Caractérisation par FISH, cartographie optique du génome et séquençage haut débit de génome de deux cas de triplication 16p13.11p11.2

Le bras court du chromosome 16 est caractérisé par l’existence de nombreuses duplications segmentaires prédisposant à des remaniements chromosomiques déséquilibrés par un mécanisme de recombinaison homologue non-allélique. Nous rapportons ici un nouveau désordre génomique du bras court du chromosome 16 diagnostiqué chez deux patientes non apparentées associant un retard du développement psychomoteur prédominant sur le langage et la marche, une hypotonie, une dysmorphie faciale ainsi qu’une surdité de transmission dans un contexte d’otites moyennes aiguës récurrentes. Les deux patientes sont porteuses d’une tétrasomie 16p13.11p11.2 d’une taille de 13 Mb survenue de novoet dont les points de cassure sont localisés dans des duplications segmentaires. La patiente 1 est également porteuse de la duplication récurrente 16p11.2 comprenant le gène SH2B1. Les études FISH ont montré que les 3 copies sur le chromosome 16 remanié sont disposées selon une orientation directe-inversée-directe. La position relative du locus du gène SH2B1 par rapport aux trois autres segments n’a pas pu être établie chez la patiente 1. Nous avons réalisé des analyses par cartographie optique du génome (Bionano Genomics) afin de mieux caractériser ces variants de structure chez ces deux patientes. L’analyse des fragments de jonction nous a permis de préciser l’organisation de la région remaniée et de proposer un mécanisme à l’origine de ces déséquilibres génomiques impliquant une recombinaison en U associée, dans un des cas, à une recombinaison homologue non-allélique. En raison de la localisation des points de cassure dans des duplications segmentaires, le séquençage haut débit de génome n’a pas permis de déterminer l’agencement des différents segments chromosomiques remaniés. Les nouvelles techniques de séquençage « long-reads » devraient être d’un grand apport dans ce type de situation.