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Milk’s qualitative and technological properties are greatly affected by genetic polymorphisms in the kappa-casein gene, and their polymorphisms may serve as informative markers of yield and composition. Thus, the objective of this study was to detect kappa-casein (kappa-CN) gene polymorphisms and their association with milk production traits in crossbred dairy cows. One hundred healthy crossbred (Friesian x Jenoubi) dairy animals between three and five years old were sampled for blood and milk during their first lactation. The genomic DNA was extracted from whole blood, and restriction fragment length polymorphism (RFLP-PCR) was used to determine the genotype of the kappa-CN gene. As a consequence of the restriction digestion of this fragment with Hind III, it showed three different restriction patterns: BB (453 base pairs uncut), AB (453, 206, and 225 base pairs), and AA (206 and 225 base pairs). Based on genetic diversity, the AB genotype was the most predominant (n = 67), with a frequency of 0.67. A variant genotype of the kappa-CN gene was associated with milk production traits in crossbred dairy cows. Animals with the AA variant produced a higher milk yield and a higher percentage of fat, casein, protein, and solids not fat (SNF) (P≤0.05) (1.397kg, 0.75%, 0.31%, 0.27%, and 0.68%, respectively) than those with the BB variant. A logistic regression analysis confirmed that the kappa-CN genotypes increase milk yield and casein content. Therefore, genetic variants of the kappa-CN gene could be used as genetic markers for improving milk production traits in dairy cattle. Resumo As propriedades qualitativas e tecnológicas do leite são muito afetadas por polimorfismos genéticos no gene kappa-caseína e esses polimorfismos podem servir como marcadores informativos de rendimento e composição. Assim, o objetivo deste estudo foi detectar polimorfismos do gene kappa-caseína (kappa-CN) e sua associação com características de produção de leite em vacas leiteiras mestiças. Cem animais mestiços (Freisian x Jenoubi) saudáveis, entre três e cinco anos de idade, foram amostrados durante a primeira lactação para sangue e leite. O DNA genômico foi extraído do sangue total e o polimorfismo dos fragmentos de restrição do DNA genômico (RFLP-PCR) foi usado para determinar o genótipo do gene kappa-CN. Em consequência da digestão de restrição deste fragmento com Hind III, ele apresentou três padrões de restrição diferentes: BB (453 pares de bases não cortadas), AB (453,206 e 225 pares de bases) eAA (206 e 225 pares de bases). Com base na diversidade genética, o genótipo AB foi o mais predominante (n = 67), com frequência de 0,67. Genótipo variante do gene kappa-CN foi associado com características de produção de leite em vacas leiteiras mestiças. Animais com a variante AA tiveram maior produção de leite e maior percentual de gordura, caseína, proteína e sólidos não gordurosos (SNG) (P≤0,05) (l,397kg, 0,75%, 0,31%, 0,27% e 0,68%, respectivamente) do que aqueles com variante BB. Uma análise de regressão logística confirmou que os genótipos kappa-CN aumentam a produção de leite e o teor de caseína. Portanto, variantes genéticas do gene kappa-CN podem ser usadas como marcadores genéticos para melhorar as características de produção de leite em bovinos leiteiros.

Introducción: La mortalidad asociada a la infección por SARS CoV-2 varia en diferentes localizaciones geográficas, hallazgo en relación con la variabilidad en la población respecto a la prevalencia de comorbilidades, edad, la respuesta inmune del hospedador, entre otros. Se han descrito variantes genéticas del virus con fenotipos distintos, ya sea por cambios antigénicos, de la transmisibilidad o virulencia, y por tanto tener un impacto en la morbimortalidad Objetivos: Determinar qué factores se asocian a muerte en los pacientes con COVID 19 que ingresan a la unidad de cuidado crítico y describir la frecuencia de las variantes de SARS CoV-2 en estos pacientes. Materiales y métodos: Se realizó un estudio observacional analítico, retrospectivo tipo casos y controles para evaluar la asociación entre las variables clínicas, paraclínicas y sociodemográficas y el desenlace muerte, en los pacientes que ingresan a la unidad de cuidado crítico con diagnóstico de COVID 19, atendidos entre junio de 2020 y agosto de 2021. Resultados: Un total de 88 pacientes fueron incluidos, 44 casos (desenlace muerte presente), en el análisis univariado se identificaron como factores de riesgo de muerte las variables edad mayor de 65 años OR 7.15 (2.79-18.32), neutrófilos mayores de 12 x 10*3/uL, 3.40 (1.35-8.53), creatinina sérica mayor de 1.3 OR 3.11 (1.17-8.24), Ingreso directo a UCI OR 5.40 (1.78-16.35), y requerimiento de soporte vasoactivo, ventilatorio y de terapia de reemplazo renal con ORs de 12.00 (2.55-56.30), 14.33 (1.76-116.67) y 14.53 (3.11-67.85) respectivamente. Conclusiones: Los factores de riesgo identificados pueden ayudar a una estratificación acertada del riesgo de muerte y así mismo ayudar a determinar conductas tempranas de tratamiento y monitorización en la atención a pacientes con COVID 19 atendidos en la Unidad de Cuidado Critico. Palabras clave: SARS CoV2, Variantes genéticas, Unidad de cuidado crítico, mortalidad (Texto tomado de la fuente) Introduction: The mortality associated with SARS CoV-2 infection varies in different geographical locations, a finding related to the variability in the population regarding the prevalence of comorbidities, age, the host's immune response, among others. Genetic variants of the virus with different phenotypes have been described, either due to antigenic changes, transmissibility or virulence, and therefore having an impact on morbimortality. Objectives: To determine which factors are associated with death in patients with COVID 19 admitted to the critical care unit and to describe the frequency of SARS CoV-2 variants in these patients. Materials and methods: An analytical, retrospective observational case-control study will be carried out to evaluate the association between clinical, paraclinical and sociodemographic variables and the outcome of death, in patients admitted to the critical care unit with a diagnosis of COVID 19, served between June 2020 and August 2021 Results: A total of 88 patients were included, 44 cases (death outcome present), were identified as a risk factor for death the variables age over 65 years OR 7.15 (2.79-18.32), neutrophils over 12 x 10*3/uL, 3.40 (1.35-8.53),serum creatinine greater than 1.3 OR 3.11 (1.17-8.24), direct admission to the ICU OR 5.40 (1.78-16.35) and requirement of vasoactive, ventilatory support and renal replacement therapy with ORs of 12.00 (2.55- 56.30), 14.33 (1.76-116.67) y 14.53 (3.11-67.85) respectively. Conclusions: The identified risk factors can help to accurately stratify the risk of death and also help determine early treatment and monitoring behaviors in the care of patients with COVID 19 treated in the Critical Care Unit . Especialidades Médicas Especialista en Infectología

Premio extraordinario de Trabajo Fin de Máster curso 2021/2022. Máster en Nutrición Humana Antecedentes: La Hipercolesterolemia Familiar Heterocigota (HF) es un trastorno genético común a nivel mundial. Se produce por mutaciones en los genes LDLR, ApoB, ApoE y PCSK9. La importancia de la HF como problema de salud radica en la elevada incidencia de enfermedad coronaria prematura, por lo que es necesaria la búsqueda de biomarcadores que nos permitan individualizar el riesgo cardiovascular (CV) de estos pacientes. Objetivos: Estudiar la relación entre los niveles de PCSK9 y las distintas mutaciones presentes en los individuos con HF, para identificar herramientas individualizadas enfocadas en disminuir el riesgo CV en pacientes con HF. Métodos: Se trata de un estudio descriptivo transversal sobre una cohorte prospectiva de 403 pacientes con HF (cohorte SAFEHEART). Incluyó pacientes >18 años con HF y sus familiares, con datos antropométricos, bioquímicos y clínicos, así como su diagnóstico genético. Se determinaron los niveles de PCSK9 mediante ELISA. Posteriormente se analizó la relación entre los niveles de PCSK9 y las distintas mutaciones presentes en los pacientes con HF, así como la correlación con parámetros bioquímicos y lipídicos. Resultados: Los individuos con mutación en el gen LDLR mostraron niveles de PCSK9 superiores a aquellos que no la portaban. Los pacientes con mutación en el gen ApoB mostraron niveles menores de PCSK9 que aquellos que no la portaban. Además, los niveles de PCSK9 se relacionaron de forma positiva con los niveles en LDL, colesterol total, glucemia y niveles séricos de ApoB. Conclusión: El conocimiento de la relación entre las distintas mutaciones genéticas y el comportamiento de moléculas asociadas al desarrollo de enfermedad CV (PCSK9) permitiría predecir el riesgo CV de manera individualizada en pacientes con HF y optimizar su tratamiento farmacológico para disminuirlo. Background: Heterozygous Familial Hypercholesterolemia (HF) is a common genetic disorder worldwide. It is caused by mutations in the LDLR, ApoB, ApoE and PCSK9 genes. The importance of HF as a health problem lies in the high incidence of premature coronary disease. It is necessary to search biomarkers that allow us to individualize the cardiovascular (CV) risk of these patients. Main objective: To study the relationship between PCSK9 levels and the different genetic mutations present in individuals with HF, in order to individualize their CV risk. Methodology: This is a transversal descriptive study of a prospective cohort of 403 patients with HF (SAFEHEART cohort). It included patients >18 years of age with HF and their families. It also included anthropometric, biochemical and clinical data, as well as their genetic diagnosis. PCSK9 levels were determined by ELISA. Subsequently, the relationship between PCSK9 levels and the different mutations present in patients with HF was analyzed, as well as the correlation with biochemical and lipid parameters. Results: Individuals with mutation in the LDLR gene showed higher levels of PCSK9 than those who did not carry it. Patients with mutation in the ApoB gene showed lower levels of PCSK9 than those who did not carry it. In addition, PCSK9 levels were positively correlated to LDL, total cholesterol, blood glucose, and serum ApoB levels. Conclusión: Knowledge of the relationship between the different genetic mutations and the behavior of molecules associated with the development of CV disease (PCSK9) would be useful to determine CV risk individually in patients with HF, allowing us to optimize their pharmacological treatment.

