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Unusual movements of an animal can potentially represent a dispersal event. A higher frequency of young males dispersing is a pattern observed for most part of polygynous or promiscuous mammals with these dispersion events occurring, mainly, before or at the beginning of the breeding season. The water opossum (Chironectes minimus), the only marsupial adapted for semi-aquatic life, occurs from Mexico to Argentina and it has been mostly described as a sensitive species to river and riparian vegetation degradation, occurring exclusively near water curses. Here we describe the first record of long-distance movement of a water opossum not associated with riverine vegetation through dry land. We captured a healthy adult male of C. minimus in July 2012 beside of a highway (DF-001) located 1,100 m from nearest gallery forest in the Federal District. The region is characterized by urban and suburban residential, small fragments of typical savanna and degraded gallery forests. Our unique record could be an event of dispersion through degraded dry lands as observed for other semi-aquatic mammals and also suggests that this species is more resistant to anthropogenic disturbances than previously described. Also, information about dispersal patterns of water opossum is scarce and may contributes to a deeper understanding of ecological requirements of this species. Resumo: Deslocamentos incomuns realizados por um animal podem representar potencialmente um evento de dispersão. Grande parte dos mamíferos poligínicos ou promíscuos, apresentam uma maior frequência de machos jovens dispersando, e esses eventos ocorrem, principalmente, antes ou no início da estação reprodutiva. A cuíca d’água (Chironectes minimus), único marsupial adaptado à vida semiaquática, ocorre do México à Argentina. Tem sido descrito principalmente como uma espécie sensível à degradação de cursos d’água e matas ciliares, ocorrendo exclusivamente próximo aos cursos d’água. Desta forma, descrevemos aqui o primeiro registro do deslocamento de longa distância de uma cuíca d’água não associado à vegetação ribeirinha através de um ambiente seco. Capturamos um macho adulto saudável de C. minimus em julho de 2012 à margem de uma rodovia (DF-001) localizada a 1.100 m da mata de galeria mais próxima no Distrito Federal. A região é caracterizada por residências urbanas e suburbanas, pequenos fragmentos de cerrado sentido restrito e matas de galeria degradadas. Nosso registro singular pode ser um evento de dispersão através de ambientes secos antropizados, conforme observado para outros mamíferos semiaquáticos, o que, também, sugere que esta espécie é mais resistente a distúrbios antropogênicos do que descrito anteriormente. Além disso, as informações sobre os padrões de dispersão da cuíca d’água são escassas e podem contribuir para um entendimento mais profundo dos requisitos ecológicos desta espécie.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Zoologia, 2021. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). Os animais podem apresentar estratégias reprodutivas que permitem classificá-los em um gradiente que varia de espécies semélparas a espécies iteróparas. As espécies semélparas geralmente se reproduzem uma única vez e se encontram no extremo “rápido” desse gradiente, sendo normalmente organismos com menor longevidade e alta fecundidade. A semelparidade é uma estratégia evolutiva rara em vertebrados, porém ocorre em marsupiais das famílias Didelphidae (americanos) e Dasyuridae (australianos). Gracilinanus agilis, um marsupial didelfídeo, apresenta fortes evidências para existência da semelparidade, a partir de estimativas de sobrevivência pós-reprodutiva baseadas no método de captura-marcação- recaptura e em parâmetros fisiológicos. O presente estudo teve como objetivo avaliar a ocorrência da semelparidade em G. agilis através do uso de marcadores moleculares do tipo microssatélites em uma população existente em uma área de Cerrado do Distrito Federal. Para isso, isolamos e caracterizamos 15 locos de microssatélites para a espécie, usando sequenciamento de alto rendimento com a plataforma Illumina (capítulo 1). Destes, 12 foram efetivamente utilizados para realizar testes de parentesco genético e atribuição de paternidade/maternidade entre indivíduos ao longo de diferentes estações reprodutivas e, com isso, caracterizar a ocorrência da semelparidade em G. agilis (capítulo 2). Nossos resultados sugerem que os machos dessa população apresentam semelparidade obrigatória, podendo ocorrer exceções ao longo dos anos, enquanto que as fêmeas apresentam semelparidade parcial, com algumas podendo sobreviver e se reproduzir na próxima estação reprodutiva. A plasticidade na estratégia reprodutiva evidenciada em nosso trabalho e quando analisada em conjunto com os resultados de outros estudos, nos permite classificar G. agilis como uma espécie que apresenta semelparidade facultativa. Na semelparidade facultativa há uma variação nas taxas de sobrevivência/mortalidade ao longo dos anos em diferentes populações: em alguns anos e em algumas populações a morte total dos indivíduos pode ocorrer, assim como em outros uma pequena parcela dos indivíduos pode sobreviver e participar do próximo evento reprodutivo. As diferenças nos números de indivíduos que sobrevivem podem estar relacionadas com fatores como disponibilidade e abundância de alimento, qualidade dos habitats, sincronia na fertilidade dos indivíduos, além da seleção evolutiva, na qual influenciam o custo da reprodução em troca da sobrevivência e sucesso reprodutivo. Porém, estudos mais detalhados precisam ser feitos para entender as relações entre esses fatores e a mortalidade dos indivíduos. Nosso estudo é útil para preencher lacunas ainda existentes sobre a biologia reprodutiva da espécie e reforça a importância da realização de análises genéticas junto com estudos de dinâmica populacional e fisiologia para avaliar as estratégias reprodutivas em pequenos mamíferos. Animals may have reproductive strategies that allow us to classify them in a gradient that varies from semelparous species to iteroparous species. Semelparous species usually reproduce only once and are on the “fast” end of this gradient, and are normally organisms with less longevity and high fecundity. Semelparity is a rare evolutionary strategy in vertebrates, but it occurs in marsupials of the Didelphidae (American) and Dasyuridae (Australian) families. Gracilinanus agilis, a didelphid marsupial, shows strong evidence of the existence of semelparity, based on post-reproductive survival estimates determined using the capture-mark- recapture method and physiological parameters. The present study aimed to evaluate the occurrence of semelparity in this marsupial species through the use of microsatellite markers in an existing population in a Cerrado area of the Distrito Federal. For this, we isolated and characterized 15 microsatellite loci for species, using high-throughput sequencing with the Illumina platform (chapter 1). Of these, 12 were effectively used to carry out tests of genetic relatedness and attribution of paternity/maternity between individuals over different reproductive seasons and thus characterize the occurrence of semelparity in G. agilis (chapter 2). Our results suggest that males in this population have obligatory semelparity, with exceptions being possible over the years, while females have partial semelparity, with some being able to survive and reproduce in the next reproductive season. The plasticity in the reproductive strategy evidenced in our work and when analyzed together with the results of other studies, allows us to classify G. agilis as a species that presents facultative semelparity. In facultative semelparity there is a variation in survival/mortality rates over the years in different populations: in some years and in some populations the total death of individuals may occur, just as in others a small portion of individuals may survive and participate in the next reproductive event. Differences in the number of individuals that survive may be related to factors such as availability and abundance of food, habitat quality, synchrony in individual fertility, in addition to evolutionary selection, which influence the cost of reproduction in exchange for survival and reproductive success. However, more detailed studies need to be done to understand the relationships between these factors and individual mortality. Our study is useful to fill still existing gaps in the reproductive biology of the species and reinforces the importance of genetic analysis along with population dynamics and physiological studies to assess reproductive strategies in small mammals.

CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico A perda, a fragmentação e a degradação de áreas de vegetação nativa por atividades antrópicas têm sido a principal causa de perda de espécies. Entender como as espécies respondem aos impactos destes processos é crucial em uma abordagem conservacionista, especialmente porque as espécies respondem de maneiras diferentes às mudanças ambientais. Estas alterações têm potencial para afetar os processos fisiológicos e as condições nutricionais dos indivíduos e, consequentemente, seu desempenho. A condição nutricional de um indivíduo pode ser avaliada por índices de condição corporal, que permitem estimar suas reservas de energia que, por sua vez, estão correlacionadas com parâmetros ecológicos como reprodução, mortalidade, vulnerabilidade a doenças e à predação. Dentro deste contexto, investiguei os efeitos da perda de área e da qualidade do habitat, da estação climática e do sexo sobre a condição corporal (calculada pelo índice de massa escalonada) de duas espécies de pequenos mamíferos arborícolas em fragmentos de floresta estacional semidecidual no Cerrado (Gracilinanus agilis e Rhipidomys sp). Era esperado que a perda e a redução da qualidade do habitat afetassem negativamente a condição corporal das espécies e que este efeito variasse com a estação climática e com o sexo dos indivíduos. Contudo, a perda de habitat não afetou a condição corporal das espécies, enquanto a qualidade teve efeito negativo sobre a condição corporal de Rhipidomys sp. quando considerada a estrutura do habitat, porém sem efeito da produtividade primária (estimada pelo índice de vegetação por diferença normalizada - NDVI). Por outro lado, G. agilis teve sua condição corporal negativamente relacionada com a variação temporal do NDVI, porém variou de forma independente das alterações ambientais. A estação climática não exerceu influência sobre a condição corporal das espécies e apenas G. agilis apresentou efeito do sexo sobre a condição, com machos apresentando condição corporal superior à das fêmeas. A condição corporal de Rhipidomys sp. foi maior nos fragmentos perturbados e de menor área, que podem apresentar maior abundância de recursos como frutos e artrópodes por estarem em estágios iniciais de regeneração. Por outro lado, a condição corporal de G. agilis parece ser determinada por seu padrão de crescimento e pela ausência de sobreposição de gerações, que ocorre em função de sua semelparidade. Portanto, as respostas às alterações ambientais são espécie-específicas, o que torna importante considerar estudos com espécies com diferentes atributos funcionais e realizar monitoramentos de longo prazo, além de incluir outros parâmetros de saúde e desempenho individual para avaliar a capacidade de persistência das espécies em fragmentos florestais no Cerrado. The loss, fragmentation and degradation of native vegetation areas by human activities have been the main cause of species loss. Understanding how species respond to the impacts of these processes is crucial in a conservation approach, especially as species respond differently to environmental changes. These changes have the potential to affect the physiological processes and nutritional conditions of individuals and, consequently, their fitness. The nutritional status of an individual can be assessed by body condition indices, which allow estimating their energy reserves, which, in turn, are correlated with ecological parameters such as reproduction, mortality, vulnerability to disease and predation. Within this context, I investigated the effects of habitat loss, habitat quality, climatic season and sex on body condition (calculated by the scaled mass index) of two species of small arboreal mammals in fragments of semideciduous forest in the Cerrado (Gracilinanus agilis and Rhipidomys sp.). It was expected that the loss and reduction of habitat quality would negatively affect the body condition of the species and that this effect would vary with the climatic season and with the sex of the individuals. However, habitat loss did not affect the body condition of the species, while quality had a negative effect on the body condition of Rhipidomys sp. when considering the habitat structure, but without the effect of primary productivity (estimated by the normalized difference vegetation index - NDVI). On the other hand, G. agilis had its body condition negatively related to the temporal variation of the NDVI, but it varied independently of environmental changes. The climatic season had no influence on the body condition of the species and sex only had an effect on the condition of G. agilis, with males showing better body condition than females. The body condition of Rhipidomys sp. was higher in the smaller and disturbed fragments, that can present greater abundance of resources such as fruits and arthropods because they are in the initial stages of regeneration. On the other hand, the body condition of G. agilis seems to be determined by its growth pattern and by the absence of generational overlap, which occurs due to its semelparity. Therefore, responses to environmental changes are species-specific, which makes it important to consider studies with species with different functional attributes and carry out long-term monitoring, in addition to including other health and individual performance parameters to assess the persistence capacity of species in forest fragments in the Cerrado. Dissertação (Mestrado)

Orientador: Eleonore Zulnara Freire Setz Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: Os organismos respondem à variação encontrada no habitat e tomam decisões que levam em consideração a relação entre os benefícios e os riscos associados as suas atividades. As escolhas são um resultado da quantidade e qualidade de recursos e de riscos relacionados a predação e a competição. Além da influência da estrutura do habitat, o uso e a seleção de espaço são dependentes de escala. No presente trabalho, buscamos investigar, em diferentes escalas, a influência da estrutura da vegetação no uso e na seleção de habitat por pequenos mamíferos terrestres. Em macroescala, analisamos a comunidade e populações de pequenos mamíferos em duas diferentes fisionomias da Mata Atlântica presentes na Reserva Biológica da Serra do Japi, Jundiaí-SP, Brasil. Em mesoescala e microescala, buscamos investigar se existem diferenças na seleção e no uso de espaço entre quatro espécies de roedores sigmodontíneos. São eles: Akodon montensis, Brucepattersonius soricinus, Delomys sublineatus e Oligoryzomys nigripes. Também investigamos o efeito de fatores climáticos na macroescala e das estações seca e chuvosa nas demais escalas. Por último, também em microescala, pesquisamos o comportamento das espécies ao utilizar o espaço e os padrões de deslocamento, assim como o efeito das estações nessas atividades. Como resultado, não identificamos diferenças estatísticas entre as duas fisionomias florestais (macroescala). A riqueza, abundância total e diversidade são semelhantes entre elas, apesar das diferenças estruturais destas áreas. Também não encontramos correlação das abundâncias com a precipitação e temperatura. Ao analisar a seleção de variáveis estruturais, verificamos que em diferentes escalas, diferentes variáveis são selecionadas por A. montensis e B. soricinus. No entanto, não encontramos diferenças entre as quatro espécies analisadas em ambas as escalas, nem quando levamos as estações em consideração. A estação seca e a deciduidade local influenciam A. montensis e O. nigripes de maneira semelhante. Nesta época o dossel perde parte das folhas e ambas as espécies buscaram também áreas mais densas em relação a vegetação, além das com dossel mais fechado. Detectamos uma maior variação individual de ambas as espécies no uso das características estruturais na estação seca. A diferença no uso de espaço entre as espécies foi detectada quando analisamos características ao longo do carretel de linha que descrevem o comportamento e o padrão de deslocamento. Por exemplo, O. nigripes movimentou-se mais verticalmente, atingindo áreas mais altas enquanto A. montensis se locomoveu mais sob a vegetação com altura de até 1,5m e B. soricinus mais sob a serrapilheira. A nível comportamental e de microhabitat não encontramos o efeito das estações nas espécies. Nosso estudo reforça a importância da análise em mais de uma escala, assim como a importância da análise do efeito das estações em florestas semidecíduas no uso e na seleção de habitat por pequenos mamíferos. Abstract: Organisms respond to habitat variation and make decisions that consider the relationship between the benefits and the risks associated with their activities. Their choices are a result of the quantity and quality of resources and the risks of predation and competition. Besides the influence of habitat structure, use and habitat selection are scale dependent. In the present research, we investigate, at different scales, the influence of habitat structure, mainly vegetation and associated variables, on the use and habitat selection by small terrestrial mammals. On macroscale, we analyzed the community and populations of small mammals in two different Atlantic Forest physiognomies of Biological Reserve of Serra do Japi, Jundiaí-SP, Brazil. At mesoscale and microscale, we sought to investigate whether there are differences in use and selection of space between four rodent species (Akodon montensis, Brucepattersonius soricinus, Delomys sublineatus and Oligoryzomys nigripes). We also investigated the effect of climatic factors at macroscale and rainy and dry seasons on the other scales. And finally, we studied the behavior of species when using space and their movement patterns, as well as the effect of dry and rainy seasons on these activities. As a result, we did not find statistical differences between the two forest physiognomies (macro-scale). Richness, total abundance and diversity are similar, despite the structural differences in these areas. We also found no correlation between abundances and precipitation and temperature. The species do not respond to changes in vegetation structure in macroscale. Analyzing the selection of structural variables, we found that at different scales, different variables are selected by A. montensis and B. soricinus. However, it was not possible to separate the use and the habitat selection between the four species analyzed in both scales, even when taking the seasons into consideration. The dry season and local deciduousness influence A. montensis and O. nigripes in the same way. At this season, the canopy loses part of its leaves and both species explored denser vegetation areas, in addition to those with a more closed canopy. We detected a greater individual variation of both species in the use of the investigated structural characteristics at dry season. The difference in the use of space between species was detected when we analyzed characteristics along the spool and line that describe their behavior and habit. For example, O. nigripes moved more vertically, reaching higher areas while A. montensis moved further below the underbrush and B. soricinus under litter. At the behavioral and microhabitat level, we did not find the effect of seasons on species. Our study reinforces the importance of analysis on more than one scale, as well as the importance of analyzing the effect of seasons in semideciduous forests on habitat use and selection by small mammals. Doutorado Ecologia Doutora em Ecologia CAPES 88882.329263/2019-01

