Search

International audience; Gathering information on both individual movement and gene flow is rarely possible when studying dispersal among populations in fish species. It is, however, possible to assess both at a reasonable cost in Salmo trutta L. on the Atlantic coast of Europe where the facultative anadromous species is composed of discrete populations of brown trout residents occupying distinct river systems, but exchanging phenotypically distinguishable sea trout migrants. We performed two kinds of genetic analyses using individual microsatellite genotypes: the stock identification of sea trout entering each corridor and the estimates of effective dispersal through each corridor. We observed that individual movement (nonlocal individuals of each source population ranging from 4% to 35% of the sea trout run) never translates into effective dispersal except in one of four migratory corridors examined. The likely origin of this uniquely detected gene flow event is discussed in the light of well-documented migratory fish management actions undertaken in the past in the studied area.

International audience; Depuis les années 1970 sur les berges de la Bresle, de l'Oir, du Scorff et de la Nivelle, chercheurs et techniciens poursuivent une action scientifique sans équivalent en Europe au service de la connaissance, de la conservation et de la gestion des poissons migrateurs : le Saumon atlantique, la Truite de mer, l’Anguille européenne, les aloses et les lamproies. Fédérée sous l’enseigne de l’ORE DiaPFC (Observatoire de recherche en environnement sur les poissonsdiadromes dans les fleuves côtiers), cette aventure au long cours s’appuie sur une collecte de données systématique : année après année, les stations de contrôle implantées sur l’aval des cours d’eau permettent d’évaluer les effectifs de migrateurs qu’ils accueillent et d’étudier leurs rythmes de migration, en lien avec différentes variables environnementales ; des opérations de pêche électrique régulières renseignent sur la distribution des poissons dans ces rivières ; la constitution de banques d’échantillons biologiques, prélevés sur certains individus, ouvre des possibilités d’analyse complémentaire sur leur régimes alimentaires, leur histoire de vie, leur origine, etc.Cette collecte ininterrompue de données constitue la matière première de dizaines de projets de recherche partenariaux, apportant des éléments de compréhension inédits sur ces espèces, des subtilités de leur reproduction à leurs réponses aux pressions anthropiques. Elle a occasionné de nombreux développements méthodologiques et livre des éléments utiles à la bonne gestion des populations de migrateurs et des cours d’eau en général, bien au-delà des limites des quatre bassins qui constituent l’Observatoire. Cet ouvrage collectif, nourri d’échanges et d’entretiens avec plus de 50 chercheurs, techniciens et gestionnaires impliqués dans l’ORE DiaPFC, donne à voir les fruits de ces travaux. Destiné à un large public, il comporte cinq grandes parties qui proposent successivement : -une présentation générale de l’ORE DiaPFC, de son histoire, de ses installations et des espèces qui y sont étudiées ;-un inventaire de la « boîte à outils » de l’ORE DiaPFC, méthodes d’observation dont certaines ont été développéesou perfectionnées sur place ;-un ensemble de connaissances nouvelles en écologie aquatique issues des travaux menés à l’ORE DiaPF(du rôle des « mâles précoces » dans la reproduction du saumon à la spéciation des lamproies, du sexe des anguilles aux « bulls » d’aloses) ;-des exemples d’utilisation des travaux de l’ORE DiaPFC par les gestionnaires des milieux aquatiques ;-des éléments de conclusion et de perspectives.