El presente trabajo muestra el papel fundamental que desempeña el Laboratorio de Dianas Terapéuticas (LDT) del Hospital Universitario HM Sanchinarro en el diagnóstico molecular de pacientes oncológicos y la detección de biomarcadores genéticos. El objetivo del LDT es individualizar el tratamiento y mejorar el pronóstico de los pacientes mediante la aplicación de herramientas tecnológicas disponibles en sus instalaciones. Al hablar de medicina de precisión en oncología, es necesario disponer de suficientes biomarcadores (EGFR, KRAS, IDH, BRAF, entre otros), por un lado, porque brindan información sobre el tipo de mutación presente en el paciente, y, por otro, porque establecen en qué gen se encuentra y en qué cantidad. Este último, se correlaciona con la frecuencia alélica de la mutación de interés, pudiendo así, monitorizar al paciente. Asimismo, el estudio de biomarcadores permite evaluar la progresión de la enfermedad a través del estudio de la carga tumoral (biopsia liquida), conocer si hay respuesta molecular bajo el tratamiento elegido y, finalmente, evaluar la posible aparición de mutaciones de resistencia como consecuencia de dichas mutaciones. El avance tecnológico de técnicas como la secuenciación masiva (NGS) ha resultado una ventaja importante en cuanto a rapidez y precisión de detección. También, permite ampliar el conocimiento de las alteraciones genéticas de los tumores, de las personas que las portan y las principales vías de señalización celular implicadas. En esta revisión, se resumen los pasos en la detección de biomarcadores clínicamente relevantes en oncología junto con una serie de casos clínicos llevados a cabo dentro del Laboratorio de Dianas Terapéuticas. Entre los más representativos se destacan el cáncer de pulmón, glioma, colon y recto.

El cáncer de mama es una patología con alta frecuencia y mortalidad a nivel mundial. El 5 a 10% de casos es de tipo hereditario y está asociado con mayor frecuencia a variantes genéticas germinales en BRCA1 y BRCA2; sin embargo, con el uso de NGS se ha encontrado mayor cantidad de genes, que pueden ser caracterizados de acuerdo a las manifestaciones clínicas y epidemiológicas del paciente. El objetivo de este estudio es identificar las características fenotípicas y genotípicas de mujeres peruanas con cáncer de mama hereditario confirmado mediante un panel NGS de 94 genes de predisposición a cáncer en el Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Se realizará un estudio transversal, observacional y descriptivo. Se seleccionarán mujeres peruanas, mayores de 18 años, con cáncer de mama hereditario, en las cuales se ha identificado una variante patogénica o probablemente patogénica germinal en genes de predisposición a cáncer mediante un panel NGS de 94 genes de predisposición a cáncer, atendidas en el Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Se recolectarán los datos de las historias clínicas, se almacenarán en una hoja de cálculo de Excel y se asignará un código a cada paciente. Las variables cuantitativas se presentarán como medias y las variables cualitativas como frecuencias y porcentajes.

Introducción. En 2009, neuropediatras y neurólogos del Hospital Universitario Reina Sofia describieron un posible efecto fundador de la enfermedad de Segawa autosomica dominante en Córdoba (España) debido a la mutación c.265C> T (p. Q89*) en el gen GCH1. Se ha coordinado un estudio multicéntrico con el objetivo de mejorar el conocimiento de la situación de la enfermedad de Segawa en España y proporcionar una descripción fenotípica y genotípica detallada de los pacientes así como la respuesta al tratamiento y valorar posibles biomarcadores. Métodos. La información clínico-genética se obtuvo a partir de cuestionarios estandarizados que fueron completados por los neurólogos que atendieron a niños y/o adultos de 16 hospitales españoles. Se realizo el estudio in silico de las variantes genéticas noveles. El efecto fundador de la variante p.Q89* se analizó mediante el estudio de haplotipos satélites. Se analizaron prolactina sérica y pterinas en orina y en sangre seca como posibles biomarcadores para el diagnóstico y seguimiento de la enfermedad. Resultados. Ochenta sujetos pertenecientes a 24 familias mostraron mutaciones/deleciones en el gen GCH1 compatibles con la enfermedad de Segawa. Se describieron siete variantes genéticas exclusivas en la cohorte de pacientes, 5 de las cuales son mutaciones noveles. Se detectaron cinco familias con p.Q89*, no descritas previamente, en Andalucía debido a un posible efecto fundador. La mediana de latencia diagnostica fue de 5 anos (RIC 0- 16). Nueve de las 24 familias tenían miembros diagnosticados de la enfermedad de Parkinson en sus antecedentes familiares. Los signos y/o síntomas más frecuentes fueron distonía de miembros inferiores (38/56, 67,8%, p = 0,008) y fluctuaciones diurnas de la sintomatología motora (38/56, 67,8%, p = 0,008). Las fluctuaciones diurnas no estuvieron presentes en los fenotipos distintos de la distonía. Cincuenta y tres de 56 pacientes sintomáticos fueron tratados con un L-Dopa/inhibidor de decarboxilasa periférica durante (media +- DE) 12,4 +-} 8,12 años. En un 81% de casos se emplearon dosis inferiores a 350 mg/día (o ≤5 mg/kg/día en niños). Once de 53 (20%) pacientes presentaron síntomas que no respondían a L-Dopa/inhibidor de decarboxilasa periférica y que les afectaban en las actividades de la vida diaria. Las discinesias (en 4 sujetos) fueron los efectos adversos más destacados. No se observó deterioro de la respuesta al tratamiento con LDopa/ inhibidor de decarboxilasa periférica a largo plazo. Se analizo la prolactina sérica como posible biomarcador de seguimiento en 14 individuos, resultando normales en todos los casos. Se analizaron pterinas en orina y en sangre seca en 15 individuos afectos de la enfermedad y se comparó con un grupo control, observándose que presentaron valores significativamente más bajos tanto para la excreción de neopterina como de biopterina en orina (prueba t de Student; p T (p.Q89*) mutation in the GCH1 gene. A multicenter study has been coordinated to improve the knowledge of the situation of Segawa disease in Spain and to provide a detailed phenotypic and genotypic description of the patients as well as the response to treatment and to assess possible biomarkers. Methods. The clinical-genetic information was obtained from standardized questionnaires that were completed by neurologists who cared for children and/or adults from 16 Spanish hospitals. The in silico study of the novel genetic variants was carried out. The founder effect of p.Q89* was analyzed by studying satellite haplotypes. Serum prolactin and pterins in urine and dried blood were analyzed as possible biomarkers for the diagnosis and follow-up of the disease. Results. Eighty subjects belonging to 24 families showed mutations in GCH1 compatible with Segawa disease. Seven exclusive genetic variants have been described in the cohort of patients, 5 of which are novel mutations. Five previously undescribed families with p.Q89* were detected in Andalusia due to a possible founder effect. The median latency to diagnosis was 5 years (IQR 0-16). Nine of the 24 families had members diagnosed with Parkinson's disease in their family history. The most frequent signs and/or symptoms were lower limb dystonia (38/56, 67.8%, p = 0.008) and diurnal fluctuations in motor symptoms (38/56, 67.8%, p = 0.008). Diurnal fluctuations were not present in phenotypes other than dystonia. Fifty-three of 56 symptomatic patients were treated with an L Dopa/periferic decarboxylase inhibitor for (mean +-SD) 12.4 +-8.12 years. In 81% of cases, doses lower than 350 mg/day (or ≤5 mg / kg / day in children) were used. Eleven of 53 (20%) patients had non-responsive symptoms and that affected daily life activities. Dyskinesias (in 4 subjects) were the most prominent adverse effects. No deterioration in response to long-term L-Dopa/periferic decarboxylase inhibitor treatment was observed. Serum prolactin was analyzed as a possible follow-up biomarker in 14 individuals, all results were normal. Pterins were analyzed in urine and in dried blood in 15 individuals affected by the disease and compared with a control group, observing that they presented significantly lower values for both the excretion of neopterin and biopterin in urine (Student's t test; p < 0.0001). Conclusión. This study identified 5 novel disease-causing mutations in the GCH1 gene and 7 uniquely described in this cohort. Five new families carrying the p.Q89* mutation were detected, which supports the hypothesis of a founder effect of p.Q89* in Andalusia. New insights are provided about phenotypes and long-term response to treatment, which can improve early recognition and therapeutic management. It is noteworthy that the diurnal fluctuations of motor symptoms were found exclusively in early ages and phenotypes with dystonia. Despite being a disease with good response to treatment, 20% of patients described non-responsive symptoms to L-Dopa that affected their daily life. It was found a high prevalence of Parkinson's disease in families affected by Segawa disease. Serum prolactin does not seem to be useful in monitoring the disease, however, urine pterins could be of interest as a peripheral biomarker for biochemical diagnosis.

