Rôle des échanges à l’interface eau-sédiment et de l’activité des invertébrés sur la dégradation de la matière organique particulaire dans le milieu hyporhéique

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Les réseaux trophiques des cours d'eau de tête de bassin sont généralement dépendants d'apports extérieurs de matière organique particulaire (MOP), principalement des feuilles provenant des berges. Ces dernières sont dégradées par les effets conjoints de facteurs abiotiques (lessivage, abrasion, fragmentation physique) et d'un cortège d'organismes : bactéries, champignons et invertébrés. Une part importante des apports de MOP est enfouie dans la zone sédimentaire des cours d'eau (zone hyporhéique) dont les caractéristiques physiques influencent l'activité des microorganismes en contrôlant les conditions chimiques dans les sédiments et déterminent la distribution verticale des invertébrés benthiques. A l'heure actuelle, peu de travaux ont cherché à quantifier l'influence des interactions entre le milieu physique et les activités des organismes sur le processus de dégradation de la MOP enfouie dans le sédiment des cours d'eau. Dans ce contexte, cette thèse a pour but d'étudier le processus de dégradation de la MOP (sous forme de feuilles), et en particulier l'impact des caractéristiques sédimentaires sur la contribution des différentes communautés d'acteurs impliquées dans ce processus (microorganismes et invertébrés). Ma thèse a permis de montrer que la structure physique du milieu influence indirectement la dégradation en contrôlant l'accessibilité (taille des interstices) de la litière enfouie pour les déchiqueteurs, et dans une moindre mesure directement, quand les échanges avec la surface sont très fortement modifiés (colmatage). Les invertébrés déchiqueteurs peuvent accélérer directement la dégradation de la matière organique lorsque cette dernière est accessible. L'impact indirect des invertébrés est lié à leur capacité à remanier le sédiment (bioturbateur ou non) et modifier les conditions physicochimiques dans le sédiment