The implementation of water developments for wildlife is a common management practice in regions with seasonal water shortages. The water developments are installed to benefit species of human interest, nevertheless, they can be used by other species. In this note we report observations of small rodents visiting the water developments in a locality in the Tehuacán-Cuicatlán Biosphere Reserve. The water developments were monitored using 12 camera traps during the 2018 dry season in the locality of San Gabriel Casa Blanca, Oaxaca. We calculate the visit rate of rodents and compared it between two types of water developments. We observe 154 visits of rodents of at least four genera: Peromyscus, Liomys, Sigmodon and Dipodomys. The mean visit rate for both types of water developments was 18.8 ± 37.7 visits/100 days. We don´t find significant differences in the visits among the water development types. Using camera-traps we demonstrate the visits and use of water developments by some species of cricetids. Likewise, we suggest that the lack of ramps or concave walls in the troughs represents a risk for small species. Other studies are necessary to evaluate the effect of the water developments on the biomass, survival, abundance of rodents in dry forests., La implementación de bebederos artificiales para fauna silvestre es una práctica de manejo común en regiones con escasez estacional de agua. Los bebederos se instalan para beneficiar a especies de interés humano, sin embargo, éstas pueden ser usadas por otras especies. En esta nota reportamos observaciones de pequeños roedores visitando los bebederos en una localidad en la Reserva de Biosfera Tehuacán-Cuicatlán. Se monitorearon los bebederos empleando 12 cámaras-trampa durante la temporada seca de 2018 en la localidad de San Gabriel Casa Blanca, Oaxaca. Se calculó la tasa de visita de roedores y se comparó entre dos tipos de bebederos. Se registraron 154 visitas de roedores de al menos cuatro géneros: Peromyscus, Liomys, Sigmodon y Dipodomys. La tasa de visita promedio en ambos tipos de bebederos fue de 18.8 ± 37.7 visitas/100 días. No se encontraron diferencias significativas en las visitas por tipo de bebedero. Empleando cámaras-trampa evidenciamos las visitas y uso de bebederos por algunas especies de cricétidos. Se sugiere que la falta de rampas o paredes cóncavas en los bebederos representa un riesgo para especies pequeñas. Son necesarios otros estudios para evaluar el posible efecto de los bebederos sobre la biomasa, supervivencia y abundancia de roedores en bosques secos.

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Hemoplasmas são bactérias epicelulares, não cultiváveis, sem parede celular, e que se ligam à superfície dos glóbulos vermelhos de mamíferos. Por outro lado, Bartonella spp. são bactérias Gram-negativas que infectam principalmente eritrócitos e células endoteliais de várias espécies de mamíferos. Com o objetivo de avaliar a ocorrência e a diversidade genética desses grupos bacterianos, pequenos mamíferos e seus ectoparasitos foram amostrados em Campo Grande, Mato Grosso do Sul (MS) e Três Barras, Santa Catarina (SC), Brasil. Além disso, ruminantes e ectoparasitas associados foram amostrados em Campo Grande, MS, e Passos, Minas Gerais (MG), Brasil. Por fim, amostras de sangue de búfalos selvagens submetidos a um processo de translocação entre dois locais em Moçambique, África, também foram analisadas. Ensaios de PCR convencional, em tempo real quantitativo com sonda de hidrólise e com intercalante de DNA seguido de dissociação em alta resolução, análises filogenéticas – Máxima verossimilhança, Neighbor-joining e Inferência Bayesiana – e de bioinformática – Neighbor-Net e Templeton Crandall e Sing (TSC) network, foram utilizados para avaliar a ocorrência e diversidade genética de espécies de hemoplasmas e Bartonella spp. O presente estudo mostrou que 31,4% (33/105) dos pequenos mamíferos (sete [50%] capivaras; 14 [32,5%] gambás; 12 [30,7%] ratos) e 4,3% (5/116) dos ectoparasitas (três [2,6%] Amblyomma spp.; dois [1,7%] Polypax spinulosa) amostrados em Campo Grande foram positivos para hemoplasmas baseado no gene 16S rRNA. As análises filogenéticas e de distância mostraram que os hemoplasmas identificados parecem ser espécie-específicos. Em contraste, nenhum dos roedores e marsupiais, assim como seus ectoparasitas, mostraram-se positivos para Bartonella sp. nos ensaios moleculares e/ou na cultura. Por outro lado, ensaios moleculares dirigidos para os genes nuoG e 16S e para região ITS mostraram a presença de DNA de Bartonella coopersplainsensis em dois (3,6%) dos 55 Rattus rattus amostrados em Três Barras, SC. Este é o primeiro relato de B. coopersplainsensis na América do Sul. Além disso, DNA de Bartonella bovis foi encontrado em 21 das 75 (28%) amostras de sangue de bovinos e em 13 dos 126 (10,3%) carrapatos (Rhipicephalus microplus) coletados em Campo Grande. Da mesma forma, um (1%) dos 101 búfalos e quatro (4,2%) das 95 amostras de piolhos (Haematopinus tuberculatus) obtidas em Passos, MG, foram positivas para Bartonella spp. Enquanto o DNA de B. bovis foi identificado em uma amostra de sangue de búfalo, o DNA da espécie de Bartonella sp. amplificado nos piolhos foi geneticamente relacionado à Bartonella sp. previamente detectada em Haematopinus quadripertusus em Israel. Em contraste com as sequências idênticas detectadas nos piolhos, vários genótipos de B. bovis foram identificados dentre as amostras de sangue de bovinos. Por fim, entre os 97 búfalos africanos, DNA de Bartonella spp. e hemoplasmas foi detectado em 4,1% e 15,4% dos animais, respectivamente. A análise pelo BLAST mostrou a ocorrência de três agentes associados a bovinos: Bartonella bovis, Mycoplasma wenyonii e 'Candidatus M. haemobos'. Tais achados contribuem para o entendimento sobre a distribuição e diversidade genética de hemoplasmas e Bartonella spp. que circulam em roedores, gambás, bovinos, búfalos e ectoparasitos no Brasil e Moçambique. Hemoplasmas and Bartonella spp. comprise two important and widely distributed bacterial groups that can infect humans and animals. While hemoplasmas are cell wall-less uncultivated epicellular bacteria that attach to mammals red blood cells’ surface, Bartonella is a successful group of Gram-negative bacteria that infect mainly erythrocytes and endothelial cells from a wide range of mammals. Aiming to assess the occurrence and the genetic diversity of these bacterial groups, small mammals and associated ectoparasites were trapped in Campo Grande, Mato Grosso do Sul (MS) and Três Barras, Santa Catarina (SC), Brazil. Also, large ruminants and associated ectoparasites were sampled in Campo Grande, MS, and Passos, Minas Gerais (MG), Brazil. Finally, blood samples from wild buffaloes submitted to a translocation process between two sites in Mozambique, Africa, were also analyzed. PCR assays, namely conventional, realtime quantitative using hydrolysis probe and DNA intercalant followed by High Resolution Melt, phylogenetic analyses – Maximum likelihood, Neighbor-joining and Bayesian inference – and bioinformatics – Neighbor-Net and Templeton Crandall and Sing (TSC) network – approaches were used to assess the occurrence and the genetic diversity of these bacterial species. The present study showed that 31.4% (33/105) small mammals (seven [50%] capybaras; 14 [32.5%] opossums; 12 [30.7%] rats) and 4.3% (5/116) ectoparasites (three [2.6%] Amblyomma spp.; two [1.7%] Polypax spinulosa) sampled in Campo Grande were positive for hemoplasmas targeting the 16S rRNA gene. The phylogenetic and distance analyses of showed that the amplified hemoplasmas DNA seem to be quite species-specific regarding mammalian hosts. In contrast, none of these small mammals and ectoparasites showed positivity for Bartonella sp. based on molecular assays and/or in the culture. On the other hand, Bartonella coopersplainsensis nuoG and 16S gene and as well as the ITS region were amplified in two (3.6%) out of 55 Rattus rattus sampled in Três Barras, SC. This is the first report of this rat-associated Bartonella species in South America. Also, Bartonella bovis DNA was found in 21 of 75 (28%) cattle blood samples and 13 of 126 (10.3%) associated ticks (Rhipicephalus microplus) collected in Campo Grande. Likewise, one (1%) out of 101 buffaloes and four (4.2%) of 95 lice (Haematopinus tuberculatus) DNA samples obtained in Passos, MG, were positive for Bartonella spp. While B. bovis was identified in a buffalo blood sample, the Bartonella sp. amplified in lice was closely related to a Bartonella sp. previously found in cattle-lice from Israel. In contrast to identical sequences detected in lice, several B. bovis genotypes were found in the cattle blood samples DNA. Lastly, among the 97 wild African buffaloes, Bartonella spp. and hemoplasmas DNA were detected in 4.1% and 15.4% of the animals, respectively. The BLASTn analysis disclosed at least three bovine associated pathogens, namely B. bovis, Mycoplasma wenyonii and ‘Candidatus M. haemobos’. These findings shed light on the distribution and genetic diversity of hemoplasmas and Bartonella spp. circulating in rodents, opossums, cattle, buffaloes and associated ectoparasites in Brazil and Mozambique. FAPESP 2018/02753-0