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Introducción. El conocimiento de la conducta violenta y el delito juvenil presenta diversas dificultades metodológicas debido a las múltiples causales que participan. En este estudio se puso a prueba la hipótesis entre la asociación de factores comunitarios, relacionales, individuales y genéticos con la condición de ser joven que cometió homicidio versus la condición de ser joven que cometió otros delitos. Método. Presenta un diseño con una metodología cuantitativa que incluyó un estudio descriptivo y un análisis bivariado y multivariado de datos. Los participantes fueron 500 varones adolescentes ( =16.8 años) institucionalizados por orden judicial en instituciones penales de la provincia de Buenos Aires, Argentina. El grupo de 195 casos estuvo configurado por 130 jóvenes con homicidio, 15 con homicidio reiterado y 50 con intento de homicidio. El grupo control fueron 305 varones adolescentes con otro tipo de delitos. En una adecuación de los datos observados se excluyeron del análisis aquellos jóvenes que no tuvieran el dato de MAOA y aquellos cuya carátula era la categoría 6 (violación= 4). En total se consideraron n=461 jóvenes. Para definir “homicida” se consideraron dos posibilidades: Opción 1: considerar homicida aquel joven que aceptaba haber cometido al menos un homicidio, aunque no estuviera indicado en la carátula judicial. Opción 2: considerar homicida aquel joven que admite haber cometido al menos un homicidio o cuya carátula judicial es 4 o 5 (homicidio u homicidio reiterado). La recolección de datos se llevó a cabo con la administración de instrumentos autoinformados así como entrevistas realizadas por profesional psiquiatra. Se configuraron 64 preguntas ad hoc para la obtención de datos personales, familiares, hábitos y conductas disociales, con inclusión de los parámetros del DSM5 para trastorno de conducta. Las escalas psicológicas utilizadas fueron: Consideración de Futuras Consecuencias (CFC); Inventario de Madurez Psicosocial (PMI); Inventario de Adaptación de Weinberg (WAI), Resistencia a la Influencia de Pares (RPI); Lista de Chequeo de Psicopatía, Versión Juvenil (Youth Version), (PCL-YV); Inventario de Rasgos de Insensibilidad (ICU) y Escala de Impulsividad de Barrat (BIS) versión11. La investigación de las variables genéticas se realizó a través de muestras de saliva, con consentimiento informado de los jóvenes. Se investigaron alelos de MAOA, COMT y Dopamina que en la literatura estaban asociados con conductas violentas y homicidio. Dichos análisis se realizaron en IMBICE (Instituto Multidisciplinario de Biología Celular), dependiente del CONICET. Para la realización de la presente investigación se han tenido en cuenta las recomendaciones de la Declaración de Helsinki y su enmienda de Fortaleza (Brasil), con cumplimiento de las Buenas Prácticas de la Disposición 5330/97 de ANMAT y la Ley 25.326 de la Protección de los datos Personales. Resultados Para la Opción 1°: se determinaron como factores protectores de cometer homicidio estadísticamente significativos, a padres separados (p=0.0177) con un OR = 0.59 (IC95% 0.37; 0.93), con probabilidades de un 40% menor de ser homicidas respecto de quienes no tuvieran a sus progenitores separados; los jóvenes que admitieron al menos un delito p=0.0055 con un OR = 0.39 (IC95% 0.20; 0.79), tuvieron un 60% menos chances de ser homicida que aquellos que no lo admitieron. Los jóvenes que informaron haber cometido entre uno y diez robos calificados presentaban menor riesgo de comportamiento homicida con p=0.0071 y OR = 0.44 (IC95% 0.23; 0.84) que aquellos que habían informado más de diez robos calificados p= 0.99 (IC95% 0.58; 1.69). No hubo asociación significativa con la condición de ser homicida y los resultados de los alelos de baja actividad de la MAOA L (alelos 179 y 210), pero con p=0.0745. En el análisis de regresión logística múltiple, resultaron factores protectores de la condición de ser homicida el admitir delitos, OR= 0.30 (IC95% 0.13; 0.72) y padres separados, OR= 0.57 (IC95% 0.36; 0.90). Como factores de riesgo significativos de comportamiento homicida con OR > 1 fueron tener familiares de segundo grado presos, OR = 1.74 (IC95% 1.07; 2.83) y fanfarronear, amenazar o intimidar, OR = 2.07 (IC95% 1.12; 3.98). Para la Opción 2°: fueron factores protectores estadísticamente significativos tener padres separados con p =0.0177 ,OR = 0.59; (IC95% 0.37; 0.93), con 40% menos chances de ser homicidas respecto de quienes no estuvieren separados; los jóvenes que convivieron con la madre hasta los 16 años con p=0.0051, OR= 0.50 (IC95% 0.31 ; 0.83) tuvieron un 50% menos chances de ser homicidas respecto de quienes no. Aquellos que admitieron al menos un delito con p = 0.0055, OR = 0.39 (IC95% 0.20; 0.79), tuvieron un 60% de menores posibilidades de ser homicida que aquellos que no lo reconocieron. El admitir entre uno y 10 robos calificados con p=0.027, OR = 0.37; (IC95% 0.20;0.67) actuó como factor protector con respecto a los jóvenes que habían admitido más de diez robos calificados con OR = 0.74 (IC95% 0.45 ;1.22). Presentaron menor riesgo de comportamiento homicida la conducta de mentir a menudo para obtener favores o evitar obligaciones con p =0.0072, OR = 0.50 (IC95% 0.30; 0.85); haber robado objetos de cierto valor sin enfrentamiento con la víctima p =0.0217, OR = 0.60 (IC95% 0.39; 0.93). Resultó un factor de riesgo para el comportamiento homicida el hallazgo en los jóvenes de cicatrices por autoagresiones con p=0.410, OR=1.79 (IC95%1.00; 3.17). Los alelos de baja actividad de la MAOA L (por Low, es decir los alelos 179 y 210) no fueron estadísticamente significativos para la condición de ser homicida, pero con p=0.0745 . En el análisis de regresión logística fueron factores protectores de la condición homicida el admitir delitos con OR = 0.34 (IC95% 0,14; 0.79); convivencia con el padre hasta los 16 años, OR = 0.33 (IC95% 0.11; 0.91); convivencia con la madre hasta los 16 años, OR = 0.35 (IC95% 0.19; 0.66) y mentir para obtener favores, OR = 0,59 (IC95% 0.29; 1.22). Fueron factores de riesgo significativos para comportamientos homicidas el fanfarronear, amenazar o intimidar, OR = 2.04 (IC95% 1.13; 3.80) y cicatrices por autoagresiones, OR = 2.05 (IC95% 1.13; 3.70). En las pruebas psicológicas se registró asociación significativa entre la variable de Despreocupación del ICU (Inventory of Callous-Unemotional Traits) (ICU) y los ítems de Conducta Disocial (p=0.76). El Factor 4 Antisocial de la PCL-YV demostró ser significativo al comparar GH (Grupo Homicida: Mediana: 4.63; DE: 1.90) versus GNH (Grupo No Homicida: Mediana: 4.15; DE 1.86; U de Mann Whitney 25448.5; p=.006* con significación asintótica bilateral), de significación estadística para rechazar la hipótesis nula. Otro indicador que se consideró fue el antecedente de haber tenido trastornos de conducta, también denominados conductas disociales. Para su registro se contempló los quince tipos de trastornos de conducta definidos en el DSM5 (American Psychiatric Association, 2013). El promedio general de trastornos de conducta fue de 8.3 (DE 3.5; rango 0 – 14); sin diferencias entre el grupo homicida y no homicida. Se construyó una nueva variable denominada “indicador de exteriorización” a través de la suma de la cantidad de delitos admitidos y los 15 ítem del DSM5 de trastornos de conducta ( = 131; DE 284). Este “indicador de exteriorización” se asoció con los tests psicológicos cuyos resultados fueron con distribución normal, correspondientes al BIS 11 total y PSM adecuación individual. Se clasificó a los sujetos en dos clusters que se denominaron “impulsivo” (n= 99) y otro “no impulsivo” (n = 96) con correcta medida de silueta de cohesión (similar a su propio cúmulo) y de separación (mal emparejada con los cúmulos vecinos) y con centroides para los instrumentos de acuerdo a lo esperable según cada puntuación. Se realizó análisis poblacional para el polimorfismo rs4680 del gen COMT con el estadístico Fst, que mide la diferencia entre poblaciones. Se comparó con datos no publicados de Ciudad de Buenos Aires (n=107), Misiones (n=60) (Glesmann, 2009), Chaco (n=134) (Raggio et al. 2018), y los hallazgos pusieron de manifiesto que los jóvenes en conflicto con la ley penal privados de libertad tomados en conjunto (homicidas y no homicidas) presentaron diferencias significativas con los datos de ciudad de Bs As (p=0.036) y de Misiones (p=0.045). Este estudio poblacional permitió la comparación de datos comunes con respecto a la criminalidad de otros miembros de la familia; abuso de alcohol y/o sustancias de familiares; convivir en pareja y/o tener hijos, sin diferencias significativas. Conclusiones Ambos grupos, homicidas y no homicidas, son similares en cuanto a las variables estudiadas. Se verificaron diferencias significativas protectoras de cometer homicidio relacionadas con los años de convivencia con el padre y/o con la madre, admitir delitos; tener bajo número de delitos calificados (menores a diez); tener padres separados. Se identificaron como factores de riesgo para cometer homicidio fanfarronear, amenazar, intimidar, cicatrices por autoagresiones; familiares de segundo grado presos. Se pudo identificar dos Grupos Homicidas: Impulsivo/No Impulsivo en base apruebas psicológicas e información sobre comportamientos disociales. Las frecuencias alélicas de la MAOA L de baja actividad (60 % del total) no tuvieron asociación significativa con la condición de haber cometido homicidio, pero con p=0.0745. Se registró asociación significativa entre la variable de Despreocupación del ICU y los ítems de Conducta Disocial (p=0.76). Si bien no se verificó asociación significativa entre las variables genéticas para COMT rs4680 y la condición de pertenecer al grupo homicida, el hallazgo de diferencias en la distribución de la muestra estudiada comparativamente con muestras de población de CABA, Resistencia y Misiones, generan la posibilidad de avanzar en estrategias de comparación de poblaciones diversas., Facultad de Ciencias Médicas