Compte tenu de l'effort d'amélioration de la continuité écologique dans le bassin de la Seine, il s'avère important d'essayer de quantifier les conséquences de différents scenarios d'aménagements de l'estuaire pour les poissons estuariens et migrateurs. Dans ce contexte, le projet ANACONDHA s'intéresse à la connectivité fonctionnelle de l'estuaire de la Seine et à la capacité des différentes espèces de poissons d'y réaliser une partie ou l'ensemble de leur cycle de vie. Les objectifs sont (1) de tester une approche de modélisation géomatique de la connectivité fonctionnelle et (2) d'évaluer sa capacité à fournir une analyse cartographique des potentialités de préservation et de réhabilitation des habitats estuariens. Après un bilan bibliographique et une consultation de 15 experts comptant des chercheurs, des acteurs régionaux et des acteurs locaux, 6 espèces avec des cycles de vie contrastés et présentant des enjeux différents au sein de l'estuaire ont été sélectionnées comme candidates pour modéliser la connectivité fonctionnelle : le bar commun, la truite de mer, l'anguille européenne, le mulet porc, le flet et la brème commune. Considérant la disponibilité des données géomatiques, la liste des espèces candidates et les avis des experts en termes des priorités régionales, le choix a été fait de se concentrer dans les modélisations sur deux cas d'étude contrastés : 1) les migrations tidales des juvéniles du bar commun vers les nourriceries et les habitats de refuge au cours d'une marée et 2) les migrations des adultes de truite commune (forme rivière et mer) vers les frayères. Ces choix ont permis de tester l'approche de modélisation géomatique de la connectivité (outil ANAQUALAND) sur des cas qui impliquent des étendues spatiales (embouchure versus tout l'estuaire avec les affluents) et des échelles temporelles (un cycle de la marée versus une période de plusieurs mois) très différentes. Le travail réalisé offre une ouverture importante sur le sujet avec la possibilité d'aborder des questions concernant les traits biologiques des espèces en lien avec leur mobilité et de tester des hypothèses qui sont difficilement testables expérimentalement sur de grands milieux dynamiques comme l'estuaire de la Seine.

Compte tenu de l'effort d'amélioration de la continuité écologique dans le bassin de la Seine, il s'avère important d'essayer de quantifier les conséquences de différents scenarios d'aménagements de l'estuaire pour les poissons estuariens et migrateurs. Dans ce contexte, le projet ANACONDHA s'intéresse à la connectivité fonctionnelle de l'estuaire de la Seine et à la capacité des différentes espèces de poissons d'y réaliser une partie ou l'ensemble de leur cycle de vie. Les objectifs sont (1) de tester une approche de modélisation géomatique de la connectivité fonctionnelle et (2) d'évaluer sa capacité à fournir une analyse cartographique des potentialités de préservation et de réhabilitation des habitats estuariens. Après un bilan bibliographique et une consultation de 15 experts comptant des chercheurs, des acteurs régionaux et des acteurs locaux, 6 espèces avec des cycles de vie contrastés et présentant des enjeux différents au sein de l'estuaire ont été sélectionnées comme candidates pour modéliser la connectivité fonctionnelle : le bar commun, la truite de mer, l'anguille européenne, le mulet porc, le flet et la brème commune. Considérant la disponibilité des données géomatiques, la liste des espèces candidates et les avis des experts en termes des priorités régionales, le choix a été fait de se concentrer dans les modélisations sur deux cas d'étude contrastés : 1) les migrations tidales des juvéniles du bar commun vers les nourriceries et les habitats de refuge au cours d'une marée et 2) les migrations des adultes de truite commune (forme rivière et mer) vers les frayères. Ces choix ont permis de tester l'approche de modélisation géomatique de la connectivité (outil ANAQUALAND) sur des cas qui impliquent des étendues spatiales (embouchure versus tout l'estuaire avec les affluents) et des échelles temporelles (un cycle de la marée versus une période de plusieurs mois) très différentes. Le travail réalisé offre une ouverture importante sur le sujet avec la possibilité d'aborder des questions concernant les traits biologiques des espèces en lien avec leur mobilité et de tester des hypothèses qui sont difficilement testables expérimentalement sur de grands milieux dynamiques comme l'estuaire de la Seine.