En la región de Cuyo, la ganadería es la principal actividad productiva de secano y mostró un marcado aumento en los últimos 30 años. La pérdida de la biodiversidad asociada a la degradación por sobrepastoreo merece especial atención por sus consecuencias sobre el funcionamiento del ecosistema. En el desierto del monte central, el pastoreo continuo es la práctica dominante para la producción bovina extensiva. Como alternativa, en el campo experimental El Divisadero (Mendoza) se implementó una estrategia de pastoreo rotativo que implica acomodar los tiempos de descanso de los potreros en base a la disponibilidad de forraje en las pasturas. Se presenta una revisión donde sintetizamos e integramos resultados ya publicados que analizaron la respuesta de la biodiversidad y la dinámica del ecosistema a la intensidad de pastoreo (estimado como la distancia a la aguada) en condiciones de pastoreo rotativo y continuo en el desierto del monte central, y su interacción con factores ambientales, evaluado en El Divisadero. Nuestra revisión permite concluir que: a) en general, la diversidad de plantas, hormigas y pequeños mamíferos varía dentro de cada estrategia de manejo según la intensidad de pastoreo; y b) bajo pastoreo rotativo, los efectos negativos del aumento en la intensidad de pastoreo sobre la diversidad son menores que bajo pastoreo continuo. Lo mismo ocurre con la funcionalidad del ecosistema, con un menor impacto sobre la tasa de descomposición y menor ocurrencia de umbrales de degradación bajo pastoreo rotativo. Se propone que los tiempos de descanso, acoplados con períodos de mayor precipitación, pueden ser herramientas para el manejo sustentable y la restauración de este ecosistema In Cuyo region, livestock production is the main rainfed activity, and it has experienced a marked increase in the last 30 years. The loss of biodiversity associated with degradation due to overgrazing deserves special attention because of its consequences on ecosystem functioning. Continuous grazing is the dominant strategy for extensive cattle production in the Monte Central region. As an alternative, rotational grazing implies managing the resting times of paddocks based on the availability of pastures. In this review, we synthesized and integrated the results of publications that analyzed the effect of grazing intensity (estimated as the distance to the water) on biodiversity and ecosystem dynamics of the of the Monte desert (Mendoza, Argentina) under rotational and continuous grazing strategies, and its interaction with environmental conditions. Our review allows us to conclude that: a) in general, the diversity of plants, ants and small mammals vary according to grazing intensity at both grazing management strategies; and b) under rotational grazing, the negative effects of the increase in grazing intensity on diversity are lower compared to continuous grazing conditions. In the same vein, the functionality of the ecosystem was less affected at rotational grazing, as shown by the lower impact on the decomposition rates and less occurrence of degradation thresholds. It is proposed that resting times, coupled with periods of higher precipitation, can be tools for sustainable management and restoration of this ecosystem. Fil: Chillo, María Verónica. Universidad Nacional de Río Negro. Sede Andina. Instituto de Investigaciones en Recursos Naturales, Agroecología y Desarrollo Rural; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte; Argentina Fil: Ojeda, Ricardo Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto Argentino de Investigaciones de las Zonas Áridas. Provincia de Mendoza. Instituto Argentino de Investigaciones de las Zonas Áridas. Universidad Nacional de Cuyo. Instituto Argentino de Investigaciones de las Zonas Áridas; Argentina

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Ecologia, 2020. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) Uma das questões centrais da ecologia é determinar os efeitos da disponibilidade de recursos alimentares para populações de animais. Eu investiguei as respostas do roedor neotropical Rhipidomys macrurus a variações na disponibilidade de recursos alimentares através de um experimento de suplementação alimentar em campo durante 7 anos (2009-2016) no Cerrado (savana neotropical), no Brasil central, em duas áreas distintas de cerradão. Em uma dessas áreas, foram ofertados recursos alimentares (ração comercial para gatos moída) continuamente de junho de 2014 até dezembro de 2016. Meus resultados não mostraram um aumento na densidade populacional de R. macrurus em resposta a suplementação alimentar, mas as fêmeas desta espécie responderam à adição de alimento reduzindo a sua área de uso. Por outro lado, eu encontrei uma maior proporção de machos reprodutivos durante a suplementação alimentar, mas o mesmo não ocorreu para fêmeas. Essas diferenças provavelmente estão relacionadas com o sistema de acasalamento promíscuo desta espécie, em que a área de uso de fêmeas é determinada pela disponibilidade de recursos, e a área de uso de machos é determinada pela distribuição das fêmeas. Além disso, eu encontrei, em uma das áreas de estudo, uma densidade populacional de R. macrurus naturalmente mais alta. Somente nesta área, eu verifiquei uma piora na condição corporal dos indivíduos e uma menor proporção de fêmeas reprodutivas durante a estação seca, em comparação à estação chuvosa. Esses padrões provavelmente estão relacionados com algumas diferenças intrínsecas entre ambas as populações, como um alto nível de competição por recursos alimentares entre os indivíduos durante a estação seca na área com alta densidade. One of the central questions in ecology is about determining the effects of food resource availability for animal populations. I investigated the responses of the neotropical rodent Rhipidomys macrurus to variations of food resource availability through a food supplementation experiment in the field, conducted during 7-year (2009-2016) in the Cerrado ecoregion (neotropical savanna) in central Brazil, in two distinct sites of cerradão (cerrado woodland). In one of these sites, food supplementation (milled commercial cat food) was provided continuously from June 2014 to December 2016. My results did not show an increase in population density of R. macrurus in response of food supplementation, but only females responded to the food addition by reducing their home range size. On the other hand, I found a higher proportion of reproductive males during food supplementation, but not of females. These differences are probably related to a promiscuous mating system of this species, in which female home ranges are determined by resource availability and male home ranges are determined by female distribution. Moreover, in one of my study sites, I found a naturally higher R. macrurus population density, and only in this site I found a deterioration of the body condition of individuals and a lower proportion of reproductive females during the dry season, in comparison to the rainy season. These patterns are probably related to some intrinsic differences between both populations, such as a high level of competition among individuals for food resources during the dry season in the high-density site.

Small mammals play an essential role in the transmission and maintenance cycles of Borrelia spirochetes. In Chile, recent studies have characterized novel Borrelia genotypes in ticks collected from small mammals, a fact that suggests these vertebrates are hosts for spirochetes from this genus. Considering this evidence, the goal of this study was to determine the presence of Borrelia DNA in small mammals inhabiting northern Chile. In winter of 2018, 58 small mammals were captured in five localities. Blood samples were collected from rodents and DNA was extracted to determine the presence of Borrelia DNA by PCR targeting the flaB gene and rrs–rrlA intergenic spacer (IGS). From three individuals (5%), belonging to two rodent species of Cricetidae family (Phyllotis xanthopygus and Oligoryzomys longicaudatus), we retrieved three flaB and two IGS Borrelia genotypes. Phylogenetic analyses performed with both Maximum Likelihood and Bayesian inferences showed that our sequences grouped with homologous genotypes from the relapsing fever and Lyme borreliosis groups. Our findings suggest that P. xanthopygus and O. longicaudatus rodents may play a role as reservoirs for borrelial spirochetes in Chile. Resumo Pequenos mamíferos possuem um papel essencial na transmissão e manutenção de espiroquetas do gênero Borrelia. No Chile, estudos recentes têm descrito novos genótipos de Borrelia em carrapatos, parasitando pequenos mamíferos. Isso sugere que esses vertebrados podem atuar como possíveis reservatórios dessas espiroquetas. Considerando-se essa evidência, o objetivo deste estudo foi determinar a presença de DNA de Borrelia em pequenos mamíferos da região norte do Chile. Durante o inverno de 2018, 58 pequenos mamíferos foram capturados em cinco localidades. Amostras de sangue obtidas a partir dos indivíduos capturados foram submetidas à extração de DNA e ensaios de PCR, para a detecção de Borrelia spp. baseados no gene flaB e espaçador intergênico rrs–rrlA (IGS). A partir de três espécimes (5%) pertencentes a duas espécies de roedores da família Cricetidae (Phyllotis xanthopygus e Oligoryzomys longicaudatus) obtiveram-se três genótipos de Borrelia para o gene flaB e dois para IGS. Análises filogenéticas inferidas, usando-se os métodos Bayesiano e de Máxima Verossimilhança, indicaram que as sequências geradas neste estudo agrupam-se com borrelias do grupo da Febre Recorrente e Borreliose de Lyme. Os achados deste estudo sugerem que roedores P. xanthopygus e O. longicaudatus poderiam atuar como possíveis reservatórios para Borrelia spp. no Chile.