[ES] Las enfermedades cardiovasculares se deben a trastornos del corazón y de los vasos sanguíneos. Según la Organización Mundial de la Salud, son la principal causa de muerte a nivel mundial, siendo responsables de 17 millones de muertes cada año aproximadamente. Un tipo de enfermedad cardiovascular son las miocardiopatías, que comprenden cambios estructurales y funcionales del músculo cardiaco causando una disfunción mecánica y/o eléctrica del mismo. Hay varios tipos de miocardiopatías que se clasifican según sus causas, en este caso destacamos la miocardiopatía dilatada que tiene tanto causas genéticas como no genéticas. El 35% de los casos están causados por genes mutados que codifican proteínas sarcómeras, citoesqueléticas o de envoltura nuclear. Hasta el momento se han identificado varios genes que se asocian a la presencia de esta patología de diferentes tipos. Se sabe que diferentes factores ambientales como la presencia de hipertensión o diabetes modifica el riesgo de desarrollar un gran número de problemas cardiacos, incluida la miocardiopatía dilatada. Esta enfermedad se caracteriza por una disfunción sistólica y diastólica, producidas por la dilatación del ventrículo izquierdo, por una disfunción contráctil y por el aumento de las presiones de llenado. Si bien, no hay suficiente información sobre el efecto de los genes asociados con el desarrollo de esta patología y el desarrollo de enfermedades de alto riesgo cardiovascular, como puede ser la hipertensión. En este proyecto se realiza un estudio poblacional general de los marcadores descritos previamente asociados con esta patología, utilizando el método de NGS para identificar los polimorfismos de interés. Analizar la importancia de variantes genéticas previamente asociadas con el desarrollo de esta patología en la regulación de los niveles de presión arterial es importante para poder establecer los mecanismos que puedan tener en común el desarrollo de estas dos enfermedades. Así, genes que pueden afectar al desarrollo del corazón o modificarlo en presencia de determinados factores, podrían afectar al desarrollo del sistema circulatorio y provocar el desarrollo de niveles alterados de presión arterial; conociéndose ya que varios de estos genes modulan los niveles de presión arterial. Además, como los niveles elevados de presión arterial es un factor de riesgo importante, aquellas variantes que también supongan unos mayores niveles de presión arterial podrían tener un efecto mayor sobre la miocardiopatía dilatada. Por otro lado, se lleva a cabo un estudio estadístico para ver las posibles asociaciones con dicha patología y otros parámetros relacionados con el riesgo cardiovascular como el BMI, perímetro de cintura y diabetes tipo 2 entre otros., [EN] Cardiovascular diseases are caused by disorders of the heart and blood vessels. According to the World Health Organisation they are the number 1 cause of death globally, accounting for approximately 17 million deaths each year. One type of cardiovascular diseases are cardiomyopathies which is mainly characterized by structural and functional changes of the heart muscle causing mechanical and/or electrical dysfunction of the heart muscle. There are several types of cardiomyopathies that are classified according to their causes, in this case we focus on dilated cardiomyopathy which has both genetic and non-genetic causes. The 35% of cases are caused by mutated genes encoding sarcomeric, cytoskeletal or nuclear envelope proteins. So far, various genes have been identified that are associated with the presence of this pathology of different types. Environmental factors such as the presence of hypertension or diabetes modify the risk of developing a number of cardiac problems, including dilated cardiomyopathy. This disease is characterised by systolic and diastolic dysfunction, caused by left ventricular dilatation, contractile dysfunction and increased blood pressures. Nowadays, there is little information on the effect of genes associated with the development of this pathology and the development of high-risk cardiovascular diseases, such as hypertension. In this project, a general population study of the previously described markers associated with this pathology is carried out, using the Next Generation Sequencing method to identify the polymorphisms of interest. It is important to analyse the importance of genetic variants previously associated with the development of this pathology in the regulation of blood pressure levels in order to establish the mechanisms that may be common to the development of these two diseases. There are some genes that can affect the development of the heart or modify it in the presence of some factors, could affect the development of the circulatory system and cause the development of altered blood pressure levels; several of these genes are already known to modulate blood pressure levels. Furthermore, as elevated blood pressure levels is an important risk factor, those variants that also result in higher blood pressure levels may have a greater effect on dilated cardiomyopathy. Moreover, a statistical study is carried out to see the possible associations with this pathology and other parameters related to cardiovascular risk such as BMI, waist circumference and type 2 diabetes among others.

El análisis terciario dentro de un flujo de trabajo de muestras genómicas procedentes de Secuenciación de Próxima Generación se corresponde con la anotación biológica de las variantes detectadas y su posterior priorización e interpretación con fines clínicos. Para ello existen multitud de herramientas computacionales que intentan predecir mediante diferentes enfoques la potencial patogenicidad de determinadas variantes genéticas, ya sea a través de clasificadores basados en scores o de plataformas que prioricen aquéllas con mayor potencial de causar un determinado fenotipo o enfermedad. En este trabajo se ha llevado a cabo una evaluación y comparación de diferentes métodos de predicción de patogenicidad y priorización de variantes en entornos clínicos, a través de la obtención de métricas estadísticas que evalúen el rendimiento de diferentes clasificadores existentes en la literatura y el análisis pormenorizado de varias plataformas de priorización. Se obtienen varios conjuntos de variantes públicos con los que realizar los diferentes análisis y comparaciones. Nuestros resultados indican que los predictores con mayor rendimiento para las variantes analizadas son ClinPred, BayesDel, REVEL, VEST4, fathmmMKL y PrimateAI, mientras que por otro lado GenIO se presenta como la mejor plataforma para obtener una lista priorizada de variantes con mayor patogenicidad. Asimismo, VarCards y OpenCRAVAT destacan por servir de punto de partida para una anotación exhaustiva de las variantes detectadas en el experimento de secuenciación. Tertiary analysis within a genomic samples workflow from Next Generation Sequencing corresponds to the biological annotation of the variants detected and their subsequent prioritisation and interpretation for clinical purposes. For this goal, there are many computational tools that try to predict the pathogenicity of certain genetic variants using different approaches, either through score-based classifiers or platforms that prioritise those variants with the greatest potential to cause a certain phenotype or disease. In this work, an evaluation and comparison of different methods of pathogenicity prediction and variant prioritisation in clinical environments has been carried out, through the computation of statistical metrics that evaluate the performance of different classifiers from the literature and the detailed analysis of several prioritisation platforms. Several sets of public variants are obtained with which to perform the different analyses and comparisons. Our results show that the predictors with the highest performance for the analysed variants are ClinPred, BayesDel, REVEL, VEST4, fathmmMKL and PrimateAI, while on the other hand GenIO is presented as the best platform to obtain a prioritised list of variants with higher pathogenicity. Likewise, VarCards and OpenCRAVAT stand out as appropriate starting points for the comprehensive annotation of the variants detected in the sequencing experiment. L'anàlisi terciària dins d'un flux de treball de mostres genòmiques procedents de Seqüenciació de Pròxima Generació es correspon amb l'anotació biològica de les variants detectades i la seva posterior priorització i interpretació amb finalitats clínics. Per a això existeixen multitud d'eines computacionals que intenten predir mitjançant diferents enfocaments la potencial patogenicitat de determinades variants genètiques, ja sigui a través de classificadors basats en scores o de plataformes que prioritzin aquelles amb major potencial de causar un determinat fenotip o malaltia. En aquest treball s'ha dut a terme una avaluació i comparació de diferents mètodes de predicció de patogenicitat i priorització de variants en entorns clínics, a través de l'obtenció de mètriques estadístiques que avaluïn el rendiment de diferents classificadors existents en la literatura i l'anàlisi detallada de diverses plataformes de priorització. S'obtenen diversos conjunts de variants públics amb els quals realitzar les diferents anàlisis i comparacions. Els nostres resultats indiquen que els predictors amb major rendiment per a les variants analitzades són ClinPred, BayesDel, REVEL, VEST4, fathmmMKL i PrimateAI, mentre que d'altra banda Geni es presenta com la millor plataforma per a obtenir una llista prioritzada de variants amb major patogenicitat. Així mateix, VarCards i OpenCRAVAT destaquen per servir de punt de partida per a una anotació exhaustiva de les variants detectades en l'experiment de seqüenciació.

Treball Final de Grau en Medicina. Codi: MD1158. Curs acadèmic: 2019/2020 Se han descrito variantes genéticas que influyen positivamente en el rendimiento deportivo de un corredor de carreras de ultra trail, además de limitar el incremento de los niveles plasmáticos de biomarcadores de daño muscular. Así pues, los objetivos de este trabajo final de grado fueron hallar las variantes genéticas asociadas al rendimiento físico, a los niveles de daño muscular y a la capacidad de recuperación post-carrera en los corredores amateurs participantes en carreras de ultra trail. Para ello, de 64 corredores de la carrera Penyagolosa Trails CSP se determinó su genotipo en trece variantes genéticas previamente involucradas en el rendimiento físico y el nivel de daño muscular. Además, se midieron los niveles en sangre de cuatro biomarcadores de daño muscular antes y después de la carrera. Se realizó un análisis de asociación del rendimiento de los corredores en carrera y la evolución de los niveles plasmáticos de biomarcadores de daño muscular según el genotipo de los corredores. Los resultados parecen indicar que ninguno de los polimorfismos analizados influye en el rendimiento del corredor en la carrera. Por otro lado, se observó que cinco variantes genéticas influyen significativamente en el grado de daño muscular (rs4880 en SOD2, rs8192678 en PPARGC1A, rs3213221 en IGF2, rs1800795 en IL6 y rs1815739 en ACTN3). Al mismo tiempo, los corredores homocigotos para el alelo ancestral del SNP rs12722 (localizado en el gen COL5A1) parecen recuperarse antes del daño muscular sufrido. Los resultados de este estudio podrían ayudar a entrenadores y corredores para disponer de pautas personalizadas para distribuir el nivel de esfuerzo en carrera, además de para reanudar el entrenamiento post-carrera en el momento más adecuado para cada corredor. Genetic variants have been described that positively influence sports performance in an ultra-trail race runner, in addition to limiting the increase in plasma levels of muscle damage biomarkers. Therefore, the objectives of this final degree work were to find the genetic variants associated with physical performance, levels of muscle damage and post-race recovery capacity in amateur runners participating in ultra-trail races. To this end, from 64 runners who finished the Penyagolosa Trails CSP race in order to determine their genotype in thirteen genetic variants, which has been previously involved in physical performance and muscle damage. In addition, the blood levels of four muscle damage biomarkers were measured before and after the race. An association analysis of the runners' performance in the race and the evolution of the blood levels of muscle damage was carried out taking into account the genotype of each runner. The results may indicate that none of the polymorphisms analyzed influence the runner's performance in the race. On the other hand, it was observed that five genetic variants significantly influence the degree of muscle damage (rs4880 in SOD2, rs8192678 in PPARGC1A, rs3213221 in IGF2, rs1800795 in IL6 and rs1815739 in ACTN3). At the same time, homozygous runners for the ancestral allele of the rs12722 variant (located in the COL5A1 gene) showed an earlier recovery of the muscle damage suffered. The results of this study may help coaches and trail runners to have personalized guidelines to distribute the physical effort throughout the race, as well as to restart training sessions at the most appropriate post-race moment for each runner.

