Search

Your search keyword '"pathogène des semences"' showing total 7 results
Start Over Descriptor "pathogène des semences"
7 results on '"pathogène des semences"'

1. Comparative genomics to develop a specific multiplex PCR assay for detection of Clavibacter michiganensis

Author

Shree Prasad Thapa, Michael O’Leary, Gitta Coaker, Marie-Agnès Jacques, Robert L. Gilbertson, Department of Plant Pathology, University of Kentucky, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and GC, SP, and RG were supported by grants from the California Tomato 22 Research Institute awarded to GC and RG (091). GC and SP were supported by a grant 23 from USDA-NIFA (2015-67013-23082, awarded to GC) and grants awarded by the Page 1 of 56 2 24 California Tomato Research Institute and the California Department of Food and 25 Agriculture (17-0275-047-SC).

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, 0106 biological sciences, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], génome végétal, Plant Science, lutte contre les bactéries, 01 natural sciences, Tomato, Multiplex PCR, Diagnostic, Clavibacter michiganensis, Comparative 19 genomics, Microbiology, 03 medical and health sciences, Plasmid, résistance aux agents pathogènes, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Multiplex polymerase chain reaction, medicine, protection des plantes, Pathogen, cartographie chromosomique, chancre bactérien, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, Comparative genomics, Canker, 0303 health sciences, Vegetal Biology, biology, Bacterial wilt, Microbiology and Parasitology, food and beverages, 16S ribosomal RNA, biology.organism_classification, medicine.disease, Microbiologie et Parasitologie, Agricultural sciences, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, pathogène des semences, prolifération, Agronomy and Crop Science, Biologie végétale, Sciences agricoles, 010606 plant biology & botany, Autre (Sciences du Vivant)
Abstract

Clavibacter michiganensis is a Gram-positive bacterial pathogen that proliferates in the xylem vessels of tomato, causing bacterial wilt and canker symptoms. Accurate detection is a crucial step in confirming outbreaks of bacterial canker and developing management strategies. A major problem with existing detection methods are false-positive and -negative results. Here, we report the use of comparative genomics of 37 diverse Clavibacter strains, including 21 strains sequenced in this study, to identify specific sequences that are C. michiganensis detection targets. Genome-wide phylogenic analyses revealed additional diversity within the genus Clavibacter. Pathogenic C. michiganensis strains varied in plasmid composition, highlighting the need for detection methods based on chromosomal targets. We utilized sequences of C. michiganensis-specific loci to develop a multiplex PCR-based diagnostic platform using two C. michiganensis chromosomal genes (rhuM and tomA) and an internal control amplifying both bacterial and plant DNA (16s ribosomal RNA). The multiplex PCR assay specifically detected C. michiganensis strains from a panel of 110 additional bacteria, including other Clavibacter spp. and bacterial pathogens of tomato. The assay was adapted to detect the presence of C. michiganensis in seed and tomato plant materials with high sensitivity and specificity. In conclusion, the described method represents a robust, specific tool for detection of C. michiganensis in tomato seed and infected plants.

Published
2019
Full Text
View/download PDF

2. Plant microbiota affects seed transmission of phytopathogenic microorganisms

Author

Barret, Matthieu, Guimbaud, Jean-François, Darrasse, Armelle, Jacques, Marie-Agnès, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université d'Angers (UA), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Université d'Angers (UA)-AGROCAMPUS OUEST-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
Vegetal Biology, Biocontrôle, microorganisme pathogène, Microbiota, [SDV]Life Sciences [q-bio], transmission par semence, Models, Biological, Opinion Piece, microbiote, pathogène des semences, Seeds, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, interaction plante microorganisme, Biologie végétale, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Plant Diseases
Abstract

International audience

Published
2016
Full Text
View/download PDF

3. Genome sequence of Xanthomonas fuscans subsp. fuscans strain 4834-R reveals that flagellar motility is not a general feature of xanthomonads

