Fluorescent in situ hybridization and characterization of the SalI family of satellite repeats in the Haliotis L. species (abalone) of the Northeast Pacific.

The SalI satellite repeat previously identified in Haliotis L. (abalone) was thought to be present in H. rufescens and absent in H. fulgens. However, we show here that SalI is also found in H. fulgens and is not useful for screening hybrid individuals bred in aquaculture or occurring naturally in the wild. SalI is a family of predominantly subtelomeric tandemly repeated sequences, and sequenced clones revealed clustering to species and little intraspecific variation. Analysis of SalI sequence divergence between Haliotis species of the Northeast Pacific revealed that evolutionary distances correlate well with bathymetric and latitudinal species distributions. Analysis of the structure of the tandem repeats revealed two regions of high sequence conservation that may contain conserved transcription factor binding sites, a surprise for an apparently “non-coding” tandem repeat. We speculate that these regions might be involved in heterochromatin silencing, perhaps mediated via transcriptional activity and RNA interference. The repeats show substantial differences in their chromosomal distributions, even between individuals of the same species, indicating a dynamic organization of repeats, perhaps mediated via sequence homogenization. L’ADN satellite SalI identifié antérieurement chez le Haliotis L. (ormeau nordique) était présumé présent chez le H. rufescens et absent chez le H. fulgens. Les auteurs montrent ici que le satellite SalI est également présent chez le H. fulgens et n’est donc pas utile pour identifier des hybrides produits en aquaculture ou survenant naturellement. Le satellite SalI est une séquence répétée principalement subtélomérique et les clones séquencés suggèrent un groupement sur la base des espèces et peu de variation intraspécifique. L’analyse de la divergence nucléotidique entre les espèces de l’Haliotis du nord-est du Pacifique a révélé que les distances évolutives sont bien corrélées avec la répartition latitudinale et bathymétrique des espèces. L’analyse de la structure des répétitions en tandem révèle deux régions de forte conservation des séquences qui pourraient contenir des sites conservés de liaison de facteurs de transcription, une observation surprenante au sein d’une région apparemment « non-codante ». Les auteurs spéculent que ces régions sont peut-être impliquées dans l’inactivation de l’hétérochromatine obtenue via l’activité transcriptionnelle et l’interférence à l’ARN. Les répétitions affichent des différences substantielles dans leur distribution chromosomique, même entre individus de la même espèce ce qui indique une organisation dynamique des répétitions, peut-être via l’homogénéisation des séquences. [ABSTRACT FROM AUTHOR]