Tese de mestrado em Biologia da Conservação, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2020 Submitted by Cristina Manessiez (camanessiez@fc.ul.pt) on 2021-05-21T16:12:30Z No. of bitstreams: 1 ulfc126293_tm_Patricia_Marques.pdf: 3125922 bytes, checksum: 62b0256aacbce244328d993144f4b328 (MD5) Made available in DSpace on 2021-05-21T16:12:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc126293_tm_Patricia_Marques.pdf: 3125922 bytes, checksum: 62b0256aacbce244328d993144f4b328 (MD5) Previous issue date: 2020

Submitted by Paula Guerreiro (passarinho@reitoria.ulisboa.pt) on 2021-04-19T14:03:50Z No. of bitstreams: 1 ulsd735653_td_Welvis_Castilheiro.pdf: 9906656 bytes, checksum: 6129b605ddfbe74c879b9202ab861ba3 (MD5) Made available in DSpace on 2021-06-14T14:55:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulsd735653_td_Welvis_Castilheiro.pdf: 9906656 bytes, checksum: 6129b605ddfbe74c879b9202ab861ba3 (MD5) Previous issue date: 2020-10 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) – BD. Doutorado Pleno CSF 2 - Ciências sem Fronteiras

The change in land use is one of the main problems in both landscape management and conservation biology. These modifications generally result in fragmentation and loss of habitat, which play a cascade of effects on landscapes with changes in physical and functional structures that influence the establishment and maintenance of populations and communities. The northeast portion of the Atlantic Forest (MA), known as the Pernambuco Endemism Center (CEPE), is a biodiversity hotspot in the Atlantic Forest and the second largest producer of sugarcane in the world. It is known that this matrix has negative impacts on the fauna of mammals, but little is known about its effects on CEPE. The objective of the thesis was to provide a diagnosis both at the population level and at the level of terrestrial mammal communities in the fragments and to verify the permeability of species in sugarcane and its effect on landscape connectivity. Specifically, we estimate richness and abundance, check population parameters, test landscape variables, and species-specific as determinants of richness. Finally, we mapped the priority fragments for conservation. We recorded a richness of 16 species for small mammals and the same richness for medium-sized mammals, with Didelphis albiventris and Dasyprocta iackii being the most representative species for small and medium, respectively. For small mammals, the recorded richness was equal to or greater than that found in the southeastern MA, which has a lower level of fragmentation, which leads us to two hypotheses: CEPE's richness for this group was even greater and / or that we are suffering a debt of extinction. The latter is supported by the low abundance of the species, five of them with only one record in the fragment, as well as by the trend towards population decline as demonstrated by the disruptive population parameters of Marmosa murina. For medium-sized mammals, we also observed low abundance in all fragments and the disappearance of 30-40% of the expected species of medium-sized mammals in the region, with losses of up to 75% per fragment. These results confirm the recent defaunation estimates of the Atlantic Forest, highlighting the Northeast with the highest rates in the biome. The trophic guilds covariates, abundance of domestic dogs and body weight were important predictors in the pattern of richness of species of medium-sized mammals. The sugarcane matrix was only permeable for four species of small mammals and three of medium-sized mammals, being decisive in decreasing the functional connectivity of the landscape. Functional connectivity did not have any effect on the pattern of richness and abundance of small mammals, probably because they are “isolated” in the fragments as a result of the low permeability of the matrix. In addition to the loss of species, we recorded loss of functionality, evidenced by the trophic guild covariate as one of the determinants that weighed most on the model, in addition to the complete absence of specialized guilds, such as carnivores and herbivores, in some fragments, resulting in a functionally “half empty” forest with severe biological consequences for the loss of ecosystem services provided by the absent species. In this scenario, we recommend increasing functional connectivity through stepstones, especially in the compositional units of the fragments that we mapped as priorities. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES A mudança no uso do solo é uma das principais problemáticas tanto na gestão da paisagem quanto na biologia da conservação. Essas modificações geralmente resultam em fragmentação e perda de habitat, que exercem uma cascata de efeitos nas paisagens, com alterações na estrutura física e funcional que influenciam no estabelecimento e manutenção de populações e comunidades. A porção nordeste da Mata Atlântica (MA), conhecida como o Centro de Endemismo de Pernambuco (CEPE), é um hotspot de biodiversidade da Mata Atlântica e a segunda maior produtora de cana-de-açúcar no mundo. Sabe-que que essa matriz traz impactos negativos para a fauna de mamíferos, mas pouco se conhece sobre seus efeitos no CEPE. O objetivo da tese foi fornecer um diagnóstico tanto a nível de população quanto de comunidades dos mamíferos terrestres nos fragmentos e verificar a permeabilidade das espécies na cana-de-açúcar e seu efeito sobre a conectividade da paisagem. Especificamente, estimamos a riqueza e abundância, verificamos parâmetros populacionais, testamos variáveis da paisagem e espécie-específicas como determinantes da riqueza. Finalmente, mapeamos os fragmentos prioritários para conservação. Registramos uma riqueza de 16 espécies para pequenos mamíferos e a mesma riqueza para mamíferos de médio porte, sendo Didelphis albiventris e Dasyprocta iackii as espécies mais representativas para pequenos e médios, respectivamente. Para pequenos mamíferos a riqueza registrada foi igual ou superior a encontrada na MA do sudeste que tem menor nível de fragmentação, o que nos leva a duas hipóteses: a riqueza do CEPE para este grupo era ainda maior e/ou que estamos sofrendo um débito de extinção. Essa última é apoiada pela baixa abundância das espécies, cinco delas com apenas um registro no fragmento, bem como pela tendência ao declínio populacional como demonstrado pelos parâmetros populacionais disruptivos de Marmosa murina. Para os mamíferos de médio porte, observamos também uma baixa abundância em todos os fragmentos e o desaparecimento de 30-40% das espécies esperadas de mamíferos de médio porte na região, com perdas de até 75% por fragmento. Esses resultados confirmam as recentes estimativas de defaunação da Mata Atlântica, destacando o Nordeste com as maiores taxas do bioma. As covariáveis guildas tróficas, abundância de cães domésticos e peso corporal foram importantes preditores no padrão de riqueza de espécies de mamíferos de médio porte. A matriz de cana-de-açúcar foi permeável apenas para quatro espécies de pequenos mamíferos e três de mamíferos de médio porte, sendo determinante na diminuição da conectividade funcional da paisagem. A conectividade funcional não exerceu qualquer efeito sobre o padrão de riqueza e abundância dos pequenos mamíferos, provavelmente porque esses estão “ilhados” nos fragmentos como consequência da baixa permeabilidade da matriz. Além da perda de espécies, registramos perda de funcionalidade, evidenciada pela covariável guilda trófica como um dos determinantes que mais pesou no modelo, além da ausência completa de guildas especializadas, como carnívoros e herbívoros, em alguns fragmentos, resultando em uma floresta funcionalmente “meio vazia” com severas consequências biológicas pela perda dos serviços ecossistêmicos prestados pelas espécies ausentes. Nesse cenário, recomendamos o aumento da conectividade funcional através de stepstones especialmente nas unidades composicionais dos fragmentos que mapeamos como prioritários.