Para la obtención de genotipos de trigo resistentes a Septoria tritici se hacen inoculaciones con diferentes aislamientos; sin embargo, existe evidencia de competencia entre estos que sobrevalua la respuesta de resistencia de los genotipos. Para comprobar esto, el objetivo de este estudio fue probar tres genotipos de trigo con diferente nivel de resistencia a éste hongo inoculado con aislamiento, P8, P9 y B1, individuales y en mezclas. El experimento se estableció en 2006 bajo un diseño de parcelas divididas con tres repeticiones. Se recolectaron picnidios de la hoja bandera y de la hoja inferior para identificar, mediante RFLP's, los aislamientos que se establecieron y prevalecieron en los diferentes genotipos. Cuando P8, P9 y B1 se inocularon individualmente se recuperó al aislamiento original; cuando se inocularon mezclados no se reaisló P9, evidenciando la competencia entre aislamientos y la baja agresividad de P9. B1 tuvo la frecuencia de recuperación más alta. Con B1 y P8 se reaislaron variantes genéticas cuya presencia fue inf luenciada por el genotipo de trigo y los aislamientos con que se mezclaron. Debido a que la competencia puede reducir la agresividad y la patogenicidad de los aislamientos inoculados en mezcla, la mejor estrategia en los programas de mejoramiento de trigo para seleccionar resistencia, es la inoculación individual de aislamientos.

RESUMEN El avance del conocimiento en la genetica humana en los ultimos 20 anos ha sido vertiginoso y el impacto que ha tenido en la salud humana es muy relevante. Por esta razon la revision y el conocimiento de conceptos geneticos, desde la herencia Mendeliana aplicada a la genetica humana hasta las enfermedades complejas, como el cancer y su modo de herencia, resulta imprescindible para profesionales del area de la salud. El mejor conocimiento de los genes involucrados en el inicio y la progresion del tumor, asi como el tipo de herencia del cancer y el efecto que tiene la penetrancia incompleta en el fenotipo, deben estar presentes a la hora de hacer un buen diagnostico en cada paciente. De la misma forma, a nivel molecular es necesario saber interpretar el efect o que pueden tener las diversas variantes de la secuencia de un gen, asi como el significado de variantes modificadoras del riesgo. Finalmente es importante considerar al cancer como una patologia hereditaria ya sea causada por mutaciones en un gen principal o como una enfermedad compleja causada por variantes en mas de un gen y factores no geneticos. En este manuscrito se revisan todos estos conceptos con el fin de entregar una vision basica para la comprension de las patologias con un importante componente genetico.

El factor von Willebrand (VWF) es una glucoproteína altamente polimórfica. Se describen aquí diferentes variantes genéticas asintomáticas altamente frecuentes, sus influencias sobre los estudios fenotípicos, en los niveles plasmáticos del mismo, y por consiguiente en diferentes entidades clínicas. Se detallan también variaciones en la frecuencia alélica según las etnias analizadas. El objetivo de este trabajo fue alertar sobre la necesidad de conocer la frecuencia de los polimorfismos en la población normal para evitar posibles conclusiones erróneas al momento del hallazgo de cambios no previamente reportados en la literatura científica. The von Willebrand factor (VWF) is a highly polymorphic glycoprotein. Several frequent asymptomatic genetic variants, their influences on phenotypic studies, on the plasma levels of VWF, and therefore in different clinical entities are described here. Variations in allele frequency in different ethnic groups analyzed are also detailed. The aim of this study was to highlight the need to know the frequency of polymorphisms in the normal population to avoid possible erroneous conclusions at the time of finding genetic variants not previously reported in the scientific literature. O fator von Willebrand (VWF) é uma glicoproteína altamente polimórfica. Diversas variantes genéticas assintomáticas muito frequentes são descritas aqui, suas influências em estudos fenotípicos, nos níveis plasmáticos de VWF e, portanto, em diferentes entidades clínicas. Variações na frequência alélica também são detalhadas segundo diferentes grupos étnicos analisados. O objetivo desse trabalho é alertar sobre a necessidade de conhecer a frequência dos polimorfismos na população normal, a fim de evitar possíveis conclusões errôneas no momento de encontrar variações genéticas não relatadas anteriormente na literatura científica.

IDENTIFICACIÓN DE VARIANTES GENÉTICAS RELACIONADAS CON DIABETES MELLITUS TIPO 2 EN POBLACIÓN ESPAÑOLA. INTRODUCCIÓN: La DM2 es una enfermedad metabólica multifactorial compleja en la que participan tanto factores ambientales como genéticos. Numerosos estudios han demostrado que la influencia de la genética en el riesgo de padecer DM2 es significativa. La heredabilidad estimada puede variar entre un 25% al 80% dependiendo de la población de estudio y de la herencia familiar. Sin embargo, las variantes encontradas hasta el momento, que tienen valores de Frecuencia del Alelo Minoritario (MAF) > 0.05, solo explican una pequeña parte del riesgo de padecer DM2, sobre un 15%, el resto aún está por identificar. La búsqueda de variantes poco comunes o con valores de MAF < 0.05 pueden tener un efecto funcional relevante y afectar al desarrollo de la enfermedad. Actualmente, gracias al rápido desarrollo de la tecnología, se pueden realizar estudios y análisis de secuenciación de exoma completo que permiten encontrar variantes poco frecuentes con mayor fiabilidad. OBJETIVOS: Identificar variantes genéticas en genes seleccionados de estudios previos, así como en muestras de exoma que puedan estar asociadas a DM2 en población española. Idear un flujo de análisis bioinformático fiable y automático para poder utilizar analizar los datos y que pueda ser utilizado en futuros proyectos. METODOLOGÍA: Parte 1: Estudio de 19 genes en una población compuesta por 588 casos de entre 30 y 65 años y 832 controles de los 50 y los 75 años de edad. Secuenciación de multiplexes de amplicones por técnicas NGS, Desarrollo de un flujo de análisis bioinformático y análisis estadístico de asociación posterior. Parte 2: Preparación de 119 genotecas de exoma caso/control, secuenciación por NGS y análisis bioinformático conjunto con 369 exomas caso/control extra disponibles, análisis descriptivo y estadístico de las variantes encontradas. RESULTADOS: Parte 1: En total se han encontrado 539 variantes en los 19 genes analizados de las cuales 11 de ellas, han sido estadísticamente significativas en la asociación con la DM2 en el estudio caso/control realizado. Parte 2: Se han encontrado en conjunto 12708 variantes genéticas en los 488 exomas analizados. De entre ellas, 49 variantes han resultado significativas en la asociación con DM2 dentro de la comparación caso/control analizada. CONCLUSIONES: En este trabajo se ha llevado a cabo la identificación de variantes genéticas relacionadas con la DM2 mediante estudios de exoma y validación de genes previamente identificados. Se ha diseñado y automatizado un flujo de análisis bioinformático para ser utilizado en futuros proyectos. Aun así, son necesarios otros estudios que puedan replicar estos u otros resultados en poblaciones de mayor tamaño, así como estudios funcionales.

Tese de mestrado, Biologia Humana e Ambiente, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2019 Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2019-12-06T16:24:48Z No. of bitstreams: 1 ulfc125145_tm_Rita_Simão.pdf: 3456326 bytes, checksum: e2750a0486e7b50e60187086fd892ca1 (MD5) Made available in DSpace on 2019-12-06T16:25:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc125145_tm_Rita_Simão.pdf: 3456326 bytes, checksum: e2750a0486e7b50e60187086fd892ca1 (MD5) Previous issue date: 2019

A complexidade genética e clínica que caracterizam a per turbação do espetro do autismo (PEA) têm limitado o desenvolvimento de biomarcadores que permitam um diagnóstico precoce e um prognóstico fiável, assim como uma abordagem personalizada para a inter venção terapêutica. Neste estudo pretendeu-se desenvolver uma abordagem integrativa para predição da apresentação clínica baseada em informação de variantes genéticas (Copy Number Variants, CNVs), com aplicação clínica no diagnóstico e prognóstico na PEA. Para tal, técnicas de aprendizagem automática (machine learning) foram aplicadas a dados clínicos e genéticos de 2446 doentes com PEA, recrutados no âmbito do consórcio Autism Genome Project. Análise de clustering de dados clínicos multidimensionais definiu, nesta população, dois subgrupos de pacientes com per fis clínicos diferindo significativamente em termos de capacidade verbal, nível cognitivo, gravidade da doença e compor tamento adaptativo. A análise dos CNVs que afetam especificamente genes do cérebro, nos mesmos indivíduos, identificou 15 processos biológicos enriquecidos em genes alterados. A aplicação de um algoritmo de machine learning para classificação dos doentes com apresentação clínica mais disfuncional, com base nos processos biológicos alterados, mostrou que correlações entre fenótipo clínico e biologia subjacente são possíveis na PEA e que, para grupos populacionais com dados informativos, existe um poder preditivo razoável. Para implementação deste conceito na prática clínica serão necessários estudos mais alargados com dados clínicos e genómicos mais completos. The genetic and clinical complexity that characterize Autism Spectrum Disorder (ASD) has hindered the development of biomarkers for early diagnosis and reliable prognosis, as well as a personalized to therapeutic inter vention. This study aimed to develop an integrative approach for clinical presentation prediction based on Copy Number Variants (CNVs), with clinical application for diagnosis and prognosis of ASD. For this purpose, machine learning techniques were applied to a dataset of 2446 patients with ASD, recruited by the Autism Genome Project. Clustering analysis of multidimensional clinical data allowed the definition of two patient subgroups in this population, with clinical profiles dif fering significantly in verbal ability, cognitive level, disease severity and adaptive behavior. In the same subjects, analysis of CNVs specifically af fecting brain-expressed genes identified 15 biological processes enriched for the disrupted genes. A machine learning algorithm was trained and tested to classif y patients with more dysfunctional clinical presentation based on altered biological processes. The results showed that correlations between clinical phenotype and underlying biology can be established in ASD and that, for datasets with suf ficiently informative data, there is a reasonable predictive power. Fur ther studies with more complete clinical and genomic data are needed to implement this concept in clinical practice. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