Résumé; International audience; 0.81 0.95 0.93 0.89 0.84 0.93 0.70 0.13 0.93 0.74 0.05

La présente étude sur les populations de truites du fond du Golfe de Gascogne révèle une diversité génétique fortement structurée par l’architecture du réseau hydrographique. Cette structuration est entretenue par les truites de mer qui adoptent massivement un comportement de homing. Un flux de TRMs étrangères s’ajoute parfois aux flux de TRMs natives. En provenance des petits fleuves cantabriques ou basques espagnols, ce flux est important dans les Nives et la Nivelle et anecdotique au niveau des Gaves. Les gènes d’origine domestique sont peu présents chez les populations de truites sauvages et contribuent à part égale aux populations sédentaires et marines. Certaines truites du bassin de l’Adour, plus spécifiquement dans sa partie amont, sont génétiquement proches de celles de la Garonne, accréditant l’hypothèse d’un flux de truites entre la Garonne et l’Adour par le biais du canal de la Neste

Throughout an organism's early development, variations in physiology and behaviours may have long lasting consequences on individual life histories. While a large part of variation in critical life-history transitions remains unexplained, a significant proportion may be caused by early gender effects as part of gender-specific life histories shaped by sexual selection. In this study, we investigated the presence of early gender effects on the timing of emergence from gravel and the energetic status of brown trout ( Salmo trutta ) early stages. To investigate this question, individual measures of emergence timing, metabolic rate and energetic content were coupled for the first time with the use of a recent genetic marker for sdY (sexually dimorphic on the Y-chromosome), a master sex-determining gene. Our results show that gender does not influence the energetic content of emerging juveniles or their emergence timing. These findings suggest that gender differences may appear later throughout salmonid life history and that selective pressures associated with the critical period of emergence from gravel may shape early life-history traits similarly in both males and females.

L'évolution du poids du corps et du vitellus d'alevins de truite commune (Salmo trutta L.) est étudiée pendant les 91 jours qui suivent la fécondation. Les alevins sont élevés à une température moyenne de 8,8°C (écart 3,8°C-12,3°C). Ils sont, soit nourris dès l'ouverture de l'oesophage, soit gardés à jeun. Cette étude permet de montrer que la résorption du vitellus peut être décrite dès la fécondation à l'aide d'un modèle théorique qui tient compte du poids corporel des alevins gardés à jeun. Il n'existe pas de différence de résorption du vitellus entre les alevins nourris et ceux gardés à jeun. Avant la fin de la résorption du vitellus, les alevins nourris présentent un poids corporel significativement supérieur à ceux gardés à jeun. De ce fait, le nourrissage précoce serait recommandé pour diminuer la durée d'alevinage.

A genetic survey was carried out on recently emerging fry to investigate interbreeding between anadromous and freshwater resident brown trout in La Roche Brook, a major spawning tributary of the Oir River system (Normandy, France). Emerging fry were sampled at three different sites in spring 2002 and 2003. Stable isotope analysis (SIA) allowed the classification of each individual as the progeny of resident (N = 76) or anadromous (N = 58) female trout. Microsatellite DNA analysis showed that genetic diversity between fry samples can be explained by microgeographical (various sampling sites) and temporal (2 years of sampling) variations rather than maternal origin (anadromous vs. freshwater resident). We conclude that a high level of gene flow exists between the two morphs when anadromous adults have access to the spawning grounds of residents. We highlight the relevance of using SIA in conjunction with genetic analysis to study interactions between the two morphs.

