Genetic diversity in cultivars and landraces of Oryza sativa subsp. indica as revealed by AFLP markers.

Genetic diversity among 49 Indian accessions of rice (Oryza sativa subsp. indica), including 29 landraces from Jeypore, 12 modern cultivars, and 8 traditional cultivars from Tamil Nadu, was investigated using AFLP markers. In total, nine primer combinations revealed 664 AFLPs, 408 of which were found to be polymorphic. The percentage of polymorphic AFLPs was approximately the same within the cultivars and landraces. Similar results were obtained when genetic diversity values were estimated using the Shannon–Weiner index of diversity. Genetic diversity was slightly higher in the modern cultivars than in the traditional cultivars from Tamil Nadu. Among the landraces from Jeypore, the lowland landraces showed the highest diversity. The present study showed that the process of breeding modern cultivars did not appear to cause significant genetic erosion in rice. Cluster analysis and the first component of principle component analysis (PCA) both showed a clear demarcation between the cultivars and landraces as separate groups, although the genetic distance between them was narrow. The modern cultivars were positioned between the landraces from Jeypore and the traditional cultivars from Tamil Nadu. The second component of PCA further separated medium and upland landraces from lowland landraces, with the lowland landraces found closest to the traditional and modern cultivars.Key words: rice, Oryza sativa, AFLP, landraces, genetic diversity.La diversité génétique parmi 49 accessions de riz (Oryzasativa ssp. indica), dont 29 variétés de pays du Jeypore et 8 variétés traditionnelles du Tamil Nadu, a été examinée à l'aide de marqueurs AFLP. Au total, neuf combinaisons d'amorces ont permis de révéler 664 AFLP dont 408 étaient polymorphes. La proportion d'AFLP polymorphes était semblable au sein des cultivars et des variétés de pays. Des résultats semblables ont été obtenus lorsque les valeurs de diversité génétique ont été estimées en utilisant l'indice Shannon–Weiner de diversité. La diversité génétique était légèrement supérieure au sein des cultivars modernes que parmi les variétés de pays du Tamil Nadu. Parmi les variétés de pays du Jeypore, les variétés cultivées en faible altitude ont montré le plus de diversité. La présente étude montre que les méthodes modernes d'amélioration génétique n'auraient pas causé d'érosion génétique significative chez le riz. Une analyse de groupement et la première composante au sein d'une analyse en composantes principales (PCA) ont toutes deux montré que les cultivars et les variétés de pays formaient deux groupes distincts, bien que la distance génétique entre eux était faible. Les cultivars modernes logeaient entre les variétés de pays du Jeypore et les cultivars traditionnels du Tamil Nadu. La seconde composante de l'analyse en composantes principales a permis de séparer davantage les variétés cultivées en altitudes moyenne ou élevée des variétés cultivées en faible altitude, ces dernières étant les plus proches des cultivars traditionnels et modernes.Mots clés : riz, Oryza sativa, AFLP, variétés de pays, diversité génétique.[Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR]