Apport de la PCR multiplex FTD-RP33 dans le diagnostic des pneumonies communautaires en réanimation : étude transversale monocentrique.

Le diagnostic étiologique des pneumonies aiguës communautaires (PAC) demeure inexpliqué pour près de 40 % des formes graves. Dans ce contexte, les nouvelles techniques de biologie moléculaire ont permis d'améliorer le diagnostic étiologique. L'objectif principal était d'estimer la performance diagnostique d'une PCR multiplex pour les PAC en réanimation. Les objectifs secondaires étaient de décrire la typologie des PAC graves, classées en PAC bactérienne, virale, ou mixte, de rechercher les facteurs associés à la preuve microbiologique, et de vérifier si celle-ci était associée au pronostic. Nous avons réalisé une étude transversale dans un service de réanimation polyvalente de 15 lits sur toutes les PAC hospitalisées entre le 1/3/2016 et le 31/1/2017. Les patients en ventilation spontanée ont été testés à partir d'une expectoration, les patients ventilés à l'aide d'un lavage broncho-alvéolaire, tous deux prélevés dans les 24 heures suivant l'admission. Ces prélèvements étaient couplés à un écouvillonnage nasopharyngé. Les prélèvements ont été analysés microbiologiquement et virologiquement à l'aide des méthodes de routine et de la PCR multiplex FTD-RP33. La performance diagnostique de la FTD-RP33 a été évaluée contre un gold standard somme des performances combinées des méthodes de routine (examen direct, culture, PCR spécifiques). Sur la période étudiée, 50 PAC ont été analysées dont 15 PAC bactériennes (30 %), 10 PAC virales (20 %), 5 PAC mixtes (10 %), 2 PAC à Mycoplasma pneumoniae et 18 PAC non documentées (36 %). La sensibilité de la FTD-RP33 à identifier un pathogène était de 86,7 % (IC95 % : 73,2–94,9 %), la spécificité de 100 % (IC95 % : 39,8–100 %) et la capacité discriminante de (AuROC) de 93,3 (IC95 % : 83,1–98,7). Les gains de sensibilité et de capacité discriminante par rapport aux méthodes de routine étaient respectivement de 4,4 % et 2,2 points avec la FTD-RP33. Les méthodes de routine s'avéraient cependant supérieures pour le diagnostic de PAC d'origine virale, tant en matière de sensibilité (100 % vs 80 %), de spécificité (37 % vs 20 %), ou de capacité discriminante (AuROC 68 vs 50). Inversement, la FTD-RP33 se révélait légèrement supérieure aux méthodes de routine pour le diagnostic des PAC bactériennes en matière de sensibilité (94 % vs 90 %), mais pas de spécificité (30 % vs 36 %) ou de capacité discriminante (AuROC 62 vs 63). La preuve microbiologique était plus fréquente chez les sujets jeunes ou dont le score SOFA était supérieur ou égal à 5. Le fait de documenter l'agent pathogène n'était pas associé au pronostic ni suivi de désescalade thérapeutique. Une PCR multiplex peut s'avérer être une alternative faisable aux méthodes microbiologiques classiques et à la biologie moléculaire ciblée dans le diagnostic des PAC en réanimation. Toutefois, l'implémentation de cette technique simple et automatisée semble sans conséquence sur les pratiques ou le pronostic. [ABSTRACT FROM AUTHOR]