Combined approaches of population genetics analyses and of ecology are used to study the relationship between sympatric anadromous and resident brown trout (Salmo trutta L.). The microsatellites analyses of populations from Norman rivers corresponding to various ecological contexts demonstrate the predominance of the spatial effect and, to a smaller extent, of the cohort effect on the form factor in the differentiation between samples of the same river and of different rivers. The level of genetic differentiation between anadromous and resident forms varies with the characteristics of the basin and of the population which may promote or decrease the gene flow. An absence of genetic differentiation between forms was established for the Touques and Oir populations that diverge from the hatchery strains. An ecological approach based on the analysis of stable isotopic ratio of carbon and nitrogen brought a piece of explication to this result. Effectively, the discrimination between the progeny of the two forms at the emergent stage by this tool reveals a large overlapping of the spawning grounds in a tributary of the Oir river and a variable contribution of the anadromous females to the recruitment. The genetic analysis of the fry indicates a significant gene flow between adults of the two forms on the spawning grounds. In contrast, the resident trout of the Bresle, Orne and heads of basin of the Oir river non accessible to the anadromous trout show significant divergences with anadromous trout. As the cases may be, this could be the result of either a spatial segregation between samples or the effect of stocking with domestic strains., Des approches combinées de génétique des populations et d’écologie visent à étudier les relations entre deux formes (anadrome et résidente) de la truite (Salmo trutta L.) cohabitant sur un bassin hydrographique. Les analyses microsatellites des populations de bassins normands correspondant à des contextes écologiques variés (Oir, Touques, Orne, Bresle) démontrent la prédominance de l’effet spatial et, dans une moindre mesure de l’effet cohorte, sur le facteur forme dans la différenciation entre échantillons d’un même bassin et entre bassins. Le niveau de divergence entre les formes varie selon les caractéristiques du bassin et de la population qui favorisent plus ou moins les flux de gènes. Une absence de divergence entre formes est établie pour les populations de la Touques et de l’Oir qui divergent des souches domestiques. Une approche écologique basée sur les isotopes stables du carbone et de l’azote a permis de donner des éléments d’explication à ce résultat. En effet, la discrimination de la progéniture des femelles des deux formes au stade alevin émergent par cet outil révèle un large chevauchement des sites de ponte sur un affluent de l’Oir et une contribution variable des femelles anadromes au recrutement. L’analyse génétique des alevins indique un flux de gènes significatif entre adultes des deux formes sur les sites de ponte. En revanche, les truites résidentes de la Bresle, de l’Orne et de têtes de bassin de l’Oir non accessibles aux anadromes présentent des divergences significatives avec les anadromes qui pourrait être, selon les cas, la conséquence d’un isolement spatial entre les échantillons ou de l’effet de déversements d’individus domestiques.

The use of genetic and stable isotopes analyses to discriminate between progeny of anadromous and feshwater resident brown trout (Salmo trutta). First International Sea Trout Symposium

Carbon and nitrogen stable isotope analysis was used to study the reproductive contributions of anadro- mous and freshwater resident female brown trout (Salmo trutta L.) in La Roche Brook (Normandy, France), where both forms live in sympatry. Sixty-nine emerging fry were sampled by electrofishing in three different loca- tions in the lower, middle and upper reaches of the stream, in March-April 2002. A collection of samples with known origin (brown trout eggs and fin tissues and benthic invertebrates) allowed classification of each emerg- ing fry as the progeny of freshwater resident (δ 13 C =− 26.0‰ ± 0.8 s.d.; δ 15 N = 12.5‰ ± 1.4 s.d.) or anadromous (δ 13 C =− 18.8‰ ± 0.6 s.d., δ 15 N = 14.8‰ ± 0.9 s.d.) female brown trout. It was then possible to estimate the relative contribution (33%) of anadromous females to the population of fry that emerged from redds in 2002 and to evaluate the extent to which freshwater and anadromous spawning grounds overlapped in the stream. Extra keywords: spawning migration, stable isotope ratios, 13 C: 12 C, 15 N: 14 N.

