Kvaliteta arhivskog materijala za DNA-barkodiranje

Makrozoobentos se već desetljećima determinira na morfološkoj razini. Razvojem molekularnih metoda unatrag desetak godina postalo je moguće učiniti taksonomsku identifikaciju i korištenjem DNA- barkodiranja. Dodatno, postojanje arhivskih zbirki uzoraka makrozoobentosa omogućava istraživanja kroz vrijeme ukoliko je materijal u njima pohranjen tako da su očuvane makromolekule. Cilj ovog istraživanja bio je analizirati očuvanost molekula DNA u arhivskim uzorcima ovisno o fiksativima korištenima za pohranu. Korištene su zbirke uzoraka makrozoobentosa sakupljene 1992., 2008., 2016. i 2020. godine pohranjene u različitim fiksativima. Odabrane vrste iz pojedine zbirke obrađene su na dva načina: 1) jedinke su uklopljene u parafinske kocke čiji su rezovi korišteni za izolaciju molekula DNA i procjenu kvalitete tkiva, 2) DNA je izolirana iz originalnih, neuklopljenih uzoraka. Metode su uključivale izolaciju DNA iz oba tipa uzoraka setom kemikalija Zymo Research Quick-DNA/RNA kit, a lančanom reakcijom polimerazom umnožen je fragment gena COI koji je služio kao barkod. Umnoženi fragmenti sekvencirani su Sangerovom metodom. Očuvanost morfologije tkiva procijenjena je korištenjem rezova tkiva jedinki obojenih hemalaumom i eozinom. Rezultati su pokazali da je iz arhivskih uzoraka moguće izolirati DNA zadovoljavajuće koncentracije i čistoće bez obzira na starost zbirke i fiksativ. Ograničavajući faktor kod uzoraka fiksiranih formalinom bila je fragmentacija DNA dok su uzorci fiksirani u etanolu imali DNA zadovoljavajuće kvalitete. Očuvanost tkiva za morfološke analize bila je zadovoljavajuća samo kod uzoraka pohranjenih u formalinu. Na temelju ovih rezultata može se zaključiti da je zbirke makrozoobentosa potrebno pohranjivati u alkoholu za molekularne analize i paralelno u formalinu za morfološka testiranja.