partenariat avec l’Ademe et l’AFB, le 18 octobre 2018 à Dijon.; Soil microorganisms are key players of the numerous functions and services provided by soil and moreglobally of the environment quality and plant productivity. Despite their pivotal role, our knowledge aboutthe diversity and composition of soil microbial communities is relatively poor as well as the impact ofland use on these communities. One of the promising strategy to fill this gap of knowledge aims atassessing soil microbial community on a large set of soils by using the recently developed moleculartools allowing the high throughput characterization of microbial diversity. In France, such an initiativehas been conducted on the French Soil Quality Monitoring Network (Réseau de Mesures de la Qualitédes Sols, RMQS in French), which has allowed the significant improvement of our understanding aboutthe ecological processes regulating soil microbial diversity and about the impact of the different landuses; Les microorganismes du sol sont les acteurs clés de nombreuses fonctions et services qui sont à labase de la qualité du sol et de son rôle dans la qualité de l’environnement mais aussi dans sa capacitéà supporter une production végétale. Malgré ce rôle clé, nos connaissances sur la diversité et lacomposition des communautés microbiennes ainsi que l’impact des modes d’usages des sols sur cescommunautés restent encore très incomplète. Une approche pour palier à ce manque deconnaissances est d’étudier ces communautés microbiennes à grande échelle sur un grand nombre desols et ceci grâce aux développements récents d’outils moléculaires qui permettent l'analyse en hautdébit de la diversité microbienne. En France, une étude de ce type a été mené sur les sols du Réseaude Mesures de Qualité des Sols (RMQS) ce qui a permis d’améliorer significativement nosconnaissances sur les processus impliqués dans la régulation de la diversité des communautésmicrobiennes et de mieux évaluer l’effet du mode d’usage des sols. De plus, cela a aussi permisd’élaborer le premier référentiel sur la diversité microbienne des sols français avec pour application ledéveloppement d’un diagnostic sur la qualité microbiologique des sols.