This technical report gives the characteristics of the estuarine professional fishing located in the lower course and at the mouth of Adour river during the fishing season 2000. The fishery statistics for all the migratory amphihaline species (excepted glass-eel) are recorded according to the calendar year. For the glass-eel landings, the statistics given are relative to the fishing season (November, 1, 1999-March, 31,2000). The 2000 fishing season is characterized by a medium level of landings around 50 metric tonnes, but a high turnover, the highest of the 1985-2000 series: 1.47 Meuros. An evaluation of the state of the main exploited species is given: Atlantic Salmon, Sea Trout, Allis Shad, Sea Lamprey and Eel (glass-eel and yellow eel). The catch characteristics are specified and catch trends for the main migratory species are described. Some considerations on the long-term evolution of fish populations and on the anthropogenic factors that could interfere on the fish dynamics are given., Ce rapport fait le point sur la pêche maritime professionnelle qui s'est déroulée dans l'estuaire de l'Adour durant la campagne de pêche 2000. Les statistiques prises en compte font référence à l'année civile pour les espèces autres que l'anguille (stade civelle). Pour cette dernière, les débarquements répertoriés dans ce rapport sont relatifs à la saison de pêche novembre 1999 - mars 2000. La campagne de pêche 2000 a été caractérisée par une production moyenne, aux alentours de 50 tonnes, mais par un excellent chiffre d'affaires : 1,47 Meuros (9,65 millions de francs). Un bilan par espèce est effectué. Il concerne les salmonidés migrateurs, la grande alose, la lamproie marine et l'anguille (stades civelle et subadulte). Les caractéristiques des captures sont précisées et «ne évolution des prises est donnée pour les quinze dernières années. Des remarques sur les tendances à long terme et sur les facteurs qui ont pu influer sur celles-ci sont effectuées en prenant en compte non seulement la pêche, mais aussi les autres activités humaines.

L'utilisation du rétrocalcul des tailles chez les poissons à partir des mensurations des écailles demande le respect de certaines conditions, tant au niveau de l'échantillonnage des individus étudiés et des zones de prélèvement des écailles, que de l'ajustement du modèle décrivant la longueur du corps-rayon de l'écaille, et de la méthode de rétromesure. Nous présentons ici un exemple pour une population de truite de mer des îles Kerguelen, TAAF. (Résumé d'auteur)

Les écailles provenant de truites de mer et de saumons adultes capturés essentiellement en Basse-Normandie et en Bretagne, sont caractérisées par leur taille, leur forme et leur structure fine. Pour un échantillon principal de 105 individus, on montre que 1-à taille de poisson (Lt) égale, la longueur (L), la largeur (l) et le rayon postérieur (L-R) des écailles sont plus grands chez le saumon; 2 - la forme des écailles est similaire pour les deux espèces (rapports 1/L équivalents) mais le saumon se distingue par un focus plus central; 3 - l'espace intercirculi et la croissance de l'écaille pendant la première année marine ainsi que la taille rétrocalculée à la fin de cette année sont plus grands chez le saumon. Des fonctions discriminantes bivariées permettent d'identifier les espèces dans 87,6% à 100% des cas sur les échantillons de base. Sur les mêmes échantillons, 85,7% à 100% des individus sont bien classés par des fonctions multivariées. La plupart des relations discriminantes sont validées par des échantillons tests. (Résumé d'auteur)

L'étude du comportement alimentaire d'une population de truites, Salmo trutta L., est abor-dée dans la rivière Estoräos, au nord du Portugal. L'étude des macroinvertébrés benthiques et en dérive montre une composition comparable à celle d'autres rivières européennes. La fréquence d'occurrence des organismes proies ingérés met en évidence la diversité du choix alimentaire, plus marquée chez les poissons 1+. Le comportement alimentaire opportuniste de l'espèce est confirmé. L'analyse en composantes principales révèle des similitudes entre le spectre trophique des deux groupes d'âge étudiés. Le comportement alimentaire ne semble pas responsable des faibles croissance et densité de cette population détruites.

Une technique d'identification externe du sexe chez le Saumon atlantique (Salmo salar) est proposée. Deux cent quatorze individus capturés en juillet et août 1986 dans cinq rivières québécoises et à un site en eau salée ont été étudiés. Pour l'ensemble de l'échantillon, le dimorphisme sexuel de la longueur relative de la mâchoire supérieure a permis une identification exacte du sexe dans 88% des cas., A technique to determine the sex of the Atlantic salmon (Salmo salar ) from external features is proposed. A total of 214 individuals caught in July and August 1986 in five rivers in Quebec and at a salt water location have been studied. Overall, the sexual dimorphism of the relative length of the upper jaw bone allowed us to sex the fishes with 88% success.

National audience