Este trabajo brinda una síntesis sobre el conocimiento de la paleontología del Pleistoceno en el Noroeste argentino, integrando la información publicada e inédita en un marco regional para posibilitar su comparación con el registro de otras áreas del país. Aunque la paleontología del Pleistoceno en esta región ha recibido escasa atención, un número creciente de publicaciones ha permitido reconocer aspectos generales del registro fósil. Unos de los rasgos principales del Cuaternario del noroeste es la preponderancia de afloramientos de sedimentos loéssicos, cuyos niveles fueron asignados al Pleistoceno más tardío sobre la base de dataciones radiométricas y de su contenido fosilífero. El registro comprende principalmente vertebrados, entre los cuales se destacan los mamíferos, y abarca desde el Pleistoceno más temprano, reconocido en los niveles superiores de las formaciones Uquía y Tafna, en la provincia de Jujuy, hasta el límite Pleistoceno-Holoceno, en numerosas localidades de las provincias de Salta, Tucumán, Catamarca y Santiago del Estero. El estudio de los mamíferos pleistocenos de la región ha permitido reconocer similitudes y diferencias respecto de faunas mejor conocidas como las de la región pampeana. Sin embargo, el conjunto de datos biológicos y cronológicos, hasta ahora disperso para el noroeste argentino, no permite la correlación estricta con unidades extra-regionales. Por ello, es fundamental la realización de trabajos de revisión taxonómica de diferentes grupos para establecer comparaciones paleofaunísticas más precisas entre las distintas regiones reconocidas. An updated synthesis of the Pleistocene paleontological record from northwestern Argentina”. This chapter provides a synthesis on the knowledge of the Pleistocene paleontology from northwestern Argentina, integrating published and unpublished information in a regional framework in order to enable its comparison with the record from other areas of the country. Although the paleontology of the Pleistocene in this region has received little attention, an increasing number of contributions have allowed recognizing general aspects of the fossil record. One of the main traits of the Quaternary in northwestern Argentina is the preponderance of outcrops of loessic sediments, which levels were assigned to the latest Pleistocene on the basis of radiometric data and fossil content. The fossil record comprehends mainly vertebrates, particularly mammals, and spans from the earliest Pleistocene, recognized in the upper levels of the Uquia and Tafna formations from Jujuy Province, to the Pleistocene-Holocene boundary represented in several localities from Salta, Tucumán, Catamarca, and Santiago del Estero. The study of Pleistocene mammals in the region has allowed recognizing similarities and differences regarding betterknown faunas, such as that of the Pampean region. However, the set of biological and chronological data, disperse until now for northwestern Argentina, does not allow a strict correlation with extra-regional units. Given this fact, it is essential to carry out studies of taxonomic revision focused on different groups in order to establish more precise paleofaunistic comparisons between different areas. Fil: Ortiz, Pablo Edmundo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán. Instituto Superior de Correlación Geológica. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Departamento de Geología. Cátedra Geología Estructural. Instituto Superior de Correlación Geológica; Argentina. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo; Argentina Fil: Garcia Lopez, Daniel Alfredo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán. Instituto Superior de Correlación Geológica. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Departamento de Geología. Cátedra Geología Estructural. Instituto Superior de Correlación Geológica; Argentina. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo; Argentina Fil: Madozzo Jaén, María Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán. Instituto Superior de Correlación Geológica. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Departamento de Geología. Cátedra Geología Estructural. Instituto Superior de Correlación Geológica; Argentina. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo; Argentina Fil: Esteban, Graciela Irene. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán. Instituto Superior de Correlación Geológica. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Departamento de Geología. Cátedra Geología Estructural. Instituto Superior de Correlación Geológica; Argentina. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo; Argentina

Agradecimentos: The authors would like to thank the Department of Animal Biology and the Post-graduate Program of Ecology, State University of Campinas, Brazil-SP, the Jundiaí City Hall for permission to conduct this research study at the Biological Reserve of Serra do Japi and the Coordination for the Improvement of Higher Education Personnel (CAPES) for the fellowship to KS and FAEPEX that provided travel support for data collection. We also thank SISBIO for permission to collect number: 35378-1 and Castilho and Piccinini for their assistance in the collection of structural data. We thank Dra. Lourenço for karyotyping and identifying the species A. montensis and Palacios for helping us to manipulate rodents throughout this process. The authors also thank Cruz and Espaço da Escrita - Coordenadoria Geral da Universidade - UNICAMP - for the language services provided Abstract: Studies of elevational gradients in forests are particularly interesting for the considerable differences that can be observed over short distances, such as in vegetation and temperature. Different taxonomic groups display varying types of distribution patterns along elevational gradients, with unimodal distribution being recognised as the most common pattern. The distribution of species can be affected by a range of factors that include, biotic, spatial, climatic, historic and energetic. Small mammals represent an ideal model for studies about distribution and habitat use as they can be highly abundant, tend to have different diets and use space differently. The aims of this study are to build a comprehensive understanding of the community of small mammals of the Biological Reserve of Serra do Japi and to explore its distribution pattern along elevational gradients. We investigated the influence of biomass of arthropods, fruits and seeds and percentage of ground cover, canopy cover and vertical vegetation at richness and abundance of small mammals at three different elevations. To accomplish this, we used seventy-two pitfall traps of 63 L to capture small mammals and distributed them equally across three elevations defined as low (880-899 m), intermediate (1046-1089 m) and high (1170-1189 m). Each elevation had three lines or replicas of traps. Throughout the study, we captured one hundred and fourteen individuals belonging to eleven species of small mammals. The presence of rare and endemic species demonstrates the importance of conservation and maintenance of the Biological Reserve of Serra do Japi. In regard to the distribution of species, despite the short gradient range, we found a unimodal pattern and a positive correlation between ground cover (fallen twigs and branches up to 1 m high) and richness and abundance of small mammals. More ground cover can reduce the effects of competition and predation on small mammals’ communities COORDENAÇÃO DE APERFEIÇOAMENTO DE PESSOAL DE NÍVEL SUPERIOR - CAPES Fechado

La implementación de bebederos artificiales para fauna silvestre es una práctica de manejo común en regiones con escasez estacional de agua. Los bebederos se instalan para beneficiar a especies de interés humano, sin embargo, éstas pueden ser usadas por otras especies. En esta nota reportamos observaciones de pequeños roedores visitando los bebederos en una localidad en la Reserva de Biosfera Tehuacán-Cuicatlán. Se monitorearon los bebederos empleando 12 cámaras-trampa durante la temporada seca de 2018 en la localidad de San Gabriel Casa Blanca, Oaxaca. Se calculó la tasa de visita de roedores y se comparó entre dos tipos de bebederos. Se registraron 154 visitas de roedores de al menos cuatro géneros: Peromyscus, Liomys, Sigmodon y Dipodomys. La tasa de visita promedio en ambos tipos de bebederos fue de 18.8 ± 37.7 visitas/100 días. No se encontraron diferencias significativas en las visitas por tipo de bebedero. Empleando cámaras-trampa evidenciamos las visitas y uso de bebederos por algunas especies de cricétidos. Se sugiere que la falta de rampas o paredes cóncavas en los bebederos representa un riesgo para especies pequeñas. Son necesarios otros estudios para evaluar el posible efecto de los bebederos sobre la biomasa, supervivencia y abundancia de roedores en bosques secos.

The helminth fauna and metacommunity structure of eight sympatric sigmodontine rodents were investigated at the Serra dos Órgãos National Park, an Atlantic Forest reserve located in the State of Rio de Janeiro, southeast Brazil. Rodents of the species Abrawayaomys ruschii, Akodon montensis, Blarinomys breviceps , Delomys dorsalis, Oligoryzomys flavescens, Oligoryzomys nigripes, Oxymycterus quaestor and Thaptomys nigrita were found infected with helminths. Akodon montensis presented the highest total helminth species richness, with six different species of helminths. The nematode Stilestrongylus lanfrediae was the most abundant and prevalent helminth species observed. The host-parasite network analysis showed little interactions among host species. Akodon montensis seems to act as a keystone-species in the rodent community. This species shared the nematodes Stilestrongylus aculeata with A. ruschii and Protospirura numidica criceticola with T. nigrita, and the cestode Rodentolepis akodontis with D. dorsalis. The congeners host species O. flavescens and O. nigripes shared the nematodes Guerrerostrongylus zetta and S. lanfrediae. The rodents B. breviceps and O. quaestor did not share any helminths with other hosts. The helminth metacommunity showed a random pattern on both infracommunity and component community levels, indicating different responses by each helminth species to the environmental gradient. Resumo Foram investigadas a helmintofauna e suas estruturas da metacomunidade em oito roedores sigmodontíneos simpátricos ao longo do Parque Nacional da Serra dos Órgãos, uma reserva de Mata Atlântica no estado do Rio de Janeiro, Brasil. Roedores das espécies Abrawayaomys ruschii, Akodon montensis, Blarinomys breviceps, Delomys dorsalis, Oligoryzomys flavescens, Oligoryzomys nigripes, Oxymycterus quaestor e Thaptomys nigrita foram infectados por helmintos. Akodon montensis apresentou a maior riqueza total de espécies de helmintos, com seis espécies. O nematoide Stilestrongylus lanfrediae foi a espécie de helminto com maior abundância e prevalência. A análise de rede parasito-hospedeiro mostrou poucas interações entre as espécies hospedeiras e A. montensis atuou como uma espécie-chave na comunidade de roedores. Esta espécie compartilhou os nematoides Stilestrongylus aculeata com A. ruschii e Protospirura numidica criceticola com T. nigrita, e o cestoide Rodentolepis akodontis com D. dorsalis. As espécies congêneres O. flavescens e O. nigripes compartilharam os nematoides Guerrerostrongylus zetta e S. lanfrediae. Os roedores B. breviceps e O. quaestor não compartilharam helmintos com outros hospedeiros. A metacomunidade de helmintos mostrou um padrão aleatório em ambos os níveis, comunidade componente e infracomunidade, indicando diferentes respostas de cada espécie de helminto ao gradiente ambiental.