A nefropatia diabética (ND) é uma das principais causas de insuficiência renal em pacientes diabéticos. Estudos apontam que o desenvolvimento e a progressão da nefropatia são fortemente determinados por fatores genéticos, e alguns têm demonstrado contribuir com a ND. O polimorfismo genético de inserção/deleção do gene da enzima conversora de angiotensina (ECA) está associado ao aumento da atividade enzimática de ECA e diversos estudos já evidenciaram associação deste polimorfismo com ND. Outro polimorfismo genético, G8790A do gene enzima conversora de angiotensina 2 (ECA 2), resulta na alteração da expressão desse gene, no entanto, permanece até então, desconhecido o papel fisiopatológico desse polimorfismo G8790A na nefropatia de diabéticos do tipo 1 e 2. O objetivo deste trabalho foi estabelecer uma possível relação entre os polimorfismos genéticos descritos e o desenvolvimento da nefropatia diabética. Um total de 101 pacientes com ND e 95 pacientes com diabetes mellitus (DM) foram incluídos neste estudo do tipo caso-controle de base hospitalar e a determinação dos genótipos para o polimorfismo do gene ECA foi feita por PCR em tempo real (qPCR) e para o gene ECA 2 por PCR/RFLP, respectivamente. O genótipo I/D de ECA conferiu risco aumentado no desenvolvimento de ND (OR= 2,5 e p=0.01), demonstrando que o alelo D é responsável pelo aumento dos níveis circulantes de angiotensina II (Ang II), o que leva ao aumento da pressão arterial, afetando os glomérulos e consequentemente provocando danos glomerulares. Com relação ao ECA 2, não foi demonstrada associação com o risco de ND. Nos pacientes com nefropatia foi observado que o genótipo de risco (D/D) está associado a uma tendência ao aumento nos níveis de hemoglobina glicada e na diminuição dos níveis da Pressão Arterial Sistólica. Conclui-se o polimorfismo do gene ECA foi relevante para o desenvolvimento do curso clínico de DN. Diabetic nephropathy (DN) is one of the main causes of renal failure in diabetic patients. Studies indicate that the development and progression of nephropathy are strongly determined by genetic factors, and some have been shown to contribute to DN. The genetic insertion / deletion polymorphism of the angiotensin converting enzyme (ACE) gene is associated with an increase in the enzymatic activity of ACE, and several studies have already demonstrated the association of this polymorphism with ND. Another genetic polymorphism, G8790A of the gene converting enzyme angiotensin 2 (ACE 2), results in the alteration of the expression of this gene, however, it remains unknown until now the pathophysiological role of this G8790A polymorphism in type 1 and 2 diabetic nephropathy. The objective of this study was to establish a possible relationship between the genetic polymorphisms described and the development of diabetic nephropathy. A total of 101 patients with DN and 95 patients with diabetes mellitus (DM) were included in this hospital-based case-control study and the determination of the genotypes for the ACE gene polymorphism was done by real-time PCR (qPCR) and for the ACE 2 gene by PCR / RFLP, respectively. The ACE I / D genotype conferred an increased risk of developing DN (OR = 2.5 and p = 0.01), demonstrating that the D allele is responsible for the increase in circulating levels of angiotensin II (Ang II), leading to an increase of blood pressure, affecting the glomeruli and consequently causing glomerular damage. Regarding ACE 2, no association with the risk of DN was demonstrated. In patients with nephropathy, it was observed that the risk genotype (D / D) is associated with a tendency to increase glycated hemoglobin levels and decrease in systolic blood pressure levels. We conclude that the ACE gene polymorphism was relevant for the development of the clinical course of DN. Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq

A hemofilia A é um distúrbio hemorrágico ligado ao cromossomo X que atinge de 1-2 a cada 10.000 meninos nascidos vivos em todo mundo. Este distúrbio se caracteriza pela diminuição de Fator VIII circulante no plasma e é classificada de acordo com a atividade resultante desse fator em grave, moderada e leve. Sabe-se que há uma heterogeneidade de manifestações clínicas, sangramento e consumo de Fator VIII, entre indivíduos com a mesma classificação da hemofilia. Este estudo tem como objetivo investigar mutações e polimorfismos de proteínas da coagulação que poderiam influenciar na diversidade clínica dos pacientes com hemofilia moderada e grave e, ainda, determinar o potencial de geração de trombina dos mesmos. Foram incluídos no estudo 51 pacientes com hemofilia A moderada (n=13) e grave (n=38) atendidos na Fundação Hemominas e 37 doadores de sangues, como grupo controle. Foram realizados a análise dos dados clínicos dos pacientes, pesquisa de genótipos das mutações do Fator V Leiden (G1691A), da Protrombina (G20210A), polimorfismos do Fator VII (G10976A), da Proteína C (A-1641G e A-1476T) e Proteína S (A2148G), e teste de geração de trombina. Para verificar a influência das variantes genéticas, os pacientes foram distribuídos em dois grupos, baixo perfil hemorrágico e alto perfil hemorrágico, de acordo com o consumo do fator VIII, em U/kg/ano. Não foram encontradas diferenças nas frequências alélicas das variantes genéticas entre os dois grupos. A geração de trombina dos pacientes foi significativamente menor do que a dos controles, porém não houve diferença entre a geração de trombina dos dois grupos de pacientes, com relação ao perfil hemorrágico. Contrariamente, houve diferença significativa dos parâmetros de geração de trombina entre pacientes com tipo sanguíneo não-O e O. Conclui-se que a presença de variações genéticas nos genes das proteínas envolvidas na coagulação e anticoagulação natural e o potencial de geração de trombina não influenciaram manifestações hemorrágicas de pacientes com hemofilia A moderada e grave. Esse estudo foi realizado em um número limitado de amostras, portanto novos estudos devem ser feitos em uma amostragem mais robusta visando investigar fatores que contribuam para a variedade clínica dos pacientes com hemofilia A. Hemophilia A is an X-linked hemorrhagic disorder that affects 1-2 boys born alive worldwide. This disorder is characterized by the decrease of circulating Factor VIII in plasma and is classified according to the activity resulting from this factor in severe, moderate and mild. It is known that there is a heterogeneity of clinical manifestations, bleeding and consumption of Factor VIII, among individuals with the same classification of hemophilia. This study aims to investigate mutations and polymorphisms of coagulation proteins that could influence the clinical diversity of patients with moderate and severe haemophilia and to determine verify the thrombin generation potential of these patients. The study included 51 patients with moderate (n = 13) and severe (n = 38) haemophilia A attended at the Hemominas Foundation and 37 blood donors, as a control group. We have performed analysis of the clinical data of the patients, genotyping of the Factor V Leiden (G1691A), Prothrombin (G20210A), Factor VII (G10976A), Protein C (A-1641G and A-1476T) and of Protein S (A2148G), and thrombin generation test. To investigate the influence of the genetic variants, the patients were distributed in two groups, low and high hemorrhagic profiles, according to factor VIII consumption, in U / kg / year. No differences were found in the allelic frequencies of the genetic variants between the two groups. The thrombin generation of the patients was significantly lower than that of the controls, but there was no difference between the thrombin generation of the two groups of patients, in relation to the hemorrhagic profile. In contrast, there was a significant difference in thrombin generation parameters between patients with non-O and O blood types. It was concluded that the presence of genetic variations in the genes of the proteins involved in the coagulation and natural anticoagulation ,and the potential of thrombin generation did not influence hemorrhagic manifestations of patients with moderate and severe hemophilia A. This study was performed in a limited number of samples, therefore new studies should be done in a more robust sample to investigate factors that contribute to the clinical variety of patients with hemophilia A.

A prevalência da obesidade vem crescendo de forma expressiva no mundo todo, chegando a ser considerada, em muitos lugares, a maior epidemia de saúde pública e a principal causa de morte prematura. É definida como um acúmulo anormal ou excessivo de gordura que pode prejudicar a saúde. Inúmeros estudos têm avaliado genes e sua associação com a obesidade infantil. O gene FTO (fat mass and obesity associated) é um dos mais relacionados à obesidade, no qual sua superexpressão está relacionada ao aumento de peso nesta condição, podendo ser modulada por variantes genéticas. Este trabalho tem como objetivos investigar as frequências das variantes genéticas rs9940128, rs8050136, rs9939609 do gene FTO, em crianças com sobrepeso e obesidade e verificar associação destas e parâmetros como sexo, histórico de obesidade na família e atividade física com a obesidade infantil. Trata-se de um estudo do tipo caso-controle retrospectivo com 364 indivíduos, dos quais o grupo de estudo compreendeu 186 crianças e adolescentes entre 5 e 19 anos diagnosticadas com sobrepeso ou obesidade. Fizeram parte do grupo controle 178 adultos, os quais não tiveram sobrepeso ou obesidade na infância. Para a avaliação das variantes genéticas foi realizada a técnica de PCR em Tempo Real, PCR aleloespecífico e PCR-RFLP. Para comparar as distribuições das frequências alélicas e genotípicas entre os grupos e verificar se as distribuições genotípicas estavam em Equilíbrio de Hardy-Weinberg (EHW), foi utilizado o teste de Qui-Quadrado (2). Para a análise do modelo de herança e dos haplótipos, foi utilizado o programa SNPStats. O modelo de regressão logística múltipla foi utilizado para determinar o efeito das variáveis analisadas e o desenvolvimento de obesidade infantil, incluindo fatores sociodemográficos, sinais clínicos e dados moleculares. O nível de significância considerado foi de 5% (p≤ 0,05). A frequência do genótipo heterozigoto foi maior nos grupos estudados para as três variantes genéticas. Na análise de regressão logística, o parâmetro mãe com excesso de peso e presença do alelo A da variante genética rs9940128 foram estatisticamente significativos (0,0225 e 0,0439, respectivamente). Não foi encontrada associação das variantes genéticas rs9940128 G>A, rs8050136 A>C e rs9939609 A>T, dos haplótipos, modelos de herança mendeliana e os parâmetros estudados com a obesidade infantil, exceto para mãe com excesso de peso, o que pode conduzir a pesquisas acerca do papel da8 herdabilidade nesta doença e no monitoramento familiar de crianças que apresentam excesso de peso. The prevalence of obesity has been growing significantly worldwide, and has become, in many places, the largest public health epidemic and the leading cause of premature death. It is defined as an abnormal or excessive accumulation of fat that can be harmful to health. Many studies have evaluated genes and their association with childhood obesity. The FTO (fat mass and obesity associated) gene is one of the most related to obesity, in which its overexpression is related to weight gain in this condition, and can be modulated by genetic variants. This work aims to investigate the frequencies of genetic variants rs9940128, rs8050136, rs9939609 of FTO gene in overweight and obese children and to verify the association of these and parameters such as gender, history of obesity in family and physical activity with childhood obesity. It is a retrospective case-control study with 364 individuals, of which the study group comprised 186 children and adolescents between 5 and 19 years diagnosed as being overweight or obese. A total of 178 adults were included in the control group, who were not overweight or obese in childhood. For the evaluation of the genetic variants, real-time PCR technique, allele-specific PCR and PCR-RFLP were performed. To compare the distributions of allele and genotype frequencies between the groups and to verify if the genotypic distributions were in HardyWeinberg equilibrium (EHW), the Chi-Square test (2) was used. For the analysis of the inheritance model and the haplotypes, SNPStats program was used. The multiple logistic regression model was used to determine the effect of variables analyzed and the development of childhood obesity, including sociodemographic factors, clinical signs and molecular data. The significance level considered was 5% (p≤0.05). The frequency of the heterozygous genotype was higher in the studied groups for the three genetic variants. In the logistic regression analysis, the parameter mother with excess weight and presence of the allele A of the genetic variant rs9940128 were statistically significant (0.0225 and 0.0439, respectively). No association was found between the genetic variants rs9940128 G> A, rs8050136 A> C and rs9939609 A> T, haplotypes, mendelian inheritance models and the parameters studied with childhood obesity, except for overweight mothers, which may lead to research on the role of heritability in this disease and in the family monitoring of children who are overweight. Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico

