La surveillance des eaux usées en aide à la veille sanitaire sur la pandémie de Covid-19.

Résumé: La surveillance des épidémies de maladies infectieuses se fait traditionnellement par le recensement individuel des cas cliniques, de la mortalité et des dépistages. Le suivi collectif par l'analyse de biomarqueurs dans les eaux usées est une nouvelle approche complémentaire qui se développe grâce aux progrès analytiques. Dans le cas des maladies infectieuses virales, elle accompagne les études épidémiologiques pour l'estimation de la prévalence au sein de la population raccordée à un même réseau de collecte des eaux usées. Dans le cadre de la pandémie de Covid-19, ce type d'approche s'est largement et rapidement développé dans le monde en raison des avantages espérés. L'article s'appuie sur les premiers travaux publiés depuis janvier 2020 dans une littérature en évolution rapide. Il montre que la méthode présente des limites liées notamment à la stratégie d'échantillonnage, aux effets analytiques de matrice, à la variabilité inter-laboratoires des résultats, et aux incertitudes sur l'excrétion virale individuelle dans les fèces. Elle utilise, dans la quasi-totalité des cas, une détection par PCR quantitative du génome du virus SARS-CoV-2 et n'est donc pas en mesure de caractériser son infectivité. Les résultats montrent une relation relativement bonne entre la concentration du génome dans les eaux usées et le nombre de cas infectieux confirmés. Les détections de virus semblent apparaître quelques jours avant les évolutions constatées sur la base de la clinique et des dépistages. Cela permettrait aux autorités sanitaires d'être alertées de la progression géographique d'une épidémie attendue ou d'anticiper leur réaction en cas de nouveau départ d'une épidémie en cours. La connaissance des tendances évolutives de la contamination par le virus des eaux usées dans des communes, voire des quartiers de villes, permet aussi de mieux cibler géographiquement et au fil du temps les actions de santé publique destinées à faire barrière à sa circulation dans la population desservie par leurs réseaux d'assainissement. En lien avec la surveillance sanitaire, la méthode a vocation à contribuer au développement de modèles épidémiologiques permettant de prévoir l'évolution de la pandémie à l'échelle locale. Elle est appelée à se développer en surveillance de site sentinelle permanente sur les territoires, fournissant en temps réel des indications épidémiologiques précoces. Cette surveillance des eaux usées peut aussi alimenter une banque d'échantillons témoins pour l'analyse rétrospective des premiers temps d'épidémies virales sur un territoire. Surveillance of infectious disease pandemics is traditionally carried out by the inventory of individual clinical cases, mortality, and biological testing. Collective monitoring through the analysis of biomarkers in wastewater is a new complementary approach developed due to progress in analytical chemistry. It supports epidemiological studies for the estimation of the prevalence of viral infectious diseases within communities connected to the same wastewater sewage network. In the context of the COVID-19 pandemic, this type of approach has developed widely and rapidly around the world, due to its anticipated benefits. The article builds on early work published since January 2020 in a rapidly evolving literature. It shows that the method has limitations related in particular to the sampling strategy, analytical matrix effects, interlaboratory variability of results, and also uncertainties about individual viral excretion in feces. In almost all cases, it uses genomic detection of SARS-CoV-2 virus by quantitative PCR and is therefore unable to characterize its infectivity. The results showed a relatively good relation between genome concentrations in wastewater and numbers of confirmed cases. The virus detections seemed to appear a few days before the changes observed on the basis of the clinical and test screenings and can alert the health authorities to the geographical progression of an expected epidemic or to anticipate their reaction in the event of a new spike of the current epidemic. Knowledge of the evolutionary trends of wastewater virus contamination in cities, or even in city districts, also makes it possible to better target geographically and over time the public health management actions intended to prevent the circulation of the virus in the population served by their sewerage systems. In connection with health surveillance, the method is intended to contribute to the development of epidemiological models to predict the evolution of the pandemic at the local level. It is expected to develop into a permanent surveillance network over the territories, providing early, real-time epidemiological indications. Wastewater monitoring could also feed a pool of control samples to determine retrospectively when a new outbreak of viral infection has entered a territory. [ABSTRACT FROM AUTHOR]