The responsible factors of the structure and the regionalization of biological communities on ecosystems can be of intrinsic (ecological and evolutive traits of species, interespecific competition) and/ or extrinsic nature (climate). There are paradigms on community ecology that relate processes such as the dispersion, the resource availability and the habitat selection (environmental filters and vicariant effects), the species interaction and the neutrality effect. It is possible measure the relative parts of these processes and to propose a set of hypotheses for the Caatinga biome and the nonvolant small mammal communities which can be investigated of the light of differing theorethical frameworks. The rainfall gradient on the Caatinga create an environmental filter on which only dry tolerant species may colonize and occupy areas with rainfall deficit. This environmental gradient between dry and mesica areas may occur due to the effects of the “brejos de altitude”. Moreover, the phytophysiognomic and geomorphological differences of the ecoregions may be determinants of the regionalization of the small mammal communities. However the interespecific competition on an unpredictable environment may benefit the generalist species and the community structure may occur of stochastic way. Finally, the geographic distance between the communities and the possible influence of species source coming from adjacent biomes may be determinants of the structure. For investigate these hypotheses, we verified the effects of the most idiosyncratic environmental variables of the biome like the temperature, rainfall and moisture variations, in addition to the effect of ecoregions, the altitudinal and the geographic distance across (1) the metacommunity structure, (2) the compositional (betadiversity) and (3) the evolutionary (phylobetadiversity) dissimilarities of the communities and (4) the degree of phylogenetic clustering of the communities. These issues are addressed on the bibliographic review, on the Chapter 1. With a database resulting of field collections, zoological collections and bibliographic references, it was possible assess these hypotheses at different spatial scales (municipality, 1° grid cell and ecoregions) and for two taxonomic levels (genus and species). The structure and the heterogeneity degree of small mammal communities were addressed through the betadiversity (Simpson and Sorensen indexes), its spatial autocorrelation and the patterns in the site-by-species matrix, on the Chapter 2. The metacommunity patterns are nested with positive boundary clumping of the limits of geographic distribution, indicating the possibility of an environmental gradient and excluding the hypothesis of the clementsian metacommunities generated by ecoregions. It was detected irreplaceable regions on the Chapada Diamantina, the Planalto do Borborema and on the edges of the biome, in addition to a high compositional dissimilarity (and evolutionary dissimilarity; Chapter 3) of the communities of the Dunas do São Francisco in relation to the other ecoregions. On the Chapter 3, it was found that the phylobetadiversity (Phylosor index) between the communities was not determined by the geographic distance and the environmental variables. However, the compositional dissimilarity (Simpson and Sorensen indexes) responded to the geographic distance, the seasonality of moisture index seasonality and annual temperature range. It was possible to observe different value ranges of these environmental variables between the small mammal communities of the north of biome, the Sertaneja Depressions and on the southern areas of Caatinga (e.g., on the Chapada Diamantina). Moreover, there is phylogenetic clustering on areas of the Chapada Diamantina and the Planalto do Borborema, in addition to the phylogenetic clustering on southern areas of the Chapada do Araripe and on the south- west “brejos de altitude” of the Planalto do Borborema. There is phylogenetic clustering and evenness occuring on the brejos de altitude, in addition to the occurrence of these two phenomena at the same grid cell (clustering, when analyzed only the brejos de altitude and evenness, when analyzed the total localities/ species of grid cell). A number of processes co-occur on the biome, with the effect of environmental variables and geographic distance determining the compositional dissimilarity, which together the nested pattern of metacommunities, it is in agree with the hypotheses of environmental filter and the limitation of the dispersion/ effect of the source of species of adjacent biomes. Regarding the degree of phylogenetic clustering / evenness, these may be according to the species competition hypothesis (phylogenetic evenness on the driest localities of the bioma). The phylogenetic clustering occurred on regions with high climatic stability, aggregating a higher number of Sigmodontinae species, a taxonomic group with low adaptation and tolerance to the dry conditions. Despite the low specialization degree of these species (i.e. the absence of a Clementsian metacommunity), there is rare and unique species (Simpson index>0), indicating the biodiversity and ecological processes that must be retained on the Caatinga. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES Os fatores responsáveis pela estruturação e regionalização das comunidades biológicas nos ecossistemas podem ser de natureza intrínseca (características ecológicas e evolutivas das espécies, competição interespecífica) e/ ou extrínseca (clima). Há paradigmas na ecologia de comunidades que relacionam processos como a dispersão, a disponibilidade de recursos, a seleção do habitat (filtros ambientais e efeitos vicariantes), a interação entre espécies e o efeito da neutralidade. Nesta tese, buscou-se quantificar as partes relativas de alguns destes processos e testou-se hipóteses relacionadas ao bioma Caatinga e à sua comunidade de pequenos mamíferos não voadores, investigadas a luz de diferentes arcabouços teóricos. O gradiente de quantidade de chuvas na Caatinga pode gerar um filtro ambiental em que somente espécies tolerantes à seca possam colonizar e ocupar áreas com deficit hídrico. Este gradiente ambiental entre áreas secas e mésicas pode ocorrer devido o efeito dos brejos de altitude. Além disso, as diferenças fitofisionômicas e geomorfológicas das ecorregiões podem ser determinantes na regionalização das comunidades de pequenos mamíferos. Contudo, a competição entre espécies em um ambiente de imprevisibilidade de chuvas pode favorecer espécies generalistas, e a estruturação das comunidades, consequentemente, pode se dar de forma estocástica. Por fim, a distância geográfica entre comunidades e a possível influência da fonte de espécies advinda de adjacentes biomas podem ser determinantes da estruturação. Para investigar estas hipóteses, verificamos o efeito das variáveis ambientais mais idiossincráticas ao bioma, como a variação na temperatura, na precipitação e na umidade, além do efeito das ecorregiões, da altitude e da distância geográfica, sobre: (1) a estrutura das metacomunidades, (2) a dissimilaridade composicional (betadiversidade), (3) a dissimilaridade evolutiva (filobetadiversidade) das comunidades e (4) o grau de agregação filogenética das comunidades. Estas questões são abordadas inicialmente na revisão bibliográfica, Capítulo 1. Com um banco de dados advindo de coletas de campo, acesso ao material de coleções zoológicas e às referências bibliográficas, foi possível avaliar estas hipóteses em diferentes escalas espaciais (município, célula de 1° e ecorregiões) e em dois níveis taxonômicos (gênero e espécie). A estrutura e o grau de heterogeneidade das e entre as comunidades de pequenos mamíferos da Caatinga foram abordadas através da betadiversidade (índices de Sorensen e Simpson), de sua autocorrelação espacial e dos padrões da matriz de ocorrência de espécies e localidades, no Capítulo 2. O padrão da metacomunidade é aninhado e apresenta sobreposição dos limites da distribuição geográfica de suas espécies, corroborando a hipótese de um gradiente ambiental. Foram detectadas regiões de insubstituibilidade na Chapada Diamantina, no Planalto do Borborema e nas bordas do bioma, além de uma elevada dissimilaridade composicional (e evolutiva; Capítulo 3) das comunidades das Dunas do São Francisco com relação às demais ecorregiões. No Capítulo 3 é constatado que a dissimilaridade evolutiva (filobetadiversidade) entre comunidades não foi determinada pela distância geográfica e pelas variáveis ambientais. Contudo, a dissimilaridade composicional (índice de Simpson e de Sorensen) respondeu ao efeito da distância geográfica, do índice da sazonalidade da umidade e da amplitude anual da temperatura. Observam-se diferentes amplitudes dos valores destas variáveis ambientais entre as comunidades de pequenos mamíferos de áreas ao norte do bioma, nas Depressões Sertanejas e ao sul da Caatinga (e.g., na Chapada Diamantina). Além disso, há agregação filogenética em áreas da Chapada Diamantina e do Planalto do Borborema, além de dispersão filogenética em áreas no sul da Chapada do Araripe e nos brejos de altitude do sudoeste do Planalto do Borborema. Entre brejos de altitude há dispersão e agregação filogenéticas, além de estes dois fenômenos ocorrerem em uma mesma célula (agregação, quando analisados somente os brejos de altitude, e dispersão, para o conjunto total de localidades/ espécies da célula). Diversos processos co-ocorrem no bioma, com o efeito das variáveis ambientais e da distância geográfica sendo determinantes da dissimilaridade composicional e que, juntamente com o padrão de aninhamento das metacomunidades, corrobora as hipóteses de filtro ambiental e do efeito da dispersão limitante/ efeito do fornecimento de espécies pelos biomas adjacentes. Com relação ao grau de agregação e dispersão filogenético, este último pode estar relacionado à hipótese de competição das espécies: a dispersão filogenética em áreas mais secas do bioma. Já a agregação filogenética ocorreu em regiões com maior estabilidade climática, agrupando maior número de sigmodontíneos, grupo taxonômico com pouca adaptação e tolerância à seca. Apesar do baixo grau de especialização dessas espécies (i.e. a ausência de uma metacomunidade Clementsiana), há espécies raras e únicas (índice de Simpson>0), indicando a biodiversidade e os processos ecológicos que devem ser conservados na Caatinga.

