Affinity proteins are important reagents in research, diagnostics and therapeutic settings. The focus of this thesis has been on investigating different chemical and enzymatic strategies for engineering of affinity proteins to generate affinity reagents with improved or changed functionality. The modifications introduced in affibodies, representing a class of small, three-helix engineered scaffold proteins, and antibodies were selected and implemented through rational design, using a combination of solid phase peptide synthesis, genetic engineering and enzymatic conjugation, depending on the case. In a first study, thioether crosslinks were introduced between internally positioned lysines and cysteines of the human epidermal growth factor receptor (hEGFR)-targeting affibody ZEGFR:1907, to test the possibility to increase the proteolytic stability of the affibody scaffold. Three different variants of crosslinked affibodies were produced, containing one or two crosslinks. All three variants showed similar affinities to EFGR, and secondary structure contents, as the unmodified control protein. The crosslinked affibodies were challenged with the endopeptidases pepsin, found in the stomach, and trypsin and chymotrypsin, found in the gut. All affibodies showed improved stability towards at least one of the proteases, but the largest improvement was seen for the affibody harboring two crosslinks, which displayed the greatest stability in both assays. Improvement in proteolytic stability of affibodies was further explored. In another study a sortase A-catalyzed intramolecular head-to-tail conjugation of the dimeric human epidermal growth factor 2 (HER2)-targeting affibody (ZHER2:342)2 was performed. Analysis showed no change in α-helicity for the cyclic dimer compared to the linear control, and a slight increase in melting temperature. Interestingly, in contrast to the linear variant, the cyclic dimer showed no signs of proteolytic degradation after 60 min exposure, Affinitetsproteiner är viktiga reagenser inom forskning, diagnostik och i terapeutiska sammanhang. Fokus för denna avhandling har varit att undersöka olika kemiska och enzymatiska strategier för konstruktion av affinitetsproteiner för att generera affinitetsreagens med förbättrad eller förändrad funktionalitet. Modifieringarna som introducerades i affibody-molekyler (en typ av små, designade helix-proteiner) och i antikroppar valdes och implementerades med rationell design, genom en kombination av fastfas-peptidsyntes, gentekniska modifieringar och enzymatisk konjugering, beroende på situationen. I en första studie introducerades intramolekylära tioeter-korslänkar mellan lysiner och cysteiner i den human epidermal growth factor receptor (hEGFR)-bindande affibodyn ZEGFR:1907, för att testa möjligheten att öka affibody-strukturens proteolytiska stabilitet. Tre olika varianter av korslänkad affibody framställdes med antingen en eller två korslänkar. Alla tre varianterna visade liknande affinitet till EFGR och hade samma sekundärstrukturinnehåll som det omodifierade kontrollproteinet. I ett stabilitetstest utsattes de korslänkade affibody-molekylerna för endopeptidaserna pepsin som finns i magen, samt trypsin och kymotrypsin som finns i tarmen. Alla tre affibody-molekylerna visade förbättrad stabilitet gentemot åtminstone ett av proteaserna, men den största förbättringen observerades hos den affibody-molekyl som innehöll två tvärbindningar, som hade bäst stabilitet i båda testerna. Förbättring av proteolytisk stabilitet hos affibody-molekyler undersöktes ytterligare i en annan studie där sortas A-katalyserad intramolekylär ringslutningskonjugering av den dimeriska human epidermal growth factor receptor 2 (HER2)-bindande affibody-molekylen (ZHER2:342)2. Den cykliska dimeren uppvisade en liten ökning i smälttemperatur jämfört med den linjära dimeren samt oförändrad α-helicitet. Intressant nog visade den cykliska dimeren, i motsats till den linjära, inga tecken på proteoly, QC 2020-08-17