Validation of two novel primers for the promising amplification of the mitogenomic Cytochrome c Oxidase subunit I (COI) barcoding region in Artemia aff. sinica (Branchiopoda, Anostraca).

Due to the lack of a taxonomic key for the identification of Artemia species, molecular markers have been increasingly used for phylogenetic studies. The mt COI marker is a regularly considered marker for the molecular systematics of Artemia populations. The proposed universal and specific primers have mostly failed to amplify the Artemia aff. sinica mt COI marker, and on the whole, the successfully amplified products of the PCR were inefficient, primarily through the representation of poly-peak or incomplete sequences. We presumed that if a forward primer could be developed regarding the joint regions of the last part of the previous gene (tRNA Tyr ) and the beginning of the target gene mt COI , the sequence could be relevant to the target-sequence of mt COI. Thus, here, we describe a new set of primers, which could be used to amplify the mt COI barcoding region of Artemia aff. sinica Cai, 1989, with a high performance of sequencing. The new primer set worked well also for other Artemia bisexual species, as well as for parthenogenetic populations. It is recommended that joint regions between the previous/next gene(s) and the target marker, could be aimed at when designing specific primers for other markers and taxa. Résumé: En raison de l'absence d'une clé taxonomique pour l'identification des espèces d' Artemia , les marqueurs moléculaires ont été de plus en plus utilisés pour les études phylogénétiques. Le marqueur mt CO est régulièrement considéré pour la systématique moléculaire des populations d' Artemia. Les amorces proposées, universelles ou spécifiques, ont la plupart échoué à amplifier le marqueur Artemia aff. sinica mt COI , et dans l'ensemble, les produits amplifiés avec succès par PCR ont été inefficients, principalement par la représentation de poly-pic ou de séquences incomplètes. Nous supposons que si une amorce anti-sens pouvait être développée pour les régions jointives de la dernière partie du gène précédent (tRNA Tyr ) et le début du gène cible mt COI , la séquence pourrait être pertinente de la séquence cible de mt COI. Ainsi, nous décrivons ici un nouvel ensemble d'amorces qui pourraient être utilisées pour amplifier la région du code-barre mt COI d' Artemia aff. sinica Cai, 1989, avec une performance de séquençage élevée. Ce nouvel ensemble d'amorces a bien fonctionné aussi pour les autres espèces bisexuelles d' Artemia , ainsi que pour les populations parthénogénétiques. Il est recommandé que la région de jonction entre les gènes précédents et suivants et le marqueur cible, pourrait être visée dans le design d'amorces spécifiques pour d'autres marqueurs ou taxa. [ABSTRACT FROM AUTHOR]