Las actividades antrópicas han derivado en cambios profundos en los usos del suelo y en las condiciones climáticas, influyendo a distintas escalas espaciales y temporales en las comunidades de plantas y animales que se distribuyen heterogéneamente en el paisaje. Los pequeños mamíferos son sensibles a estos cambios y responden a los mismos modificando sus abundancias o disminuyendo la diversidad. La heterogeneidad ambiental del noroeste argentino (NOA) y la sensibilidad con la que los pequeños mamíferos responden a los cambios ambientales constituyen un escenario favorable para el estudio de los factores que influyen sobre los patrones de diversidad del grupo. El objetivo de este trabajo consiste en describir los patrones de diversidad de pequeños mamíferos terrestres en el NOA y evaluar la influencia de predictores ambientales en un contexto espacial y temporal. El estudio se realizó en 31 localidades distribuidas en las cinco ecorregiones representadas en la región. Para caracterizar los ensambles de especies se analizaron 57 muestras de egagrópilas pertenecientes a Tyto furcata y Bubo magellanicus. Se relevaron variables topográficas, climáticas y de coberturas del suelo a partir de la digitalización de imágenes satelitales. Se identificaron 52 especies de pequeños mamíferos, la mayoría roedores sigmodontinos. Las localidades, en general, mostraron ensambles característicos de cada ecorregión. Así, los sitios del Chaco Seco y la Selva Pedemontana presentaron ensambles dominados por Calomys sp. Mientras que las localidades de Selva Montana presentaron altas abundancias de Oligoryzomys brendae en codominancia con Calomys sp. Los sitios del Bosque Montano y Pastizales de Neblina mostraron un ensamble típico de estos ambientes, con altas frecuencias de Akodon spegazzinii. En seis de las siete localidades del Monte de Sierras y Bolsones la especie dominante fue Phyllotis xanthopygus, al igual que en los sitios de los Altos Andes (en codominancia con Eligmodontia puerulus) y la Puna (en codominancia con Calomys lepidus). En el análisis espacial, los vectores que explicaron los cambios en los ensambles fueron los que representaron la macroescala. Las variaciones fueron explicadas en diferentes proporciones por la ubicación geográfica de los sitios de muestreo (57%), el paisaje (52%) y el clima (35%). Sin embargo, el efecto combinado de estos factores fue el principal determinante de los patrones de abundancias de especies. En el análisis temporal nose registraron cambios significativos, observándose que las variaciones en las abundancias de especies y en las coberturas del suelo se debieron a caracteristicas ecorregionales. No obstante, algunas localidades del Chaco Seco y del Monte evidenciaron cambios simultáneos en estos dos componentes. Los resultados obtenidos constituyen una línea de base que permitirá el seguimiento a mediano y largo plazo de los patrones de diversidad de pequeños mamíferos en las localidades del NOA relevadas y su relación con predictores ambientales. A pesar del extenso muestreo, resulta necesario la incorporación de mas localidades y un relevamiento sistemático que permita representar mejor el vacío de información existente en grandes áreas de la región así como para evaluar cambios en ventanas temporales más amplias que la aquí representada. Anthropic activities have derived in deep changes in land use and in climatic conditions, at different spatial and temporal scales in the animal and plant communities with an heterogeneous distribution in the landscape. Small mammals are sensitive to these changes and respond to them modifying their abundances or exhibiting decreases in their diversity. The environmental heterogeneity of Northwest Argentina (NOA) and the sensitivity upon which small mammals respond to environmental changes give place to the study of the factors that affect the diversity patterns of this group. The aim of this study is describing the diversity patterns of terrestrial small mammals in the NOA and evaluating the influence of environmental predictors in a spatial and temporal context. The study was performed in 31 localities distributed in the 5 ecoregions of the region. To characterize species assemblages, 47 pellet samples belonging to Tyto furcata and Bubo magellanicus were analyzed. Topographic, climatic and land cover variables were extracted from satellite images. 52 species of small mammals, most of them sigmodontine rodents were identified. The localities, in general, showed the characteristic assemblages of the ecoregions. Thus, Chaco Seco and Selva Pedemontana exhibited assemblages dominated by Calomys sp., while the localities of Selva Montana exhibited high abundances of Oligoryzomys brendae and Calomys sp. In Bosque Montano and Pastizales de Neblina high frequencies of Akodon spegazzinii were found. In six of the seven localities of Monte de Sierras y Bolsones the dominant species was Phyllotis xanthopygus, and the same occured in Altos Andes (with codominance of Calomys lepidus). In the spatial analysis, the vectors that explained changes inthe assemblages where those representing the macroscale. Variations were explained in different proportions by the location of the sample sites (57%), the landscape (52%) and the climate (35%). However, the combined effect of these factors was the main determinant of the patterns of abundance of the species. In the temporal analysis, no significative changes were registered, and the variations of species abundance and land covers were due to ecoregional features. However, certain localities in Chaco Seco and Monte showed simultaneous changes of these two components. The results obtained in this study constitute a baseline that will allow monitoring of the biodiversity patterns of small rodents of NOA in the short and long term, and their associations with environmental predictors. Despite the exhaustive sampling, it is necessary to add more localities and a sistematical sampling which will help fill the gap knowledge for vast areas of the region, and will allow evaluating changes through time. Fil: D'hiriart, Sofia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo; Argentina

Tese de mestrado, Biologia da Conservação, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2018 Submitted by Teresa Boa (tdboa@fc.ul.pt) on 2019-02-08T12:03:18Z No. of bitstreams: 1 ulfc124835_tm_Ricardo_Fragoso.pdf: 1896905 bytes, checksum: 7cedd1d3c1db74287a0f35c70c1074d1 (MD5) Made available in DSpace on 2019-02-08T12:03:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc124835_tm_Ricardo_Fragoso.pdf: 1896905 bytes, checksum: 7cedd1d3c1db74287a0f35c70c1074d1 (MD5) Previous issue date: 2018

Spatial capture-recapture modelling (SCR) is a powerful analytical tool to estimate density and derive information on space use and behaviour of elusive animals. Yet, SCR has been seldom applied to the study of ecologically keystone small mammals. Here we highlight its potential and requirements with a case study on common voles (Microtus arvalis). First, we address mortality associated with live-trapping, which can be high in small mammals, and must be kept minimal. We designed and tested a nest box coupled with a classic Sherman trap and show that it allows a 5-fold reduction of mortality in traps. Second, we address the need to adjust the trapping grid to the individual home range to maximize spatial recaptures. In May-June 2016, we captured and tagged with transponders 227 voles in a 1.2-ha area during two monthly sessions. Using a Bayesian SCR with a multinomial approach, we estimated: (1) the baseline detection rate and investigated variation according to sex, time or behaviour (aversion/attraction after a previous capture); (2) the parameter sigma that describes how detection probability declines as a function of the distance to an individual¿s activity centre, and investigated variation according to sex; and (3) density and population sex-ratio. We show that reducing the maximum distance between traps from 12 to 9.6m doubled spatial recaptures and improved model predictions. Baseline detection rate increased over time (after overcoming a likely aversion to entering new odourless traps) and was greater for females than males in June. The sigma parameter of males was twice that of females, indicating larger home ranges. Density estimates were of 142.92±38.50 and 168.25±15.79 voles/ha in May and June, respectively, with 2¿3 times more females than males. We highlight the potential and broad applicability that SCR offers and provide specific recommendations for using it to study small mammals like voles., This study was funded by research projects ECOVOLE (CGL2012-35348) and ECOTULA (CGL2015-66962-C2-1-R), financed by Ministerio de Economía y Competitividad (MINECO), Spain (JJLL). JR held a research contract (PEJ-2014A-05890_IEJ15/15; “Contrato de empleo joven e implantación de la garantía juvenil I+D+I”, 2015-2017) at the University of Valladolid (UVA).