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Dériver des associations de gène pour des modèles métaboliques

Authors :
Issa, Razanne
Sherman, David James
Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI)
Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)
from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE)
Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest
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Inria Bordeaux Sud-Ouest
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Source :
[Research Report] RR-9246, Inria Bordeaux Sud-Ouest. 2018
Publication Year :
2018

Abstract

We define a formal procedure for inferring gene-protein-reaction (GPR) relations from complete metabolic models, using a logical representation of knowledge and a small set of inference rules. We show that different use cases of metabolic models requires difference GPR relations. Three examples from the yeast Saccharomyces cerevisae illustrate the procedure and demonstrate its usefulness.; Nous définissons une procédure formelle pour l’inférence de relations gène-protéine- réaction (GPR) à partir de modèles métaboliques complets, par moyen d’une représentation logique des connaissances et un petit ensemble de règles d’inférence. Nous montrons que les différents cas d’utilisation requièrent des différentes relations GPR. Trois exemples tirés de la levure Saccharomyces cerevisae illustrent la procédure et démontrent son utilité.

Details

Language :
English
Database :
OpenAIRE
Journal :
[Research Report] RR-9246, Inria Bordeaux Sud-Ouest. 2018
Accession number :
edsair.dedup.wf.001..31f10ead15e17b4fba340d12ff710c09