Rabies is a fatal zoonotic disease caused by a neurotropic RNA virus part of the family Rhabdoviridae. The disease is characterized by encephalitic inflammation and is responsible for a number of annual fatal deaths of people and animals in the world. Chiropters such as insectivorous, frugivorous and hematophagous bats are the major transmitters, reservoirs, and vectors of the rabies virus. In Colombia, a total of thirty-five cases of human rabies occurred between 2000 2014. Of the thirty-five cases twenty-two were transmitted by bats. The genetic variant V3 (hematophagous bats) were responsible for 24 human deaths, while the genetic variant V4, carried by insectivorous bats, caused three human deaths. The disease is mainly linked to infected cats that may have hunted infected bats and then transmitted the virus to humans. Diagnosis is usually made by detection of the virus from infected animals and techniques such as RT-PCR, which might be used to promote active surveillance in bat populations. Rabies is a preventable disease and vaccination of pets confers protective immunity, however, vaccination coverage of pets in Colombia is still limited. This review article collects epidemiological data of rabies virus genetic variants associated with chiropters species that have been reported to transmit the virus in the world and emphasizes on rabies cases reported in Colombia during the last decades. Resumen La rabia es una enfermedad zoonóticas mortal causada por un virus ARN neurotrópico de la familia Rhabdoviridae. La enfermedad se caracteriza por encefalitis y es responsable de múltiples muertes anuales de personas y animales. Quirópteros insectívoros, frugívoros y hematófagos son los principales transmisores, reservorios y vectores del virus. En Colombia, un total de 35 casos de rabia humana fueron reportados entre 2000- 2014, veintidós de ellos fueron transmitidos por murciélagos. La variante genética V3 (murciélagos hematófagos) fue responsable de 24 muertes humanas, mientras que la variante genética V4 (murciélagos insectívoros) causó tres muertes humanas. La enfermedad es transmitida al humano principalmente por gatos infectados que pudieron haber cazado murciélagos infectados. El diagnóstico se realiza mediante la detección del virus en animales rabiosos y técnicas como RT-PCR podrían utilizarse para promover la vigilancia activa de las poblaciones de murciélagos. La rabia es una enfermedad prevenible y la vacunación en animales domésticos confiere inmunidad protectora, sin embargo, la cobertura de vacunación en animales domésticos en Colombia es aún limitada. Esta revisión recoge datos epidemiológicos de las variantes genéticas del virus en especies de quirópteros reportadas como transmisores del virus en el mundo y enfatiza en los casos de rabia reportados en Colombia durante las últimas décadas. Resumo A raiva é uma enfermidade zoonótica fatal causada pelo vírus neurotrópico do ARN da família Rhabdoviridae. A enfermidade é conhecida por encefalite e é responsável das numerosas mortes anuais de animais e pessoas. Quirópteros e insetívoros, frugívoros e sanguessugas são os principais transmissores, reservatórios e vetores do vírus. Na Colômbia o Instituto Nacional de Saúde relatou um total de 35 casos de raiva humana entre 2000- 2014. Vinte dois deles foram transmitidos pelos morcegos. A variante genética V3 (morcegos hematófagos) foi responsável de 24 mortes humanas. Enquanto a variante genética V4 (morcegos insetívoros) provoco três mortes humanas. A enfermidade está ligada principalmente á os gatos infectados que poderiam ter caçado morcegos infectados e, em seguida, transmitida a os seres humanos. Diagnóstico e normalmente feito a través da detecção do vírus em animais raivosos e técnicas tais como RT- PCR poderiam se utilizar para promover a vigilância ativa das populações de morcegos. A raiva é uma enfermidade evitável em animais domésticos cuja vacinação confere imunidade protetora, no entanto, a cobertura de vacinação em animais de estimação na Colômbia ainda é limitada, precisando de mais cobertura. Este artigo de revisão recolha dados epidemiológicos e variantes genéticas do vírus, e a diversidade de espécies de morcego reportado como transmissores do vírus no mundo. O manuscrito também resume os principais casos de raiva reportados na Colômbia nas últimas décadas e enfatiza a necessidade de reforçar a vigilância ativa para o diagnóstico de raiva em morcegos em todo o país.

A doença de von Willebrand (DVW) é o transtorno de sangramento hereditário mais comum, com prevalência sintomática da doença de 1:1.000 a 1:10.000 indivíduos. A DVW está associada a defeitos genéticos no gene do Fator von Willebrand (FVW), levando a deficiências quantitativas (tipos 1 e 3) ou qualitativas (tipo 2) do fator. O diagnóstico dos subtipos 2A, 2B, 2M e 2N pode ser difícil, uma vez que requer a realização de testes de coagulação específicos que não estão amplamente disponíveis em laboratórios de coagulação, particularmente em países em desenvolvimento. O objetivo deste estudo foi identificar variantes associadas à DVW do tipo 2, sequenciando os exons 17, 18, 20 e 28 do gene do FVW em uma coorte de pacientes clinicamente diagnosticados como do tipo 2 da doença. Os exons 17, 18, 20 e 28 do gene do FVW de 42 probandos foram sequenciados. Um total de 19 variantes foram identificadas em 34 probandos. A maioria das sequências variantes foram encontradas no exon 28 (84,2%). Variantes potencialmente patogênicas foram identificadas em 18 probandos (42,8%) com DVW do tipo 2. Foram encontradas 10 variantes potencialmente patogênicas e nove variantes potencialmente benignas na coorte estudada. Em conclusão, foram encontradas oito variantes potencialmente patogênicas em 13 probandos associados aos subtipos 2A, 2B e 2M e nove variantes potencialmente benignas. Uma boa resposta ao DDAVP foi observada em pacientes que apresentaram quatro variantes potencialmente patogênicas: Met740Ile, Arg1315Cys, Arg1374Cys e Arg1597Gln. von Willebrand disease (VWD) is the most common inherited bleeding disorder, with a prevalence of symptomatic patients of 1:1,000 to 1:10,000. VWD is associated with genetic defects in the von Willebrand factor (vWF) gene, leading to quantitative (types 1 and 3) or qualitative deficiencies (type 2) of the factor. Diagnosis of subtypes 2A, 2B, 2M and 2N can be difficult as it requires the performance of specific coagulation tests, which are not broadly available in coagulation laboratories, particularly in developing countries. The aiming of this study was to identify variants associated with type 2 VWD by sequencing the exons 17, 18, 20 and 28 of the VWF gene in a cohort of patients clinically diagnosed as type 2 VWD. Exons 17, 18, 20 and 28 from VWF gene of 42 probands were sequenced. A total of 19 variants were identified in 34 probands. Most of the sequence variants were found in exon 28 (84.2%). Potentially pathogenic variants were identified in 18 probands (42.8%) with type 2 VWD. In conclusion, 10 potentially pathogenic variants and nine potentially benign variants were found in this cohort. In conclusion, eight potentially pathogenic variants in 13 probands associated with subtypes 2A, 2B and 2M and nine potentially pathogenic variants were encountered. A good response to DDAVP was observed in patients who presented four potentially pathogenic variants: Met740Ile, Arg1315Cys, Arg1374Cys and Arg1597Gln.