Author

Fabien Guérin, Armelle Darrasse, Stéphane Cociancich, Monique Royer, Emmanuelle Lauber, Valérie Verdier, Valérie Barbe, Sébastien Carrère, Laurana Serres-Giardi, Alejandra Munoz, Philippe Rott, Marie-Agnès Jacques, Mario L. Arrieta-Ortiz, Endrick Guy, Christian Vernière, Stéphanie Fouteau, Sophie Bonneau, Arnaud Indiana, Martial Briand, Stéphane Poussier, Karine Durand, Lionel Gagnevin, Boris Szurek, Olivier Pruvost, Marie-Anne Van Sluys, Matthieu Arlat, Isabelle Pieretti, Ralf Koebnik, Isabelle Robène-Soustrade, Chrystelle Brin, Charles Manceau, Tristan Boureau, Laurent D. Noël, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Universidad de Los Andes [Mérida, Venezuela] (ULA), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Réunion (UR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Résistance des plantes aux bio-agresseurs (UMR RPB), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2), Centre IRD de Montpellier, INRA-SPE, region Pays de la Loire, France, French Ministry of National Education and Research, French Guyana, LABEX TULIP [ANR 10 LABX 41], [ANR 2010 GENM-013 Xanthomix], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Universidad de Los Andes [Venezuela] (ULA), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UMR Peuplement Végétaux et Bioagresseurs en Milieu Tropical (UMR PVBMT - INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)

Subjects
effecteur, Genome, F30 - Génétique et amélioration des plantes, Pseudogène, Insertion sequence, Adaptation physiologique, Phylogeny, Genetics, 0303 health sciences, Chemotaxis, Seed-borne pathogen, Bean, Fabaceae, Flagella, pathogène des semences, Seeds, Effector, séquence d'insertion, Research Article, Biotechnology, Xanthomonas, Séquence nucléotidique, Pseudogene, Biology, Phaseolus vulgaris, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, Effecteur moléculaire, Secretion system, chimiotaxie, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Gene, Plant Diseases, 030304 developmental biology, H20 - Maladies des plantes, Comparative genomics, Whole genome sequencing, Génie génétique, Génome, Base Sequence, 030306 microbiology, Sequence Analysis, DNA, biology.organism_classification, Genetic Fitness, Mobile genetic elements, xanthomonas fuscans, Genome, Bacterial
Abstract

Background Xanthomonads are plant-associated bacteria responsible for diseases on economically important crops. Xanthomonas fuscans subsp. fuscans (Xff) is one of the causal agents of common bacterial blight of bean. In this study, the complete genome sequence of strain Xff 4834-R was determined and compared to other Xanthomonas genome sequences. Results Comparative genomics analyses revealed core characteristics shared between Xff 4834-R and other xanthomonads including chemotaxis elements, two-component systems, TonB-dependent transporters, secretion systems (from T1SS to T6SS) and multiple effectors. For instance a repertoire of 29 Type 3 Effectors (T3Es) with two Transcription Activator-Like Effectors was predicted. Mobile elements were associated with major modifications in the genome structure and gene content in comparison to other Xanthomonas genomes. Notably, a deletion of 33 kbp affects flagellum biosynthesis in Xff 4834-R. The presence of a complete flagellar cluster was assessed in a collection of more than 300 strains representing different species and pathovars of Xanthomonas. Five percent of the tested strains presented a deletion in the flagellar cluster and were non-motile. Moreover, half of the Xff strains isolated from the same epidemic than 4834-R was non-motile and this ratio was conserved in the strains colonizing the next bean seed generations. Conclusions This work describes the first genome of a Xanthomonas strain pathogenic on bean and reports the existence of non-motile xanthomonads belonging to different species and pathovars. Isolation of such Xff variants from a natural epidemic may suggest that flagellar motility is not a key function for in planta fitness.