Resumen FLJ42280 es un posible gen de susceptibilidad a la osteoporosis. Distintos estudios de GWAs han identificado 4 SNPs no-codificantes en este gen que se asocian a la densidad mineral ósea (DMO) y el riesgo de fractura. Para descubrir la causa de la asociación entre estos SNPs y la osteoporosis, se realizó una búsqueda de variantes genéticas mediante resecuenciación de 28 kb que contienen el gen, en una selección truncada de mujeres con DMO muy baja (n=50) o muy alta (n=50) de la cohorte BARCOS (Barcelona Cohorte Osteoporosis, cohorte de mujeres postmenopáusicas de Barcelona). Las variantes encontradas se filtraron y se analizó su frecuencia en cada grupo. Se analizó el solapamiento de las variantes con elementos funcionales del proyecto ENCODE y también se calculó el desequilibrio de ligamiento entre los SNPs de la región. Finalmente, se hizo un análisis de eQTL de los 4 SNPs no-codificantes respecto a los niveles de expresión de genes cercanos a FLJ42280 en linfoblastos. Se seleccionaron 110 variantes. Las diferencias de sus frecuencias entre los dos grupos estuvieron por debajo del poder estadístico del diseño experimental. Sin embargo, 3 variantes solaparon con posibles enhancers y una solapó con un enhancer activo en osteoblastos (rs4613908). Se observó un fuerte desequilibrio de ligamiento entre los 4 SNPs no-codificantes y el SNP rs4613908, que pertenecen a un bloque que abarca el gen casi por completo. Ninguno de los SNPs no-codificantes mostró asociación con los niveles de expresión de genes cercanos a FLJ42280. En conclusión, el SNP rs4613908 podría estar implicado funcionalmente en la determinación de la DMO. Serán necesarios experimentos concretos para confirmarlo. FLJ42280 es un posible gen de susceptibilidad a la osteoporosis. Distintos estudios de GWAs han identificado 4 SNPs no-codificantes en este gen que se asocian a la densidad mineral ósea (DMO) y el riesgo de fractura. Para descubrir la causa de la asociación entre estos SNPs y la osteoporosis, se realizó una búsqueda de variantes genéticas mediante resecuenciación de 28 kb que contienen el gen, en una selección truncada de mujeres con DMO muy baja (n=50) o muy alta (n=50) de la cohorte BARCOS (Barcelona Cohorte Osteoporosis, cohorte de mujeres postmenopáusicas de Barcelona). Las variantes encontradas se filtraron y se analizó su frecuencia en cada grupo. Se analizó el solapamiento de las variantes con elementos funcionales del proyecto ENCODE y también se calculó el desequilibrio de ligamiento entre los SNPs de la región. Finalmente, se hizo un análisis de eQTL de los 4 SNPs no-codificantes respecto a los niveles de expresión de genes cercanos a FLJ42280 en linfoblastos. Se seleccionaron 110 variantes. Las diferencias de sus frecuencias entre los dos grupos estuvieron por debajo del poder estadístico del diseño experimental. Sin embargo, 3 variantes solaparon con posibles enhancers y una solapó con un enhancer activo en osteoblastos (rs4613908). Se observó un fuerte desequilibrio de ligamiento entre los 4 SNPs no-codificantes y el SNP rs4613908, que pertenecen a un bloque que abarca el gen casi por completo. Ninguno de los SNPs no-codificantes mostró asociación con los niveles de expresión de genes cercanos a FLJ42280. En conclusión, el SNP rs4613908 podría estar implicado funcionalmente en la determinación de la DMO. Serán necesarios experimentos concretos para confirmarlo. Abstract FLJ42280 is a possible gene for susceptibility to osteoporosis. Different studies of GWAs have identified 4 non-coding SNPs in this gene associated with bone mineral density (BMD) and fracture risk. In order to ascertain the cause of the association between these SNPs and osteoporosis, we searched for genetic variants by resequencing the 28-kb gene, in a truncated selection of women with very low (n=50) or very high BMD (N=50) of the BARCOS cohort (Barcelona Cohort Osteoporosis, cohort of postmenopausal women in Barcelona). The variants found were filtered and their frequency analyzed in each group. The overlap of the variants with functional elements of the ENCODE project was calculated. Finally, an eQTL analysis of the 4 SNPs-coding was performed on the expression levels of FLJ42280 neighbor genes in lymphoblasts. In all, 110 variants were selected. The differences in their frequencies between the two groups were below the statistical power of the experimental design. However, three variants overlapped with possible enhancers and one overlapped with an active enhancer in osteoblasts (rs4613908). A strong linkage disequilibrium was observed between the 4 non-coding SNPs and the SNP rs4613908, which belong to a block spanning the gene almost completely. None of the non-coding SNPs showed association with the expression levels of FLJ42280 neighbor genes. In conclusion, the SNP rs4613908 could be involved functionally in determining BMD. Tangible experiments will be required to confirm this.

Resumen FLJ42280 es un posible gen de susceptibilidad a la osteoporosis. Distintos estudios de GWAs han identificado 4 SNPs no-codificantes en este gen que se asocian a la densidad mineral ósea (DMO) y el riesgo de fractura. Para descubrir la causa de la asociación entre estos SNPs y la osteoporosis, se realizó una búsqueda de variantes genéticas mediante resecuenciación de 28 kb que contienen el gen, en una selección truncada de mujeres con DMO muy baja (n=50) o muy alta (n=50) de la cohorte BARCOS (Barcelona Cohorte Osteoporosis, cohorte de mujeres postmenopáusicas de Barcelona). Las variantes encontradas se filtraron y se analizó su frecuencia en cada grupo. Se analizó el solapamiento de las variantes con elementos funcionales del proyecto ENCODE y también se calculó el desequilibrio de ligamiento entre los SNPs de la región. Finalmente, se hizo un análisis de eQTL de los 4 SNPs no-codificantes respecto a los niveles de expresión de genes cercanos a FLJ42280 en linfoblastos. Se seleccionaron 110 variantes. Las diferencias de sus frecuencias entre los dos grupos estuvieron por debajo del poder estadístico del diseño experimental. Sin embargo, 3 variantes solaparon con posibles enhancers y una solapó con un enhancer activo en osteoblastos (rs4613908). Se observó un fuerte desequilibrio de ligamiento entre los 4 SNPs no-codificantes y el SNP rs4613908, que pertenecen a un bloque que abarca el gen casi por completo. Ninguno de los SNPs no-codificantes mostró asociación con los niveles de expresión de genes cercanos a FLJ42280. En conclusión, el SNP rs4613908 podría estar implicado funcionalmente en la determinación de la DMO. Serán necesarios experimentos concretos para confirmarlo. FLJ42280 es un posible gen de susceptibilidad a la osteoporosis. Distintos estudios de GWAs han identificado 4 SNPs no-codificantes en este gen que se asocian a la densidad mineral ósea (DMO) y el riesgo de fractura. Para descubrir la causa de la asociación entre estos SNPs y la osteoporosis, se realizó una búsqueda de variantes genéticas mediante resecuenciación de 28 kb que contienen el gen, en una selección truncada de mujeres con DMO muy baja (n=50) o muy alta (n=50) de la cohorte BARCOS (Barcelona Cohorte Osteoporosis, cohorte de mujeres postmenopáusicas de Barcelona). Las variantes encontradas se filtraron y se analizó su frecuencia en cada grupo. Se analizó el solapamiento de las variantes con elementos funcionales del proyecto ENCODE y también se calculó el desequilibrio de ligamiento entre los SNPs de la región. Finalmente, se hizo un análisis de eQTL de los 4 SNPs no-codificantes respecto a los niveles de expresión de genes cercanos a FLJ42280 en linfoblastos. Se seleccionaron 110 variantes. Las diferencias de sus frecuencias entre los dos grupos estuvieron por debajo del poder estadístico del diseño experimental. Sin embargo, 3 variantes solaparon con posibles enhancers y una solapó con un enhancer activo en osteoblastos (rs4613908). Se observó un fuerte desequilibrio de ligamiento entre los 4 SNPs no-codificantes y el SNP rs4613908, que pertenecen a un bloque que abarca el gen casi por completo. Ninguno de los SNPs no-codificantes mostró asociación con los niveles de expresión de genes cercanos a FLJ42280. En conclusión, el SNP rs4613908 podría estar implicado funcionalmente en la determinación de la DMO. Serán necesarios experimentos concretos para confirmarlo.

Dissertação de Mestrado em Bioinformática, New sequencing technologies produce a huge amount of information that characterizes human genome sequence. Through several steps and appropriate software tools, variants present in the DNA can be uncovered. The study of these variants is crucial to understand the effects they have on phenotypic traits. Bioinformatics tools that predict the functional impact and disease susceptibility of such variants already exist. However, it has not yet been implemented a tool that aggregates that information and allows to select and manage the data in a user-friendly way. For this reason, the project first main goal is to annotate variants derived from next-generation sequencing (NGS) experiments, using data from multiple online databases. The second and most important aim is to classify these variants based on the collected data from the selected databases. To validate the implemented software Annotator, we have used it to re-analyze two independent VCF files, derived from the sequencing of two patients with a given disease/condition that have been previously analysed using a different and laborious pipeline. The comparison of the results obtained with the previous bioinformatics analysis with those produced using Annotator demonstrate that the Annotator is able to classify the variants based on diverse bioinformatics tools, and on evidence found in collected data from relevant databases, in particular Uniprot, OMIM, ClinVar, dbSNP and SNPedia. Moreover, Annotator derived analysis was faster than the previously used analysis, that was based on manual curation. In conclusion, we believe that the implemented software is a valid tool for a fast, accurate and efficient analysis of variants derived from sequencing experiments in a clinical context., Novas tecnologias de sequenciamento produzem uma grande quantidade de informação que caracteriza a sequência do genoma humano. Através de diversos passos e ferramentas de software apropriadas, as variantes presentes no DNA podem ser identificadas. O estudo dessas variantes é crucial para entender os seus efeitos. Ferramentas bioinformáticas que fazem a previsão do impacto funcional e da suscetibilidade de doenças de tais variantes, já existem. No entanto, ainda não foi implementado uma ferramenta que agrega essa informação e possibilite selecionar e manusear os dados. Por esta razão, o primeiro objetivo deste projeto é completar a anotação de variantes resultantes de sequenciamento de próxima geração (NGS) para isso utilizando dados de bases de dados online. O segundo e mais importante objetivo é classificar essas variantes com base nos dados recolhidos das bases de dados selecionadas. Para validar o software implementado, Annotator, nós utilizámo-lo para reanalisar dois ficheiros VCF distintos, resultantes da sequenciação de dois pacientes com determinada doença/condição que já tinham sido analisados por uma pipeline diferente. A comparação dos resultados obtidos pela análise anteriormente feita e dos resultados obtidos no Annotator, demonstra que o Annotator é capaz de classificar as variants com base em diversas ferramentas bioinformáticas e em evidências encontradas em bases de dados relevantes, em particular Uniprot, OMIM, ClinVar, dbSNP e SNPedia. Além disso, a análise resultante do Annotator foi mais rápida do que a análise anteriormente feita, que foi maioritariamente manual. Em conclusão, nós acreditamos que o software implementado é uma ferramenta válida para uma rápida, precisa e eficiente de classificação de variantes resultantes de sequenciação num contexto clínico.