Published
2013
Full Text
View/download PDF

4. La tolérance du tournesol aux maladies

Author

Vincourt, Patrick, As Sadi, F., Vear, Felicity, Bordat, Amandine, Tourvieille De Labrouhe, Denis, Godiard, Laurence, Interactions Plantes - Microorganismes, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UMR 441-2594 INRA-CNRS, Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Unité mixte de recherche interactions plantes-microorganismes, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Interactions Plantes Microbes Environnement (LIPME), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
bioagresseur, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, sclerotinia, effecteur, pathogène des semences, helianthus annuus, résistance, phomopsis, phoma, pathogénicité, mildiou du tournesol
Abstract

La culture du tournesol est confrontée aux attaques de différents bioagresseurs. En France, il s’agit essentiellement du mildiou Plasmopara halstedii, du sclérotinia Sclerotinia sclerotiorum, du phomopsis Diaporthe helianthi, et du phoma Phoma macdonaldii dont les attaques au collet entrainent le dessèchement précoce. Les efforts de recherche et de sélection ont permis de conserver à cette culture son statut respectueux de l’environnement. Cependant, les dialogues moléculaires entre la plante et ces différents pathogènes et qui aboutissent à l’immunité ou à la sensibilité, ainsi que sa variabilité génétique, sont encore largement inconnus. Après une revue des principaux résultats récents concernant l’interaction entre le tournesol et ces pathogènes, nous soulevons deux questions d’intérêtpour la poursuite de ces recherches : celle de la répartition des rôles et de la hiérarchisation des questions de recherche d’une part, et d’autre part celle du regard à porter sur les réseaux de gènes que révèle l’analyse du transcriptome grâce aux nouvelles technologies de séquençage., The sunflower crop is subjected to several diseases, among of which Downy Mildew, Sclerotinia, Phomopsis and premature death caused by Phoma macdonaldii are the most important in France today. The research and breeding efforts during the past fifty years have been efficient enough to ensure an “environmentally safe” status to this cultivation. However, little is known about the moleculartalk which leads to immunity or susceptibility between the plant and the pathogens as well as about its genetic variability. After a review of the main recent results on the these sunflower*microorganisms interactions, we are discussing on two questions of interest for the research perspectives: How to establish the research priorities? How to decipher the genes networks revealed by transcriptome analysis with a greater involvement of the genetic variability thanks to the development of the new sequencing technologies?

Published
2011

5. Diversité des Xanthomonas associés aux semences de haricot : caractérisation du pathovar phaseoli et de populations non-pathogènes

Author

Manceau, Charles, Horvais, A., Germain, R., and Olivier, V.

Subjects
graisse du haricot, Vegetal Biology, Phytopathology and phytopharmacy, Microbiology and Parasitology, diversité biologique, xanthomonas, xanthomonas axonopodis pv phaseoli, Phytopathologie et phytopharmacie, Microbiologie et Parasitologie, Agricultural sciences, pathogène des semences, Biologie végétale, Sciences agricoles, Haricot
Published
2000

6. Development of an epiphytic population of Pseudomonas Syringae pv. Pisi from infected pea seeds

Author

Grondeau, C., SAMSON, Régine, DIGAT, Bernard, ARVALIS - Institut du végétal [Paris], Unité de Pathologie Végétale et Phytobactériologie, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
Vegetal Biology, Phytopathology and phytopharmacy, pathogène des semences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, pseudomonas syringae pv pisi, Phytopathologie et phytopharmacie, Pea blight, seed transmission, population dynamics, Biologie végétale, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Published
1992

7. A new encapsulation technology for bacterial inoculants and seed bacterization

Author

DIGAT, Bernard, Station de Pathologie Végétale et Phytobactériologie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Organisation Internationale de Lutte Biologique et Intégrée contre les Animaux et les Plantes Nuisibles (OILB). FRA.

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Vegetal Biology, Phytopathology and phytopharmacy, education, Biologie du développement, food and beverages, Phytopathologie et phytopharmacie, Development Biology, Agricultural sciences, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, pathogène des semences, microencapsulation, inoculation in vitro, colonisation bactérienne, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, caractérisation souche bactérienne, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, Biologie végétale, Sciences agricoles, pre-inoculation, bactérisation
Abstract

A new encapsulation technology for bacterial inoculants and seed bacterization. 2. International Workshop on Plant Growth-Promoting Rhizobacteria - Progress and Prospects

Published
1990

Catalog

Books, media, physical & digital resources
See catalog results